Índice de Acrónimos y Siglas comunes en Bioquímica y Biología molecular

Por temas:

Biomoléculas y Metabolitos importantes

DNA: estructura, organización génica, replicación y reparación

Transcripción y regulación de la expresión génica

Procesamiento de RNA y Síntesis de proteínas

Regulación del ciclo celular y apoptosis

Transducción de señales

Neurotransmisores y Hormonas

 

Alfabéticamente:

[ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

 


Números

14-3-3:

Proteínas adaptadoras y de andamiaje que participan en numerosas vías de señalización intracelular. Contienen un dominio característico que liga motivos de fosfo-ser. Pueden mantener secuestrada su diana o, al revés, facilitar su interacción con otras proteínas de la cascada. Entre las proteínas unidas por las 14-3-3 están Cdc25, BAD, raf o PKC. Su nombre deriva de sus características de movilidad en una serie de fraccionamientos cromatográficos y electroforéticos.

1,3-BPG:

1,3-bisfosfoglicerato (1,3-bisphosphoglycerate), un intermediario de la glucolisis.

2-PG, 3-PG:

2- y 3-fosfoglicerato (2- 3-phosphoglycerate). Intermediarios de la glucólisis.

2,3-BPG:

Isómero del 1,3-BPG que se almacena en los eritrocitos, donde estabiliza la forma desoxigenada de la hemoglobina.

5-HT:

serotonina (5-hidroxi-triptamina).

6PG:

6-fosfogluconato. Intermediario de la ruta de las pentosas fosfato.

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A [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

A:

Alanina, Ala. También la base púrica adenina.

AA:

Ácido araquidónico.

AADC:

Descarboxilasa de aminoácidos aromáticos (aromatic aminoacid decarboxylase). Enzima de la ruta biosintética de las catecolaminas (DA, NA) y otras aminas (5-HT, HA etc).

abl:

Oncogén aislado de tumores producidos por el virus de leucemia murina de Abelson (Abelson murine leukemia virus). Es una Tyr-quinasa citosólica similar a p60src..

Ach:

Acetilcolina (Acetyl-choline).

ACTR:

Activador del receptor de hormonas tiroideas y retinoides (activator of thyroid and retinoid acid receptor). Tiene funciones de co-activador de la transcripción.

ADH:

Alcohol deshidrogenasa. Enzima hepática que metaboliza el etanol (y otros alcoholes) oxidándolo al aldehído correspondiente. Utiliza NAD+ como coenzima.

ADP:

Adenosina-5’-difosfato (adenosine-5’-diphosphate). Producto de hidrólisis del ATP.

AF-1:

Función activadora 1 (activation function-1). Es un motivo conservado en el dominio aminoterminal de los receptores nucleares esencial para la función transactivadora de la transcripción inducida por la hormona.

AF-2:

Función activadora 2 (activation function-2). Es un motivo conservado en el dominio LBD de los receptores nucleares esencial para la función activadora de la transcripción inducida por la hormona.

AIB1:

Factor amplificado en cáncer de mama 1 (amplified in breast cancer 1).

AIF:

Factor inductor de apoptosis (Apoptosis-inducing factor). Es una flavoproteína normalmente residente en el espacio intermembranoso mitocondrial. Su liberación (junto con citocromo c) permite su translocación al núcleo donde induce condensación de la cromatina y fragmentación del DNA. No tiene actividad nucleasa.

AKAP:

Proteínas de anclaje de la proteína quinasa A (A-kinase anchoring protein). Se unen a las subunidades reguladoras de PKA y determinan su localización subcelular.

Akt:

Oncogén aislado de tumores producidos por el retrovirus murino AKT8. Su producto es la PKB.

Ala:

Alanina (alanine), A.

α-KG:

α-cetoglutarato (α-ketoglutarate). Intermediario del ciclo de Krebs. Substrato para la síntesis de glutamato.

α-KGDH:

α-cetoglutarato deshidrogenasa (α-ketoglutarate dehydrogenase). Enzima del ciclo de Krebs que oxida el isocitrato a succinil-CoA. Su mecanismo es análogo al de la PDH. Es una enzima reguladora controlada alostéricamente por sus productos NADH y succinil-CoA.

Alu:

Elemento SINE, un retrotransposón no viral, el más abundante en el genoma humano. Su nombre deriva de la presencia común de un sitio de restricción reconocido por la enzima AluI.

AMP:

Adenosina-5’-monofosfato (adenosine-5’-monophosphate). Ácido adenílico.

AMPA:

Ácido α-amino-3-hidroxi-5-metil-4-isoxazolpropiónico (α-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionic acid). Agonista (no natural) selectivo de una clase de receptores ionotrópicos de glutamato.

AMPAR:

Receptor de glutamato tipo AMPA (AMPA receptor). Receptor ionotrópico de glutamato que media la transmisión sináptica por glutamato.

ANT:

Translocador de nucleótidos de adenina (Adenine nucleotide translocator). Cataliza el intercambio de ATD y ADP a través de la membrana interna mitocondrial. Además de su papel bioenergético, puede contribuir al PTP y/o al mecanismo apoptótico de liberación de citocromo c.

AP:

Sitio apurínico. Hueco formado en la secuencia de bases por la eliminación de una base, en particular una purina. El enlace N-glicosídico de purinas se hidroliza espontáneamente. La endonucleasa AP corta el enlace fosfodiéster 5’ respecto a un sitio AP.

AP-1:

Proteína activadora 1 (activator protein 1). Heterodímero formado por fos y jun o bien un gran número de otros factores homólogos. La secuencia de nucleótidos a la que se unen estos factores se denomina también AP-1. Esta secuencia se denomina también TRE.

Apaf-1:

Factor activador de proteasas apoptóticas (Apoptotic protease activating factor 1). Es una proteína citosólica que oligomeriza en presencia de dATP y citocromo c (liberado de la mitocondria). Los oligómeros reclutan procaspasa-9 mediante su dominio CARD y permiten su autoactivación.

APC:

Complejo promotor de la anafase (anaphase-promoting complex). Es un complejo multiproteico con actividad E3-ubiquitina ligasa. APC dirige los complejos E2-ubiquitina a las cajas destrucción de las ciclinas mitóticas. También se encarga de estimular la degradación del inhibidor de la anafase.

APT:

Alanina-piruvato transaminasa .

Ara:

Arabinosa.

ARF:

Factor de ADP-ribosilación (ADP-ribosylation factor). Familia de proteínas G pequeñas implicadas en el tráfico intracelular de proteínas.

Arg:

Arginina (Arginine), R.

ARS:

Orígenes de replicación de eucariotas. (Autonomous replicating sequences: secuencias de replicación autónoma). Su presencia es necesaria para que un DNA exógeno se comporte como un cromosoma autoreplicante en levaduras. Están formadas por varios elementos repetidos, ricos en AT.

Asn:

Asparagina (Asparagine, N de nitrógeno amida), N.

Asp:

Aspartato (Aspartate). Ácido aspártico, D.

ATF:

Factores de transcripción activadores (activating transcription factors). Factores de transcripción homólogos de CREB. ATF-1 puede ser activado por cAMP y también Ca2+.

ATM:

Mutada en ataxia-telangiectasia (ataxia-telangiectasia mutated). Es una Ser/Thr-proteína quinasa de la familia de PI3K. Se encuentra inactiva en el síndrome ataxia-telangiectasia que además de su nombre implica radiosensibilidad y propensión a leucemias y otros cánceres. La quinasa está implicada en los mecanismos de control del ciclo celular que bloquean la división en caso de daño en el genoma. También participa en los mecanismos de reparación. Es particularmente sensible a roturas de doble hebra en el DNA.

ATP:

Adenosina-5’-trifosfato (adenosine-5’-triphosphate). Moneda de intercambio energético intracelular. Mensajero intercelular.

ATR:

Relacionada con ataxia-telangiectasia y Rad3 (ataxia-telangiectasia and Rad3 related). Es una Ser/Thr-proteína quinasa de la familia de PI3K. La quinasa está implicada en los mecanismos de control del ciclo celular que bloquean la división en caso de daño en el genoma. También participa en los mecanismos de reparación. Entre sus blancos se encuentra BRCA1.

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B [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

BAD:

Inductor de muerte asociado a Bcl-2 (Bcl-2-associated death promoter). Es una proteína proapoptótica mediante el secuestro (por heterodimerización) de Bcl-2 y análogos, dejando libre BAX. BAD puede ser regulado por fosforilación y consecuente unión a proteínas 14-3-3. Es un vínculo entre las señalización por factores de crecimiento y la apoptosis.

BAX:

Proteína X asociada a Bcl-2 (Bcl-2-associated X protein, X por desconocido en su momento). Su oligomerización en la membrana mitocondrial induce la formación del poro que permite la liberación de citocromo c, probablemente por interacción con VDAC. Es una proteína proapototica cuya actividad está limitada por heterodimerización con Bcl-2 y otros análogos antiapoptóticos.

Bcl-2:

Proteína antiapoptótica (equivalente al gen ced-9 de C. elegans), identificada en un linfoma de células B (B cell lymphoma) resistente a la apoptosis. Es el prototipo de una amplia familia, caracterizada por presentar hasta 4 tipos de dominios de homología a Bcl-2 (BH). La acción antiapoptótica de Bcl-2 se debe fundamentalmente al secuestro de BAX por heterodimerización y a la inhibicición de Apaf-1.

BDNF:

Factor neurotrófico derivado de cerebro (brain-derived neurotrophic factor).

BER:

Mecanismo de reparación del DNA por escisión de bases (Base Excision Repair). Es el mediado por las DNA-glucosilasas y la DNApolβ.

BH:

Homología a Bcl-2 (Bcl-2 homology). Se trata de una serie de dominios de interacción proteína-proteina presentes en Bcl-2 y otros miembros de su familia y que median las interacciones entre ellos.

β-HB:

β-Hidroxi-butirato. Uno de los cuerpos cetónicos, combustibles metabólicos generados a partir de acetil-CoA.

bHLH:

Motivo hélice-bucle-hélice básico (basic helix-loop-helix motif), presente en numerosos factores de transcripción, por ejemplo myoD.

BID:

Agonista letal que interacciona mediante dominios BH3 (BH3-interacting domain death agonist). Es una proteína proapoptótica que, cuando se activa, causa la liberación de citocromo c de la mitocondria. Se activa por proteolisis por la caspasa-8.

BiP:

Proteína de unión (Binding Protein). Chaperona de la luz del retículo endoplásmico. Es una proteína de la familia Hsp.

BIR:

Repetición IAP del baculovirus (baculovirus IAP repeat). Es un dominio de interacción proteína proteína presente en las proteínas IAP que les permite unirse e inhibir a las caspasas activas, inhibiendo su acción proapotótica. Se identificó en una proteína anti-apoptótica expresada por un baculovirus (para prevenir la muerte celular y permitir la producción de más viriones).

BMP:

Proteína morfogénica del hueso (Bone morphogenetic protein). Es un morfógeno muy importante no sólo para la especificación de tejido óseo. Es de la familia del TGFβ y activa también señalización mediante smads.

BPG, 1,3-BPG:

1,3-bisfosfoglicerato (1,3-bisphosphoglycerate). Intermediario de la glucólisis. Anhídrido de ácido producido por la GPDH que introduce una fosforilación a nivel de sustrato.

BRCA1:

Gen del cáncer de mama 1 (Breast cancer 1). Codifica una proteína con un dominio RING y de tipo BRCT. Forma la base de un gran complejo multiproteico encargado de velar por la integridad del genoma. También interacciona con RNApolII y puede ser un regulador transcripcional.

BRCA2:

Gen del cáncer de mama 2 (Breast cancer 2). Codifica una proteína que participa en los mecanismos de reparación de roturas de doble hebra o la recombinación homóloga.

bZIP:

Cremallera de leucina básica (basic zipper). Motivo de unión al DNA presente en numerosos factores de transcripción, por ejemplo fos, jun y CREB.

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C [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

C:

Cisteína, Cys. También la base pirimidínica citosina.

C/EBP:

Factor de transcripción que se une a secuencias CCAAT y potenciadoras (CAAT/enhancer binding protein). Su dominio DBD es de tipo bZIP y el dominio de activación tiene motivos ricos en Pro.

cADPR:

ADP ribosa cíclica (Cyclic ADP-ribose). Ligando del receptor de rianodina, canal de Ca2+ de la membrana del retículo endoplásmico sensible Ca2+.

CAF-1:

Factor de ensamblaje de la cromatina 1 (cromatin assembly factor 1, en algunos sitios chromatin-associated factor). Proteína que transporta y presenta el tetrámero H3/H4 en el ensamblaje de nucleosomas tras la replicación. Interacciona con PCNA y RFC.

CAK:

Quinasa constitutiva activadora de quinasas de tipo CDK (CDK Activator Kinase, originalmente cdc2-activating kinase). Está formada por el complejo activo CycH/CDK7 y un factor de ensamblaje, MNAT1. CAK activa las CDKs por fosforilación en Thr y también a Cdc25, con lo que contribuye al control del ciclo celular. También forma parte del factor general de transcripción TFIIH, dónde actúa para fosforilar el CTD de la RNApolII. CAK es un complejo con actividad constitutiva.

CaM:

Calmodulina. Proteína de unión a Ca2+ con amplias funciones reguladoras. Su nombre deriva de modulación por Ca2+.

cAMP:

Adenosina-3’,5’-monofosfato ciclico (Cyclic AMP). Segundo mensajero intracelular. Activa la PKA.

CaMPK:

Proteína quinasa dependiente de calmodulina (Calmodulin-dependent protein kinase). Existen varios tipos, de los cuales las familias CaMPK II y CaMPK IV son las más importantes.

CaN:

Calcineurina. Proteína fosfatasa (Ser/Thr) dependiente de Ca2+ y muy abundante en tejido nervioso. Es la PP2B. Uno de sus blancos es NF-AT.

CARD:

Dominio de reclutamiento de caspasas (caspase-recruitment domain). Es un dominio de unos 90-100 aa que media interacciones proteína-proteína. Como su nombre indica, permite ligar caspasas. Está presente en las propias caspasas y en Apaf-1 y otras proteínas pro-apotóticas.

CBC:

Complejo de unión de la caperuza (cap binding complex). Complejo multiproteico que une la caperuza 5’ del mRNP y lo conduce al poro nuclear para su transporte.

CBP:

Proteína de unión a CREB (CREB Binding Protein). Complejo co-activador de transcripción. Se asocia al factor CREB y a otros factores de transcripción. Esta proteína tiene actividad HAT por si mismas, y además recluta a pCAF.

CBPI:

Proteína de unión de la caperuza I (Cap binding protein I). Es una proteína citosólica. Reconoce el extremo 5' con caperuza del mRNA y lo presenta a otras proteínas, por ejemplo eIF3 y proteínas ribosómicas.

cdc:

ciclo de división celular (cell division cycle). Gran grupo de genes identificados en la levadura buscando mutantes que presentaran un ciclo celular o una división celular defectuosa.

cdc:

Genes que afectan a la división celular en levaduras. (cell división cycle). .

Cdc2:

Equivalente a la CDK1 de eucariotas y la subunidad catalítica de MPF de Xenopus.

Cdc25:

Proteína fosfatasa que participa en la activación del complejo CDK1/CycB. Actúa sobre restos de P Thr y P Tyr. Se activa por fosforilación mediada por CAK y/o CDK1/CycB.

Cdc28:

Es la principal quinasa activada por ciclinas responsable del ciclo celular en S. cerevisiae. Su actividad es análoga a la del complejo CDK2/CycA: activar la fase S. También es necesaria para la entrada en mitosis.

Cdc45:

ciclo de división celular 45 (cell division cycle 45). Factor esencial para la iniciación de la replicación. Interacciona con la helicasa MCM, permitiendo su activación.

Cdc6/Cdc18:

ciclo de división celular 6/18 (cell division cycle 6/18).ATPasa que ensambla la helicasa de la horquilla de replicación (MCM) sobre el DNA dúplex. Es activada por fosforilación por CDKs.

Cdc7/Dbf4:

ciclo de división celular 7 (cell division cycle 45) / formador de campanillas 4 (dumbbell former 4, por la forma de las colonias). Quinasa que fosforila Cdc45 esencial para la iniciación de la replicación.

CDK:

Quinasas dependientes de ciclina (Cyclin-Dependent Kinase). Familia de proteína quinasas que son activadas por la unión de ciclinas. Fosforilan proteínas en restos de Ser/Thr.

CDK1:

Quinasas dependientes de ciclina 1 (Cyclin-Dependent Kinase 1). Principalmente activa durante G2. Combinada con CycB tiene actividad MPF.

CDK2:

Quinasas dependientes de ciclina 2 (Cyclin-Dependent Kinase 2). Activa durante la fase S, combinada con CycA. También se combina con CycE para entrar en fase S.

CDK3:

Quinasas dependientes de ciclina 3 (Cyclin-Dependent Kinase 3). No se conoce su ciclina reguladora. Fosforila a H1, pero no se comprende bien su papel en el ciclo celular.

CDK4:

Quinasas dependientes de ciclina 4 (Cyclin-Dependent Kinase 4). Activa en G0/G1 , regulada por CycD.

CDK5:

Quinasas dependientes de ciclina 5 (Cyclin-Dependent Kinase 5). Se une principalmente a las CycD, por lo que se cree que tiene un papel en G0/G1. Fosforila histona H1 y proteínas del citoesqueleto (tau, MAP2, neurofilamentos).

CDK6:

Quinasas dependientes de ciclina 6 (Cyclin-Dependent Kinase 6). Activa en G0/G1 , regulada por CycD.

CDK7:

Quinasas dependientes de ciclina 7 (Cyclin-Dependent Kinase 7). Junto con la ciclina H y MNAT1 forma la quinasa CAK activadora de las otras CDKs. Es también parte del complejo TFIIH.

CDK8:

Quinasas dependientes de ciclina 8 (Cyclin-Dependent Kinase 8). Se combina con CycC y puede tener un papel en la regulación transcripcional, pues fosforila el CTD de la RNApolII.

CDK9:

Quinasas dependientes de ciclina 9 (Cyclin-Dependent Kinase 9). Combinada con la ciclina T forma el factor de elongación de la transcripción pTEFb. También puede unirse a la ciclina K.

CDP:

Citosina-5’-difosfato (cytosine-5’-diphosphate).

ced:

Genes de C. elegans implicados en el proceso apoptótico (C. elegans death).

Ced-3:

Proteasa análoga a caspasas en C. elegans.

Ced-4:

Homólogo de Apaf-1 en C. elegans.

CEN:

Secuencias de nucleótidos repetidas presentes en los centrómeros de eucariotas (Ac/tAAAc/tT en mamíferos).

CFI, CFII:

Factores de corte I y II (cleavage factor I, II), Heterotrímeros implicados en el corte de la región 3’-UTR del RNA naciente y la terminación de la transcripción.

cGMP:

Guanosina-3’-5’-monofosfato ciclico (Cyclic GMP). Segundo mensajero intracelular. Activa la PKG.

Chol:

Colesterol (Cholesterol).

CICR:

Liberación de calcio inducida por calcio (calcium-induced calcium release). Liberación de Ca2+ del retículo endoplásmico mediada por el RyR, canal de Ca2+ abierto por Ca2+.

CIP:

Proteínas inhibidoras de CDKs (CDK inhibitory protein). Familia de proteínas que se unen e inhiben los complejos CDK/Cyc de forma general (CDK1-6). Existen 3 principales: p21CIP1, p27KIP1 y p57KIP2. Suprimen la proliferación.

cit:

Citrato, primer intermediario el ciclo de Krebs (TCA). Es también una forma de exportar carbonos fuera de la mitocondria para la síntesis de ácidos grasos. Cit es también la abreviatura de citocromo, hemo-proteínas transportadoras de electrones presentes en la mitocondria y otros orgánulos.

CK:

Creatina quinasa (creatine kinase). Enzima citosólica muscular que fosforila la creatina (reservorio de ATP). Tiene utilidad diagnóstica como marcador de daño celular (infarto de miocardio etc).

CKI:

Inhibidores de las quinasas activadas por ciclinas (Cyclin-dependent kinase inhibitors). Se oponen a las acciones mediadas por CDKs. El ejemplo mejor conocido es INK4.

CMP:

Citosina-5’-monofosfato (cytosine-5’-monophosphate). Ácido citidílico.

CoA, CoASH:

Coenzima A. Coenzima de transporte de grupos acilo (acetilo, malonilo, ácidos grasos) formado por 3’-fosfoadenosina 5´-difosfato, ácido pantoténico (vitamina del complejo B) y β-mercaptoetilamina, que aporta el grupo SH al que se ligan los acilos manipulados. .

COPs:

Proteínas coatómeras (coatomer proteins, de coat, cubierta). Proteínas de recubrimiento de vesículas intracelulares gemadas del aparato de Golgi.

CPSF:

Factor de especificidad de corte y poliadenilación (cleavage and polyadenylation specificity factor). Se une a la zona señal rica en AT en la 3’-UTR de un RNA naciente y recluta la unión de los otros factores de corte y poliadenilación para la terminación de la transcripción.

CRE:

Secuencia de DNA implicado en la respuesta al cAMP (CyclicAMP response element).

CREB:

Factor de transcripción que se une a los elementos de respuesta a cAMP (CyclicAMP response element binding protein). Es de la familia bZIP. Se activa por fosforilación por PKA y CaMPKIV. Recluta a co-activadores como p300/CBP.

CREM:

Moduladores de CRE (CRE modulators). Proteínas reguladoras de la acción de CREB. Son homólogos de CREB capaces de dimerizar con él.

CStF:

Factor estimulador del corte (cleavage stimulatory factor). Heterotrímero que junto con CFI y CFII realiza el corte de la región 3’-UTR del RNA naciente. CStF se une a la zona señal rica en GU y estabiliza el complejo con CPSF y los otros factores.

CTD:

Dominio carboxi-terminal de la RNApolII (carboxy-terminal domain). Región de la RNApolII que interacciona con factores activadores de la transcripción. Resulta fosforilado por TFIIH (u otras quinasas) tras abandonar el promotor, permitiendo la fase de elongación en transcripción de mRNA.

CTF1:

Factor de transcripción que se une a CCAAT (CCAAT-binding transcription factor 1). Su dominio de activación tiene motivos ricos en Pro. También se conoce como NF1.

CTP:

Citosina-5’-trifosfato (cytosine-5’-triphosphate).

Cyc:

Genes que codifican las ciclinas (Cyclins), proteínas cuya expresión varía cíclicamente de forma sincrónica con el ciclo celular. Son subunidades reguladoras de las CDKs,.

CycA:

Ciclina A (Cyclin A). Actúa emparejándose con CDK2. Su función principal consiste en inducir la fase S, activando los complejos pre-replicativos, aunque también permanece activa en G2 (con CDK1).

CycB:

Ciclina B (Cyclin B). Actúa emparejándose con CDK1. Su función principal es servir como MPF, induciendo la entrada en mitosis.

CycC:

Ciclina C (Cyclin C). Actúa emparejándose con CDK8. Es un regulador transcripcional. Fosforila el CTD de la RNApol II.

CycD:

Ciclina D (Cyclin D). Actúa emparejándose con CDK4/6. Su función es fosforilar a pRb, liberando al factor E2F. Su actividad es esencial para reintroducir el ciclo (G0/G1) y en el punto de restricción de G1/S.

CycE:

Ciclina E (Cyclin E). Actúa emparejándose con CDK2. Su función principal consiste en fosforilar a pRb, liberando al factor E2F. A su vez, CycE y CDK2 son inducidos por E2F. Es la pieza principal del mecanismo de retroalimentación positiva que desencadena la superación del sitio de restricción en G1/S.

CycH:

Ciclina H (Cyclin H). Es la subunidad reguladora de CDK7, con la que forma la quinasa constitutiva CAK (junto con MNAT1), que participa en el control del ciclo celular y en la regulación de la transcripción como parte de TFIIH.

CycT:

Ciclina T (Cyclin T). Subunidad reguladora de CDK9, con la que forma pTEFb.

Cys:

Cisteína (Cystein), C.

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D [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

D:

Ácido aspártico, Asp.

DA:

dopamina (dopamine).

DAG:

Diacilglicerol (diacyl glicerol). Segundo mensajero lipídico generado por la PLC. Activa las isoformas clásicas de la PKC.

Dam:

DNA-adenina metil transferasa (DNA adenine methylation). Enzima encargada de metilar en N-6 la base adenina en secuencias GATC, en el genoma de E. coli. De esta forma se marcan las hebras de DNA (viejas/nuevas, propia/extraña).

DARPP-32:

Fosfoproteína regulada por dopamina y cAMP (Dopamine and adenosine-3’,5’-monophosphate regulated phosphoprotein). Subunidad reguladora de la PP1 muy abundante en cerebro. Su acción es modulada por fosforilación.

DBD:

Dominio de unión a DNA (DNA binding domain). Aunque es una denominación genérica, típicamente se usa en relación a la superfamilia de receptores nucleares.

DD:

Dominios de muerte (dead domain). Dominios de interacción proteína-proteína presentes en numerosas moléculas que interaccionan con el TNFR y Fas, y median la inducción de apoptosis.

DED:

Dominio efector de muerte (Dead effector domain). Dominios de interacción proteína-proteína presente en caspasa-8 y otras proteínas con dominios DD. Permite reclutar moléculas efectoras.

DHAP:

Dihidroxiacetona-fosfato (dihydroxiacetone phosphate). Intermediario glucolítico, producto de la escisión de la F-1,6-BP por la aldolasa.

DIABLO:

Proteína de unión directa a IAP con bajo pI (direct IAP-binding protein with low pI). Es una proteína proapoptótica del espacio intermembranoso mitocondrial. Se libera conjuntamente con el citocromo c. En el citosol se une al dominio BIR de las IAPs y evita su acción inhibitoria sobre las caspasas.

dna:

Genes de E. coli cuya mutación provoca déficits en la replicación del DNA.

DNA-PK:

Proteína quinasa dependiente de DNA (DNA-dependent protein kinase). Es una Ser/Thr-quinasa que activa al ser reclutada sobre DNA estructuralmente alterado. Consiste en una subunidad catalítica grande y varias subunidades menores que sirven para unirse al DNA en sitios específicos. Por ejemplo, la proteína Ku sirve como subunidad de la DNA-PK para anclarla en roturas de doble hebra.

Dna2:

Helicasa implicada en el procesamiento de fragmentos de Okazaki. Identificada en mutantes con defectos en la síntesis de DNA (mutantes dna). También llamada rad27. En mamíferos es probablemente la helicasa B de ratón.

DnaA:

Proteína de reconocimiento del origen en procariotas. Se une a la secuencia oriC, con fusión local de la misma, formando un complejo de 10-20 subunidades, de forma dependiente de ATP. Su equivalente en eucariotas es ORC.

DnaB:

Helicasa de replicación en procariotas. Es un hexámero que se asocia a cada hebra de DNA en la horquilla de replicación y va desenrollando el mismo. Es una ATPasa. Se ensambla por acción de DnaC. En eucariotas su función la cumplen las proteínas MCM.

DnaC:

Proteína que ensambla la helicasa DnaB sobre el DNA monohebra en la horquilla de replicación de procariotas. Su equivalente en eucariotas es Cdc6/Cdc18.

DnaG:

Es la primasa que sintetiza el cebador RNA necesario para la replicación de la hebra retrasada, en procariotas.

DOPA, l-DOPA:

3,4-Dihidroxifenilalanina (3,4-dihydroxyphenilalanine). Metabolito precursor de las catecolaminas (DA y NA). Se sintetiza por acción de la TH.

DP:

Factor de transcripción que actúa por unión a E2F para formar heterodímeros activos. Su nombre proviene de esta dimerización (Dimerization Partner) .

DP:

Pareja de dimerización (Dimerization partner). Es un factor de tarnscripción que se une a las secuencias E2 cuando forma heterodímeros con proteínas de la familia E2F.

DRIP:

Proteína de interacción con el receptor de la vitamina D3 (vitamin D3 receptor interacting protein). Coactivador de la transcripción necesario para la acción del receptor de vitamina D. También denominado Mediator-D.

DβH, DBH:

Dopamina β-hidroxilasa. Enzima que produce la NA a partir de la DA. La hidroxilación tiene lugar en la cadena lateral, no el núcleo de catecol.

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E [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

E:

Ácido glutámico, Glu (homólogo superior de D).

E2:

Secuencia de DNA a la que se une el factor de transcripción formado por heterodímeros E2F/DP. Tiene una secuencia consenso TTTCC/GCGC. El nombre deriva de que se identificó en el potente promotor del gen E2 de adenovirus.

E2F:

Factor de transcripción de E2 (E2 transcription factor, el nombre deriva del gen E2 del adenovirus). Es un factor de transcripción esencial para entrar en fase S. Se mantiene inhibido por pRB desfosforilada. Dimeriza con DP para formar el complejo activo que se une al DNA y activa la transcripción.

E2F:

Factor de transcripción implicado en la entrada en fase S del ciclo celular. Forma normalmente heterodímeros con DP. Su actividad está regulada por la proteína anti-oncogénica Rb.

E4P:

Eritrosa-4-fosfato. Intermediario de la ruta de las pentosas fosfato.

eag:

Gen ether a go-go de D. melanogaster, denominado así por las sacudidas características (como una gogó) cuando se administra éter a las moscas mutantes. Corresponde a un canal de potasio voltage-dependiente del tipo del rectificador retrasado.

eEF:

Factores de elongación de la síntesis de proteínas en eucariotas (eukaryotic elongation factors).

EF-G:

Factor de elongación (elongation factor) en la síntesis de proteínas de procariotas. Media la translocación del peptidil-tRNA. En eucariotas es eEF2.

EF-Ts:

Factor de elongación (elongation factor) en la síntesis de proteínas de procariotas. Media el reciclado de EF-Tu. En eucariotas es eEF1βγ.

EF-Tu:

Factor de elongación (elongation factor) en la síntesis de proteínas de procariotas. Aporta el aminoacil-tRNA al ribosoma. En eucariotas es eEF1αβγ.

EGF:

Factor de crecimiento epidermal (epidermic growth factor). Es un receptor de membrana con actividad Tyr-quinasa prototípico. Está codificado por el gen erB-1.

eIF 2-6:

Factores de iniciación de la síntesis de proteínas en eucariotas (eukaryotic initiation factors).

Elk-1:

Gen similar a Ets (Ets-like gene 1). Factor de transcripción nuclear. Es fosforilado por las ERK, con lo que se activa. Una vez fosforilado se combina con un homodímero SRF, formando entre los tres el llamado complejo ternario, y se une a las secuencias SRE, formando entre los tres el llamado complejo ternario. Por lo tanto, es uno de los TCFs.

ER:

Receptor de estrógenos (estrogen receptor). Proteína citosólica que se transloca al núcleo al unir la hormona y actúa como factor de transcripción.

erb:

Familia de oncogenes aislados de tumores inducidos por el virus de la leucemia eritroblastocítica de aves (avian erytroblastosis leukemia virus). Sus productos corresponden a varias proteínas no siempre relacionadas entre si.

erbA:

Oncogén de la familia erb de eritroblastosis de aves. El gen celular codifica el receptor de hormonas tiroideas (TR). Existen dos isoformas, α y β. Las formas mutadas, constitutivamente activas, son oncogénicas.

erbB-1:

Oncogén de la familia erb de eritroblastosis de aves. El gen celular codifica el receptor de EGF. Las formas mutadas, constitutivamente activas, son oncogénicas .

erbB-2:

Oncogén de la familia erb de eritroblastosis de aves. El gen celular codifica una proteína con características de receptor de factores de crecimiento, similar al receptor de EGF.

ERE:

Elemento de respuesta a estrógenos (estrogen response element). Secuencia de nucleótidos a la que se une el receptor de estrógenos.

eRF:

Factor de liberación de la cadena polipeptídica en eucariotas (eukaryotic release factor) .

ERK:

Quinasas reguladas por señales extracelulares (Extracellular signal-regulated kinase). Sea trata de dos quinasas efectoras de la familia de las MAPKs. Son MAPK1 y MAPK2, también conocidas como p42 y p44. Son activadas por fosforilación doble por MEK en un motivo TxY. Entre sus sustratos están el factor de transcripción Elk-1 y las quinasas p90rsk y Mnk.

ETS:

Dominio de unión a DNA presente en varios factores de transcripción conocidos como proteínas ETS. Se une específicamente a sitos de DNA conteniendo la secuencia consenso (C/A)GGA(A/T)(G/C). Una proteína de la familia es el factor Elk-1, en ella el dominio ETS es N-terminal. Se denominan así por unas secuencias adicionales (extra sequences), necesarias para la inducción de mieloblastosis y eritroblastosis combinadas por el retrovirus E26 de aves.

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F [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

F:

Fenilalanina, Phe.

F-1,6-BP:

Fructosa-1,6-bisfosfato (fructose-2,6-bisphosphate).

F-2,6-BP:

Fructosa-2,6-bisfosfato (fructose-2,6-bisphosphate). Un regulador de la glucolisis. Efector de la PFK1 y la FBPasa.

F-6-P:

Fructosa-6-bisfosfato (fructose-6-phosphate). Intermediario de la glucólisis.

FAD:

Dinucleótido de flavina y adenina (flavin adenine dinucleotide). Coenzima redox utilizada por numerosas deshidrogenasas. Está formado por FMN y AMP. Usualmente se encuentra firmemente unido a la proteína formando flavoproteínas. Deriva de la riboflavina o vitamina B2.

FADH2:

Forma reducida del dinucleótido de flavina y adenina .

FBP, F-1,6-BP:

Fructosa-1,6-bisfosfato (fructose-1,6-bisphosphate). Intermediario de la glucólisis.

FBPasa-1:

Fructosa-1,6-bisfosfatasa 1(fructose-1,6-bisphosphatase 1). Enzima gluconeogénica regulada por F-2,6-BP, AMP y citrato y también a nivel transcripcional.

FDP:

Fructosa difosfato (fructose diphosphate). Nombre químicamente incorrecto de FBP.

FEN-1:

Endonucleasa flap 1 (Flap endonuclease 1). Elimina las estructuras ramificadas (flap) durante la maduración de los fragmentos de Okazaki, y en los procesos de reparación del DNA.

FGF:

Factor de crecimiento de fibroblastos (fibroblast growth factor).

FKBP12:

Proteína de unión a FK506 12 (FK506 binding protein 12). FK506 es el código de un fármaco inmunosupresor. Se une a calcineurina y mTOR.

fMet:

Formil-metionina. Aminoácido modificado que sirve como inicio de la síntesis de una cadena polipeptídica.

FMN:

Mononucleótido de flavina (flavin mononucleotide). Coenzima redox utilizada por numerosas deshidrogenasas. Usualmente se encuentra firmemente unido a la proteína formando flavoproteínas. Deriva de la riboflavina o vitamina B2..

FMNH2:

Forma reducida del mononucleótido de flavina.

Fmr1:

Proteína con motivos KH de unión a RNA producto del gen del síndrome de X-frágil, el síndrome de retraso mental heredable más común.

fos:

Oncogén aislado del virus FJB de osteosarcoma murino (Finkel-Biskis-Jinkins murine osteosarcoma virus). Es un factor de transcripción con motivos bZIP de la familia de proteínas AP-1. Actúa formando dímeros con otras proteínas de la misma familia, como jun.

Fra-1:

Antígeno relacionado con fos (fos-related antigen). Factor de transcripción de la familia de fos.

FRAP:

Proteína de unión a FKBP12 y rapamicina (FKBP12 and rapamycin-associated protein). Otro nombre de mTOR. Es una proteína quinasa que media el bloqueo del ciclo celular y la inmunosupresión inducida por FK506.

Fru:

Fructosa.

Fuc:

Fucosa.

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G [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

G:

Glicina, Gly (también glicocola). También la base púrica guanina.

G-1-P:

Glucosa-1-fosfato (glucose-1-phosphate). Principal producto de la glucógenolisis. Se isomeriza a G-6-P para su posterior utilización.

G-6-P:

Glucosa-6-fosfato (glucose-6-phosphate). Intermediario de la glucólisis formado por la HK.

G3P, G-3-P:

Gliceraldehido-3-fosfato (glyceraldehide-3-phosphate). Intermediario glucolítico, producto de la escisión de la F-1,6-BP por la aldolasa.

G6Pasa:

Glucosa-6-P fosfatasa (glucose-6-phosphatase). Enzima final de la ruta gluconeogénica hepática, que rinde glucosa libre. Es una subunidad de un complejo multienzimático residente en el retículo endoplásmico.

G6PDH:

Glucosa-6-P deshidroganasa. Enzima oxidativa inicio de la ruta de las pentosas fosfato. Utiliza NADP+. Su deficiencia causa una anemia hemolítica inducida por fármacos.

GABA:

Ácido γ-aminobutírico (gamma-amino-butyric acid). Principal neurotransmisor inhibitorio en el SNC. Se sintetiza a partir de glutamato por la acción de GAD.

GAD:

Descarboxilasa del ácido glutámico (glutamic acid decarboxylase). Enzima de síntesis de GABA a partir de glutamato.

Gal:

Galactosa.

GalN:

2-amino-galactosa (galactosamina).

GalNAc:

2-acetilamino-galactosa (N-acetil-2-amino-galactosa, N-acetilgalactosamina).

GAP:

Proteína activadora de la GTPasa (GTPase activating protein). Proteínas reguladoras que estimulan la actividad GTPásica intrínseca de ras y otras proteínas G pequeñas, con lo que promueven su desactivación.

GDH, GLDH:

Glutamato deshidrogenasa. Enzima que interconvierte Glu y α-KG. Existen isoenzimas que usan NAD+ y otras que usan NADP+. La reacción implica una desaminación-oxidativa o una fijación de NH4+, según su dirección neta.

GDP:

Guanosina-5’-difosfato (guanosine-5’-diphosphate).

GEF:

Factor de intercambio de nucleótidos de guanina (Guanine-nucleotide exchange factor). Proteína que estimula intercambio de GDP por GTP y la consiguiente activación de proteínas G pequeñas (sos es un GEF normal de ras).

GF:

Factor de crecimiento (growth factor).

GK:

Glucoquinasa (glucokinase). Hexoquinasa D, principal isoforma de HK presente en el hígado, con baja afinidad por glucosa.

Glc:

Glucosa.

GlcA:

Ácido glucónico (gluconic acid).

GlcN:

2-amino-glucosa (glucosamina).

GlcNAc:

2-acetilamino-glucosa (N-acetil-2-amino-glucosa, N-acetilglucosamina).

GlcUA:

Ácido glucurónico (glucuronic acid).

Gln:

Glutamina (Glutamine, N de nitrógeno amida), Q.

Glu:

Glutamato (Glutamate). Ácido glutámico, E.

Gly:

Glicina (glycine), G.

GMP:

Guanosina-5’-monofosfato (guanosine-5’-monophosphate). Ácido guanílico.

GOT:

Glutamato-oxalacetato Transaminasa, Tiene utilidad diagnóstica como marcador de daño hepático.

GPCR:

Receptores acoplados a proteínas G (G-protein coupled receptors). Receptores de membrana, usualmente con 7 segmentos transmembranales que utilizan proteínas G heterotriméricas en su cascada de transducción de la señal. También se denominan receptores metabotrópicos.

GPDH, G3PDH:

Gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa (glyceraldehide-3-phosphate dehydrogenase). Enzima glucolítica. Convierte G3P en BPG, una fosforilación a nivel de sustrato. Se usa como enzima marcadora por ser constitutiva y con pocas variaciones de sus expresión.

GR:

Receptor de estrógenos (glucocorticoid receptor). Proteína citosólica que se transloca al núcleo al unir la hormona y actúa como factor de transcripción.

Grb2:

Proteína de unión a receptors de factores de crecimiento 2 (Growth factor receptor binding protein 2). Es una proteína con dominios SH2 y SH3. Se une a motivos p-Tyr y recluta otros mediadores, típicamente Sos.

GRE:

Elemento de respuesta a los glucocorticoides (glucocorticoids response element). Secuencia de nucleótidos a la que se une el receptor de glucocorticoides.

GRIP-1:

Proteína de interacción con el receptor de glucocorticoides 1 (glucocorticoid receptor interacting protein). Miembro de la familia de coactivadores de la transtripción NcoA. También denominado NcoA-2, TIF2 y Mediator-G.

GSH:

Glutatión reducido. Tripéptido γ-Glu-Cys-Gly, importante antioxidante intracelular.

GSK:

Quinasa de la glucógeno-sintasa (Glycogen-synthetase kinase). Familia de Ser/Thr-proteína quinasas. Varias de ellas tienen por sustrato y función principal proteínas distintas de la glucógeno-sintasa.

GSSG:

Glutatión oxidado. Dos GSH unidos por un puente disulfuro.

GTF:

Factores de transcripción genéricos (general transcription factors). Factores que se unen al promotor y reclutan a la RNA polimerasa II. Incluyen los TFII. No son específicos de promotor, afectan a la transcripción de todos los genes en general.

GTP:

Guanosina-5’-trifosfato (guanosine-5’-triphosphate). Ligando regulador (junto a GDP) de las proteínas G y de varias otras proteínas reguladoras. También es usado como acoplador energético.

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H [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

H:

Histidina, His. También la base púrica hipoxantina.

H-ras, Ha-ras:

Forma mutada oncogénica de c-ras encontrada en tumores producidos por el virus del sarcoma de Harvey. También denominada rasH.

H1, H2A, H2B, H3, H4:

Histonas. Familia de 5 proteínas básicas fuertemente asociadas al DNA formando la cromatina. H2A, H2B, H3, H4 forman el corazón proteico del nucleosoma.

HA:

Histamina. Mediador proinflamatorio producido por descarboxilación de histidina.

HAT:

Actividad histona acetilasa (Histone Acetyl Transferase). Implicada en el remodelado de la cromatina que regula su actividad transcripcional. Muchas proteínas presentan esta actividad.

HCI:

Inhibidor controlado por hemo (heme controlled inhibitor). Es una proteína quinasa que fosforila eIF2, estabilizando el complejo peIF2/eIF2B e impidiendo el reciclado del mismo. Se activa al caer los niveles de hemo en los reticulocitos.

HDAC:

Actividad histona-desacetilasa. Antagoniza funcionalmente la acción de proteínas con actividad HAT e impide el remodelado de la cromatina.

HGPRT:

Hipoxantina-guanina fosforribosil-transferasa. Es una de las enzimas de la ruta de recuperación de bases púricas. Mutada en los casos de síndrome de Lesch-Nyhan.

His:

Histidina (Histidine), H.

HK:

Hexoquinasa (hexokinase). Enzima glucolítica. Fosforila la glucosa a G-6-P. Es una enzima reguladora, inhibida por producto.

HMG:

Proteínas del grupo de alta movilidad (high mobility group proteins). Conjunto de proteínas no histónicas, generalmente de bajo peso molecular y alta movilidad electroforética, asociadas a la cromatina. Algunas de ellas funcionan como GTF y en procesos de remodelación de la cromatina.

HMG-CoA:

3-Hidroxi-3-metil-glutaril-CoA. Intermediario lipídico, punto de ramificación de la síntesis de cuerpos cetónicos y la síntesis de colesterol.

HMG-CoAR:

Hidroximetil-glutaril-CoA reductasa. Enzima que reduce el HMG-CoA a mevalonato. Etapa limitante y reguladora de la síntesis de colesterol.

hMSH1:

Gen humano, mutado en tumores de tipo HPCC. Es un componente del sistema de reparación de mal-apareamientos de mamíferos. Corresponde a la función de mutL en procariotas.

hMSH2:

Gen humano, mutado en tumores de tipo HPCC. Es un componente del sistema de reparación de mal-apareamientos de mamíferos. Corresponde a la función de mutL en procariotas.

HNF:

Factores nucleares de hepatocitos (hepatocyte nuclear factor). Factores de transcripción específicos de hepatocitos. Pertenecen a diferentes tipos de familas, por ejemplo HNF1 contiene un homeodominio mientras HNF3 contiene dominios “winged helix” (fork-head).

hnRNA:

RNA heterogéneo nuclear (heterogeneous nuclear RNA). Fracción de RNA aislada núcleos eucariotas, distinta de los RNA ribosómicos y de transferencia, variable con la actividad transcripcional. Representa transcritos primarios en distintas etapas de procesamiento y RNAs de las partículas de procesamiento (hnRNP).

hnRNP:

Partículas ribonucleoproteicas nucleares heterogéneas (heterogeneous nuclear ribonucleoproteic particles). Complejos macromoleculares presentes en el núcleo que contienen hnRNA y proteínas. Se encargan del procesamiento de los transcritos primarios.

hnRNPA1:

Proteína A1 del complejo hnRNP. Proteína necesaria para el transporte de mRNAs al citosol. Contiene tanto secuencias NES como NLS lo que le permite entrar y salir del núcleo.

hox:

Genes homeóticos de mamíferos (Homeo-box genes). Son factores de transcripción que contienen homeodominios. Son activos en el control del desarrollo embrionario y en la organogénesis.

HPCC:

Cáncer colorectal sin pólipos hereditario (hereditary polyp-less colorectal cancer, también síndrome de Lynch). Tipo de cáncer asociado a mutaciones en los genes hMSH1 y hMSH1, implicados en el sistema de reparación de mal-apareamientos de mamíferos.

HRE:

Elementos de respuesta hormona (hormone response elements). Secuencias de nucleótidos a las que se unen los factores de transcripción modulados por hormonas.

Hsp60:

Proteína de choque térmico de 60kDa (heat-shock protein 60). Chaperonina mitocondrial de la misma familia que la proteína bacteriana GroEL.

Hsp90:

Proteína de choque térmico de 90kDa (heat-shock protein 90). Proteína chaperona citosólica que estabiliza proteínas solubles hidrofobas. Por ejemplo, liga y mantiene la conformación de los receptores de hormonas esteroides, en ausencia de hormona.

HSTF:

Factor de transcripción del choque térmico (heat-shock trascription factor). Responsable de la inducción de las proteínas asociadas al choque térmico (HSP).

HU:

Proteína tipo histona que participa en la iniciación de la replicación en E. coli. Se une, de forma dependiente de ATP, a DnaA, y media su interacción con DNA.

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I [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

I

Isoleucina, Ile. También la base púrica inosina.

IAP

Proteína inhibidora de la apoptosis (inhibitor of apoptosis protein). Se trata de una familia de proteínas citosólicas capaces de inhibir a las caspasas activas, a través de su dominio BIR. A su vez, son secuestradas por Smac/DIABLO.

IBMX

3-isobutil-1-metil xantina. Base púricas modificada utilizada como inhibidor de las PDE para elevar los niveles de cAMP.

IciA

Inhibidor de la iniciación cromosomal (inhibitor of chromosomal initiation). Es una proteína que secuestra DnaA en su forma unida a ADP. Impide la activación de DnaA por ATP y el inicio de la replicación en E. coli.

IDH

Isocitrato deshidrogenasa. Enzima del ciclo de Krebs que oxida el isocitrato a α-KG. Es una enzima alostérica controlada por ADP y NADH.

IF1, IF2, IF3

Factores de iniciación (initiation factors) en procariotas. En eucariotas son varios eIF.

iGluR

Receptores ionotrópicos de glutamato (ionotropic glutamate receptors). Es un grupo de proteínas que forma canales iónicos activados por unión de Glu extracelular. Son permeable a Na+, K+ y Ca2+.

IKK

Quinasas de IκB (IκB kinase). Fosforilan IκB en restos de Ser/Thr, anulando su capacidad de unión a los monómeros de NF-κB. Son activadas por fosforilación por NIK.

Ile

Isoleucina (isoleucine), I.

INK4

Proteína inhibidora de CDK4 (Inhibitor of Cyclin-dependent kinase 4). Proteínas de esta familia se unen e inhiben a CDK4/CycD, preferentemente, y también a CDK6/CycD.

IP3

myo-Inositol-1,4,5-trisfosfato (myo-Inositol-1,4,5-trisphosphate). Segundo mensajero hidrosoluble generado por la PLC. Activa los canales de Ca2+ sensibles a IP3 del retículo endoplásmico.

IP3R

Receptor de IP3 (IP3 receptor). Canal de calcio en la membrana del retículo endoplásmico que se abre al ligar IP3 (y Ca2+).

IRE

Elementos de respuesta al hierro (iron reponse elements). Secuencias de nucléótidos presentes en la región 3’-UTR de algunos mRNA. Forman un bucle con estructura en dúplex, reconocido por la IRE-BP. Controlan la estabilidad del mRNA.

IRE-BP

Proteína de unión a la secuencia IRE (IRE binding protein). Su actividad está regulada por hierro, se une a IRE sólo cuando la concentración de Fe2+ es baja. Estabiliza el mRNA evitando su degradación, por unión a IREs en 3’ UTR. Su unión a IREs en 5’-UTR bloquea el reconocimiento por el ribosoma e inhibe la traducción.

IRS-1

Substrato del receptor de insulina (insulin receptor substrate 1). Proteína intracelular soluble que resulta fosforilada en Tyr por el receptor de insulina activado. Sirve como punto de anclaje de otras proteínas mediadoras de la acción.

IκB

Inhibidor de NF-κB (Inhibitor of NF-κB). Son unas proteínas que se unen y secuestran en el citosol al factor NF-κB, manteniéndolo inactivo. Una vez fosforiladas por IKKs son un buen sustrato para ubiquitinación. Su degradación deja libre a NF-κB para ser translocado al núcleo, donde es activo.

IκB

Inhibidor de NF-κB (Inhibitor of κB). Proteina citosólica que se une a los monómeros de NF-κB. Previene la dimerización para formar NF-κB activo.

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J [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

JAK:

Quinasas Jano (just another kinase, posteriormente redenominada Janus kinase). Es una familia Tyr-quinasas solubles que son reclutadas y activadas por los receptores de citoquinas. Actúan sobre las proteínas STAT, fosforilándolas y activándolas. Originalmente el nombre hacía referencia a su actividad, desconociéndose su función. Como mediadoras de la acción de los receptor de citoquinas, las puertas de las células linfoides, se pusieron bajo la advocación del dios romano de la puertas. Jano era representado con dos caras (entrando y saliendo) y también JAK median tanto respuestas proapotóticas como proliferativas.

JNK:

Quinasa N-terminal de jun. (Jun N-terminal kinase). Es una quinasa Ser/Thr de la familia de las MAPKs. Es activada por las JNKKs de doble especificidad. Los sustratos de JNK suelen ser factores de transcripción nucleares, típicamente Jun, pero también ATF-2 y Elk-1. Las JNK también se denominan SAPK, pero son distintas de la p38 SAPK.

JNKK:

Quinasas de las JNK (JNK kinases). Son quinasas de especificidad dual que fosforilan en un motivo TxY a las proteínas de la familia de las JNK. Son análogas funcionalmente a las MEK.

jun:

Oncogén aislado de un virus de sarcoma de aves (avian sarcoma virus 17, el nombre viene de “ju-nana”, 17 en japonés). Es un factor de transcripción con motivos bZIP de la familia de proteínas AP-1. Actúa formando dímeros con fos y otras proteínas bZIP.

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K [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

K:

Lisina, Lys (la anterior a L).

κB:

Secuencias de DNA características del promotor de las cadenas κ de anticuerpos secretados por linfocitos B. También están presentes en los promotores de muchos otros genes en todo tipo de células. Son reconocidas específicamente por el factor de trascripción NF-κB.

K-ras, Ki-ras:

Forma mutada oncogénica de c-ras encontrada en tumores producidos por el virus del sarcoma de Kirsten. También denominada rasK.

KDEL:

Secuencia de aa C-terminal que constituye una señal de re-envío al RE desde el aparato de Golgi.

KH:

Motivo de homología a K (K homology motif). Motivo estructural encontrado en la proteína hnRNP-K (y en otras de la familia) similar al domino RNP pero más simple (lámina β de 3 cadenas flanqueada de un lado una α-hélice). Une RNA.

KIP:

Proteína inhibidora de quinasas dependientes de ciclina (Cyclin-dependent kinase inhibitory protein). Se aplica a p27KIP1 y p57KIP2, de la familia CIP.

Ku:

Helicasa implicada en el mantenimiento de telómeros y en la reparación NHEJR. Ku es un heterodímero formado por dos subunidades p70 y p86. Se une específicamente a extremos de moléculas de DNA bicatenario y recluta otras moléculas. Por ejemplo, la subunidad catalítica de la DNA-PK o la PARP. Es un autoantígeno en caso de lupus eritematoso.

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L [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

L:

Leucina, Leu.

L-myc:

Oncogén similar a myc aislado de un carcinoma de pulmón (lung).

Lac:

Lactato. Producto final de la glucólisis anaerobia en mamíferos. Producto de la LDH.

LBD:

Dominio de unión de ligando (ligand binding domain). Aunque es una denominación genérica, típicamente se usa en relación a la superfamilia de receptores nucleares.

LDH:

Lactato deshidrogenasa. Enzima que recicla el NADH citosólico convirtiendo Pyr en Lac. Existen varias isoformas, específicas de tejido, con utilidad diagnóstica.

Leu:

Leucina (leucine), L.

LINES:

Secuencias de elementos dispersos largas (long interspersed element sequences). Secuencias de 6-7 kb repetidas en múltiples copias en el genoma de mamíferos. Son retrotransposones no virales. L1 es un elemento representativo..

LTR:

Repeticiones terminales largas (long terminal repeats). Secuencias repetidas , de 200-600 pb, que flanquean ambos extremos de los retrotransposones virales, esenciales para su inserción y replicación.

Lys:

Lisina (Lysine), K.

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M [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

M:

Metionina, Met.

mAchR:

Receptor muscarínico de acetilcolina (muscarinic Acetylcholine Receptor).

Mad:

Proteína de dimerización de Max (Max dimerization protein). Factor de transcripción que dimeriza con Max formando un complejo represor transcripcional. Pertenece a la familia con dominios bHLHZ. El descubridor escogió la abreviatura de forma que resultase posible escribir que el dímero Mad-Max se opone a las acciones del oncogén myc.

mad :

mothers against decapentaplegic, genes de D. melanogaster homólogos de las proteínas smad en vertebrados, que participan en la transducción de señales por el receptor de TGFβ y BMPs. Decapentaplegic es un morfógeno en Drosophila, homólogo de BMP. En los mutantes Mad la mutación en la madre afecta al desarrollo del embrión. La denominación pretende establecer un paralelismo con decenas de asociaciones americanas de "madres en contra de" (la droga, la violencia, la pobreza, los bumerangs, las dioxinas etc.).

Man:

Manosa.

MAO:

Monoamino oxidasa. Enzima mitocondrial que realiza la desaminación oxidativa de numerosas aminas biógenas, inactivándolas.

MAPK:

Proteína quinasa activada por mitógenos (Mitogen-activated protein kinase). Una familia de Ser/Thr-proteína quinasas efectoras en la ruta de las tirosina quinasas. Estas quinasa se activan por doble fosforilación en un motivo TxY por las quinasas duales MEK. Es una denominación general que se aplica más típicamente a ERK1/2, pero también comprende p38 SAPK, JNKs y otras quinasas. Como su nombre indica, participan en la activación de la proliferación celular.

MAPKAP-K1:

Proteína quinasa activada por MAPK 1 (MAPK-activated protein kinase-1). Otro nombre de rsk, la quinasa de la S6 ribosomal.

MAPKAP-K2:

Proteína quinasa activada por MAPK 2 (MAPK-activated protein kinase-2). Una quinasa diana de la p38 SAPK, mediadora de respuestas al estrés celular.

MARs:

Regiones asociada a la matriz (matrix-associated regions). Secuencias de DNA genómico que se asocian a las proteínas de andamiaje (matriz) de los cromosomas eucarióticos. Sinónimo de SARs.

Max:

Factor X asociado a Myc (Myc-associated X factor). Factor de transcripción que se une a Myc (inicialmente desconocido, de ahí la X) para formar el dímero activo que se une a los sitios promotores. Al contrario que Myc, es constitutivo y poco regulado. También dimeriza con Mad. Pertenece a la familia con dominios bHLHZ.

MCM:

Proteínas de mantenimiento de minicromosomas (mini-chromosome maintenace proteins, identificadas en levaduras como requisito para la replicación de plásmidos). Son las helicasas replicactivas de los eucariotas.

MDH:

Malato deshidrogenasa. Enzima del ciclo de Krebs que oxida el malato a OAA. Es una enzima reguladora controlada alostéricamente por NADH.

MDM2:

dobles diminutos murinos (murine double minute 2) Oncoproteína reguladora de p53. Se une al dominio de transactivación de p53, inhibiendo su actividad, y recluta la ubiquitinación de p53. Contiene un dominio RING finger y es una E3-ubiquitina ligasa. También puede inactivar a pRb. El nombre deriva de que el oncogen fué identificado como una secuencia muy amplificada en una línea celular esponténeamente tumorigénica que contenía "dobles diminutos", pequeños fragmentos de DNA nuclear extracromosómico y acentromérico.

MEK:

Quinasa MAPK/ERK (MAPK kinase/ERK kinase). Es una quinasa de doble especificidad (Ser/Thr y Tyr) que activa las MAPKs del tipo ERK fosforilándolas en un motivo TxY. A su vez las MEK son activadas por fosforilación en Ser/Thr por MEKKs (típicamente raf activado por ras).

MEKK:

Quinasa de las MEKs (MEK kinases). Ser/Thr-proteína quinasa capaz de activar las quinasas de especificidad dual MEK. Ocupan el primer nivel en la cascada de activación de las MAPKs. Es un nombre genérico, la quinasa de MEK típica es raf-1.

Met:

Metionina (Methionine), M.

mGluR:

Receptores metabotrópicos de glutamato (metabotropic glutamate receptors). Es un grupo de proteínas perteneciente a la familia GPCR.

mil:

Oncogén, otro nombre de raf.

MKK:

Quinasas de las MAP quinasas (MAP kinase kinase). Se denomina así a una familia de proteína quinasas de especificidad dual capaces de fosforilar un motivo TxY en ambos restos, presente en sus proteínas sustrato: las MAPKs. Cada tipo de MKK es específico para una de las 5 cascadas de MAPKs conocidas. MKK1/2 son más conocidas como MEK1/2.

MMR:

Mecanismo de reparación mal-apareamiento en el DNA (Missmatch repair).

MNAT1:

menage a trois 1. También llamado factor de ensamblaje de CAK, pues estabiliza la unión entre CycH y CDK7 formando un complejo entre los tres.

Mnk:

Quinasa integradora de las MAP-quinasas (MAP kinase-integrating kinase). Es una familia de Ser/Thr quinasas efectoras. Se denominan integradoras porque cada una de ellas puede ser activada indistintamente por varios miembros de la familia de las MAPKs (tanto ERK, JNK o p38 SAPK).

mos:

Oncogén aislado de tumores producidos en ratones por el virus de sarcoma de Moloney (Moloney murine sarcoma virus). Es una proteína quinasa que fosforila restos de Ser/Thr.

MPC:

Complejo proteinasa multicatalítico (multicatalytic proteinase complex). Otro nombre del proteasoma.

MPF:

Factor promotor de la maduracióm (maturation-promoting factor). Es un complejo proteico que controla la entrada en mitosis de una célula. Se identificó estudiando la maduración de oocitos a huevos (que implica una primera división meiótica). Se trata de un heterodímero entre una ciclina (fundamentalmente cycB, también cycA) y una quinasa, CDK1 (Cdc2). Entre los sustratos fosforilados por MPF están APC y las laminas nucleares.

mRNA:

RNA mensajero (messenger RNA). RNA completamente procesado que es usado como molde en la síntesis de proteínas.

mRNP:

Partícula ribonucleoproteica del mensajero (messenger ribonucleoproteic particle). Complejo multiproteico nuclear que contiene el mRNA completamente procesado para su exportación al citosol.

mTOR:

Diana de rapamicina en mamíferos (mammalian Target of Rapamycin). Es una Ser/Thr-proteína quinasa de la familia de la PI3K que regula el inicio de la traducción de proteínas. Esta quinasa media el bloqueo del ciclo celular por daños en el DNA y por privación de nutrientes. También se conoce como FRAP.

Mur:

Ácido murámico .

MurNAc:

Ácido N-acetilmurámico.

mut:

Genes cuyo defecto provoca un fenotipo himermutador en E. coli. Codifican proteínas del sistema de reparación de mal-apareamientos de bases. Su fallo permite la acumulación de mutaciones.

MutH:

Proteína del sistema reparación de mal-apareamientos en E. coli. Se une a secuencias GATC hemi-metiladas, distinguiendo la hebra de DNA parental e hija. Tiene actividad endonucleasa, activada por unión a MutS.

MutL:

Proteína del sistema reparación de mal-apareamientos en E. coli. Interacciona con MutS y MutL, uniendo ambas (linking) y permitiendo la activación de la actividad endonucleasa de MutH. En humanos esta función recae en el producto del gen hMSH1.

MutS:

Proteína del sistema reparación de mal-apareamientos en E. coli. Se une a secuencias de DNA mal-apareadas (mis-matched). Se une a MutH, estimulándola, por acción de MutL. En mamíferos existen dos análogos de MutS, α y β.

myb:

Oncogén aislado de tumores inducidos por el virus de la mieloblastosis de aves (avian myeloblastosis virus).

myc:

Oncogén identificado en tumores víricos (avian myelocytomatosis virus). Myc un factor de transcripción nuclear, miembro de la familia de factores multigénicos. Contiene un dominio bHLHZ. Puede dimerizar con Max (para formar un factor activador) y Mad (para formar un complejo represor). Es muy potente activando genes pro-proliferación y bloqueando la apoptosis, de ahí su poder oncogénico. También llamada p55myc.

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N [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

N:

Asparagina, Asn.

N-myc:

Oncogén similar a myc aislado de un neuroblastoma.

N-ras:

Forma mutada oncogénica de c-ras encontrada en neuroblastomas y sarcomas humanos.

NA:

noradrenalina (noradrenaline).

nAchR:

Receptor nicotínico de acetilcolina (nicotinic Acetylcholine Receptor).

NAD+:

Dinucleótido de nicotinamida y adenina (nicotinamide adenine dinucleotide). Coenzima de redox utilizada por numerosas deshidrogenasas. Es la forma activa de la niacina o vitamina PP (preventiva de la pelagra).

NADH:

Dinucleótido de nicotinamida y adenina en su forma reducida.

NADP+:

Dinucleótido de nicotinamida y adenina 2’-fosfato (nicotinamide adenine dinucleotide phosphate). Forma de los coenzimas redox de nicotinamida usada preferencialmente en los procesos anabólicos.

NADPH:

Dinucleótido de nicotinamida y adenina 2’-fosfato en su forma reducida.

NANA:

Ácido N-acetil-neuramínico (N-acetyl neuraminic acid). Ácido siálico .

NAP1:

Proteína de ensamblaje de nucleosomas (nucleosome assenbly protein-1). Presenta las histonas H2A y H2B para formar la partícula central del nucleosoma.

NcoA:

Co-activador de receptores nucleares (nuclear receptor co-activator). Designa una familia de proteínas cuyo prototipo es SRC-1. Son necesarios para la activación de la transcripción mediada por estos receptores. Interaccionan con p/CAF.

NcoR:

Co-represor de receptores nucleares (nuclear receptor co-repressor). Co-represor que se une a receptores nucleares en estado basal (no ligado a hormona) inhibiendo tónicamente la transtripción . Designa una familia de proteínas.

NDP:

Nucleótido-5’-difosfato (nucleotide-5’-diphosphate). Se aplica si la base es irrelevante.

NE:

noradrenalina (norepinephrine, denominación americana de la adrenalina).

NER:

Mecanismo de reparación del DNA por escisión de nucleótidos (Nucleotide Excision Repair). Es el basado en escinucleasas.

NES:

Secuencia de exportación nuclear (nuclear export sequence). Secuencias señal que determinan el transporte hacia citoplasma de proteínas nucleares. Se conocen al menos tres tipos.

Neu:

Ácido neuramínico.

NeuNAc:

Ácido N-acetil-neuramínico (ácido siálico). También abreviado NANA (N-acetyl neuraminic acid).

NF-1:

Oncogén encontrado en un tumor de tipo neurofibromatosis. La proteína NF-1 tiene actividad GAP sobre Ras. Normalmente limita la acción de Ras.

NF-AT:

Factor nuclear de células T activadas (nuclear factor of activated T cells). Es un factor de transcripción que reside normalmente fosforilado en el citosol (inactivo). Su desfosforilación por calcineurina (dependiente de Ca2+) permite su translocación al núcleo. Ha de formar homo o heterodímeros para unirse al DNA.

NF-κB:

Factor nuclear -κB(nuclear factor κB). Factor de transcripción que se une al elemento de control κB, identificado en los genes de las cadenas κ de inmunoglobulinas en linfocitos B. Es un mediador de la inducción de genes proinflmatorios en respuesta a interleuquinas y otros agentes.

NF1:

Factor de nuclear de transcripción 1 (nuclear factor 1), otro nombre de CTF1.

NGF:

Factor de crecimiento nervioso (nerve growth factor).

NHEJR:

Reparación de extremos no homólogos (non-homologous end joining repair). Un mecanismo para reparar roturas de doble hebra en el DNA.

NIK:

Quinasa inductora de NF-κB (NF-κB-inducing kinase). Quinasa citosólica reclutada y activada por receptores de varias citoquinas (típicamente IL-1β y similares). Fosforila y activa, entre otros sustratos a las IKK, poniendo en marcha el mecanismo de activación de NF-κB. Es una quinasa en Ser/Thr.

NLS:

Secuencia de localización nuclear (nuclear localization sequence). Secuencias señal que determinan el transporte hacia el núcleo de proteínas citosólicas. Usualmente es una secuencia básica rica en R, pero hnRNPA1 tiene una señal hidrofóbica.

NMDA:

N-metil-d-aspartato. Agonista (no natural) selectivo de una clase de receptores ionotrópicos de glutamato.

NMDAR:

Receptor de glutamato tipo NMDA (NMDA receptor). Receptor ionotrópico de glutamato particularmente permeable a Ca2+ e implicado en procesos de plasticidad sináptica.

NMP:

Nucleótido-5’-monofosfato (nucleotide-5’-monophosphate). Se aplica si la base es irrelevante.

NPC:

Complejo del poro nuclear (nuclear pore complex). Enorme complejo multiproteico que forma los poros de la membrana nuclear.

NSF:

Factor sensible a la N-etilmaleimida (N-ethylmaleimide sensitive factor). ATPasa implicada en la unión de vesículas a las membranas. Se une a SNAPs. Contiene grupos SH bloqueables por N-etilmaleimida, de ahí su nombre.

NT:

Abreviatura genérica de neurotransmisor. También puede ser una neurotrofina.

NT-3, NT-4, NT-5:

Neurotrofinas 3-5. Otras neurotrofinas son NGF y BDNF. Son factores de crecimiento específicos de tejido neural.

NTF2:

Factor de transporte nuclear 2 (nuclear transport factor 2). Proteína que interacciona con Ran-GDP en el citosol y estimula el ensamblaje del complejo importinaαβ/carga. Esencial para la importación al núcleo de proteínas con NLS básica.

NTP:

Nucleótido-5’-trifosfato (nucleotide-5’-triphosphate). Se aplica si la base es irrelevante.

NURF:

Factor de reestructuración nucleosómico (Nucleosome remodelling factor). Complejo multiproteico implicado en el remodelado transcripcional de la cromatina en Drosophila. Es una ATPasa con actividad similar a SWI/SNF.

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O [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

OAA:

Ácido oxalacético (oxalacetic acid). Inremediario del ciclo de Krebs (TCA).

Oct:

Grupo de factores de transcripción que se unen a la secuencia octaméro (ATTTGCAT). Contienen homeodominios. A veces se denominan OTF.

ORC:

Complejo de reconocimiento del origen (Origin Recognition Complex). Complejo multiproteico que se une a las secuencias ARS que marcan el origen de replicación en eucariotas.

ORF:

Marco de lectura abierto (Open Reading Frame). Secuencia de DNA que puede ser transcrita y traducida a proteína (contiene señales de inicio y final en fase).

oriC:

Secuencia de nucleótidos de ≈240 pb constituida por varias repeticiones de elementos ricos en AT que constituye el origen de replicación único del cromosoma de E. coli. El nombre corresponde al locus identificado por estudios de mutantes defectivos.

OTF:

Factor de transcripción del octámero (Octamer transcription factor). Factores de transcripción que se unen a la secuencia octámero (ATTTGCAT). Contienen homeodominios. También se conocen como Oct.

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P [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

P:

Prolina, Pro.

p/CAF o pCAF:

Factor asociado a p300/CBP (p300/CBP associated factor). Co-activador de la transcripción con actividad HAT remodeladora de cromatina. En ocasiones se nombra como SAGA/pCAF.

p/CIP:

Proteína asociada al co-integrador CBP/p300 (p300/CBP co-integrator associate protein). Co-activador de la familia NcoA, que media el efecto transcripcional de receptores nucleares. También llamado ACTR y AIB1.

p15/p16 ARF:

Dos inhibidores de ciclinas. Relacionados con la subfamilia INK4. Su gen comparte el mismo segmento de DNA que INK4, transcrito en otro marco de lectura distinto (Alternative Reading Frame). Pueden unirse a MDM2 y desplazar a p53, permitiendo su acción.

p300:

Proteína muy similar a CBP, con la que es casi intercambiable. Complejo co-activador de transcripción. Se asocia al factor CREB y a otros factores de transcripción. Esta proteína tiene actividad HAT por si misma, y además recluta a pCAF.

p53:

Proteína anti-oncogénica, supresora de tumores. Es un factor de transcripción que induce genes supresores de la proliferación y genes pro-apoptóticos. Se une al DNA como un homotetrámero. Su regulación se produce por estabilización de la proteína. Interacciona con MDM2, que media su ubiquitinación.

PABII:

Proteína de unión a poli(A) (poly(A) binding protein). Es un proteína nuclear, el número II la distingue de la PABP citosólica que une el mRNA maduro. Estimula la acción de la PAP para sintetizar colas de poli(A) de 200-25- pb.

PABP:

Proteína de unión a poli(A) (poly(A) binding protein). Proteína citosólica que une y protege el mRNA para su entrega al ribosoma. Distinta de la PABII nuclear.

PAP:

Poli(A) polimerasa (poly(A) polimerase). Enziam que sintetiza la cola de poly(A) del mRNA. Es reclutada por el complejo de corte CPSF/CStF/CFs.

PARP:

Poli-(ADP-ribosa) polimerasa. Enzima implicada en los procesos de reparación del DNA. Es un sensor de DNA dañado (a través de otras proteínas, como Ku) y un medio para señalizar el daño, a través de la modificación covalente de proteínas vecinas.

PC:

Fosfatidilcolina (phosphatidylcholine).

PCNA:

Antígeno nuclear de células proliferantes (Proliferating cell nuclear antigen). Proteína anular que mantiene la maquinaria replicativa topológicamente unida al DNA dúplex. Específica de eucariotas. Corresponde a la subunidad β de la DNA polimerasa III bacteriana.

PDE:

Fosfodiesterasas (phosphodiesterase). Familia de enzimas que hidrolizan el enlace 3’-5’ fosfodiester de los nucleotidos cíclicos. Existen isoformas inespecíficas, específicas de cAMP y de cGMP. Algunas isoenzimas son regulables.

PDGF:

Factor de crecimiento derivado de plaquetas (platelet-derived growth factor).

PDH:

Piruvato deshidrogenasa. Punto de entrada en la ruta aeróbica de degradación de glucosa. Convierte el Pyr en acetil-CoA. Es una enzima reguladora controlada alostéricamente por CoASH/acil-CoA, NAD+/NADH y ATP/AMP. También está regulada por fosforilación en Ser.

PDK:

Proteína quinasa dependiente de fosfatidil-inositoles (Phosphatidyl-inositol dependent protein kinase). Constitutiva. Se activa por unión a fosfatidil-inositoles-3-fosfato en la membrana plasmática a través de dominios PH. Fosforila y activa la PKB.

PE:

Fosfatidiletanolamina (phosphatidylethanolamine).

PEP:

Fosfoenolpiruvato (phosphoenolpyruvate). Intermediario de la glucólisis y punto de partida de la gluconeogénesis.

PEPCK:

Fosfoenolpiruvato carboxiquinasa (phosphoenolpyruvate carboxykinase). Primera enzima de la ruta gluconeogénica. Sintetiza PEP a expensas de OAA. Existen isoenzimas mitocondriales y citosólicas. Es una enzima regulada alostéricamente por ADP y transcripcionalmente por varias hormonas.

PFK-1:

Fosfofructoquinasa 1 (phosphofructokinase 1). Enzima glucolítica. Fosforila la F-6-P a F-1,6-BP. Es uno de los principales puntos de regulación de la glucólisis, controlada alostéricamente por ATP, ADP, AMP, citrato y F-2,6-BP.

PFK-2:

Fosfofructoquinasa 2 (phosphofructokinase 2). Fosforila la F-6-P a F-2,6-BP, potente modulador alostérico de la PFK-1 y otras enzimas, como la FBPasa-1. Controlada hormonalmente.

PG:

Prostaglandinas.

PGE2:

Prostaglandina E2.

PH:

Dominios de homología a plecstrina (plekstrin homology domains). Dominios proteicos que sirven como módulos de unión a fosfatidilinositoles-3-fosfato en la membrana.

Phe:

Fenilalanina (Phenylalanine), F.

PI:

Fosfatidilinositol, fosfoinosítido (phosphatidylinositol, phosphoinositide)).

Pi:

Fosfato inorgánico (phosphate, inorganic). Ácido orto-fosfórico.

PI3K:

Fosfatidil-inositol 3-quinasa (phosphatidyl-inositol 3-kinase). Genera fosfatidilinositoles-3-fosfato en la membrana que reclutan proteínas con dominios PH.

PIP2:

Fosfatidil-inositol-4,5-bisfosfato (phosphatidyl-inositol-4,5-bisphosphate). Lípido de membrana que sirve como substrato de la PLC. Existe otro isómero, el fosfatidil-inositol-3,4-bisfosfato, que no es sustrato de la PLC pero sirve como ligando de proteínas con dominios PH.

PIP3:

Fosfatidil-inositol-3,4,5-trisfosfato (phosphatidyl-inositol-3,4,5-trisphosphate). Lípido de membrana que sirve como ligando de proteínas con dominios PH (al igual que otros fosfatidilinositoles-3-fosfato).

PK:

Piruvato quinasa (pyruvate kinase). Enzima glucolítica. Convierte PEP en Pyr, con producción de ATP (su nombre proviene de la reacción inversa). Es unja enzima reguladora, modulada alostéricamente por ATP, FBP, acetil-CoA y ácidos grasos de cadena larga.

PKA:

Proteína quinasa A (Protein kinase A). Constitutiva. Se activa por unión de cAMP, liberándose las subunidades catalíticas.

PKB:

Proteína quinasa B (Protein kinase B). Es una Ser/Thr-quinasa, producto del oncogén Akt. Se activa por fosforilación por la PDK. Se denomina también RACPK.

PKC:

Proteína quinasa C (Protein kinase C). Constitutiva. Se activa por unión de Ca2+ y diacilglicerol. Otras isoformas no requieren Ca2+ ni diacilglicerol.

PKG:

Proteína quinasa G (Protein kinase G). Constitutiva. Se activa por unión de cGMP.

PLA2:

Fosfolipasa A2 (phospolipase A2). Enzima citosólica regulable, usualmente responsable de la generación de ácido araquidónico.

PLC:

Fosfolipasa C (phospolipase C). Enzima de membrana regulada por proteínas-G/receptores metabotrópicos. Genera IP3 y DAG como segundos mensajeros.

PMA:

Forbol miristato acetato (Phorbol mirystate acetate). Un éster de forbol, activador de la PKC. También se llama TPA.

PNMT:

Feniletanolamina N-metiltransferasa (phenyletanoamine N-methyltransferase). Enzima que sintetiza la adrenalina a partir de NA.

pol:

Genes de E. coli cuya mutación afecta a las actividades DNA-polimerasas. Algunos de ellos son idénticos a ciertos genes dna (polB = dnaC, polC = dnaE).

PP1:

Proteína fosfatasa de tipo 1 (Protein phosphatase 1). Específica de restos de P-Ser y P-Thr. Funciona unida a una subunidad reguladora (GM, NIPP-1, RIPP-1, RB, DARPP-32 etc.).

PP2A:

Proteína fosfatasa de tipo 2A (Protein phosphatase 2A). Específica de restos de P-Ser y P-Thr.

PP2B:

Proteína fosfatasa de tipo 2B (Protein phosphatase 2B). Específica de restos de P-Ser y P-Thr. La subunidad reguladora es CaM. Regulada por Ca2+. También se denomina calcineurina.

PP2C:

Proteína fosfatasa de tipo 2C (Protein phosphatase 2C). Específica de restos de P-Ser y P-Thr.

PPAR:

Receptor activado por el factor proliferante de peroxisomas (peroxisome proliferator activated receptor). Las formas α, β y δ tienen por ligandos a ácidos grasos. El ligando de PPARγ es la prostaglandina J2. PPARγ es también un sustrato de las MAPKs.

PPi:

Pirofosfato inorgánico (pyrophosphate, inorganic). Ácido pirofosfórico.

PR:

Receptor de estrógenos (progesterone receptor). Proteína citosólica que se transloca al núcleo al unir la hormona y actúa como factor de transcripción.

Pro:

Prolina (Proline), P.

PS:

Fosfatidilserina (phosphatidylserine).

pTEFb:

Factor de elongación de la transcripción b (protein Transcription elongation factor b). Está formado por la combinación CycT/CDK9. Entre otras cosas, su actividad es necesaria para reclutar la maquinaria de splicing.

PTP:

Poro de la transición de permeabilidad (permeability transition pore). Es un poro de gran conductancia (hasta 1500 Da) que se forma en la membrana mitocondrial en condiciones de necrosis y apoptosis. Media el hinchamiento mitocondrial. Puede contribuir al mecanismo apoptótico de liberación de citocromo c activado por BAX o BID.

PTPasa1B:

Proteína tirosina-fosfatasa de tipo 1B (Protein tyrosine phosphatase 1B).

Pyk2:

Tirosina quinasa rica en prolina(Proline-rich tyrosine kinase). Es una Tyr-quinasa activada por Ca2+/CaM. Se une a Src y a Grb2 a través de su dominio SH2. Su principal papel es ligar las rutas de señalización mediadas por [Ca2+]i y por las MAPKs.

Pyr:

Piruvato (pyruvate). Punto clave del metabolismo de los glúcidos, encrucijada de las rutas anabólicas y catabólicas, aeróbicas y anaeróbicas.

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Q, R [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

Q:

Glutamina, Gln (parecido a D, con un añadido).

R:

Arginina, Arg.

R5P:

Ribosa-5-fosfato. Intermediario de la ruta de las pentosas fosfato.

Rab:

Familia de proteínas G pequeñas implicadas en el tráficos de vesículas de secreción. En levaduras corresponden a los genes sec y ypt.

RACPK:

Proteína quinasa relacionada con las quinasas A y C (related to kinases A and C protein kinase). Es otro nombre de la PKB, producto del oncogén akt.

rad:

Mutantes sensibles a las radiaciones (en diversos organismos). Presentan diversos fallos en mecanismos de reparación de DNA.

Rad27:

Proteína identificada en el mutante rad27. Corresponde a la helicasa Dna2.

Raf-1:

Factor activado por ras (ras activated factor 1). Proteína quinasa activada por unión de GTP-ras. Identificado originalmente como un oncogén derivado de tumores inducidos por el virus del sarcoma murino, también conocido como mil. Fosforila y activa a MEK.

Ran:

Proteína G pequeña encargada de establecer el transporte vectorial a través de los poros nucleares. Ran-GTP es trasportada exclusivamente hacia el citosol y Ran-GDP exclusivamente hacia el núcleo. La unión de la carga a Ran-GTP o Ran-GDP determina la dirección del trasporte.

RanGAP:

Es una proteína citosólica con actividad GAP sobre Ran. La hidrólisis del nucleótido inactiva Ran a la forma Ran-GDP en el citosol.

Rap1:

En levadoras, proteína que se une a las secuencias de DNA teloméricas repetidas. A su vez sirve de punto de anclaje de Sir3/4. El homólogo humano hRap1 no se une directamente al DNA telomérico, sino a dímeros de TRF1.

RAR:

Receptor del ácido retinoico (retinoic acid receptor). Factor de transcripción nuclear modulable por unión de la hormona. Actúa formando homo o heterodímeros con otros receptores nucleares.

RARE:

Elemento de respuesta al ácido retinoico (retinoic acid response element). Secuencia de nucleótidos a la que se une el receptor del ácido retinoico.

ras:

Oncogén aislado de sarcomas murinos inducidos por virus (retrovirus associated sequences, de las secuencias de nucleótidos mutadas encontradas en el tumor). Existen diferentes mutaciones oncogénicas. Es una proteína G pequeña (p21ras), implicada en la ruta de activación de MAPK por factores de crecimiento y diversos mitógenos. Funciona como un interruptor, modulada por GAPs y GEFs.

rasH:

Otro nombre del oncogén H-ras.

rasK:

Otro nombre del oncogén K-ras.

Rb:

Proteína antioncogénica identificada por su ausencia en un retinoblastoma. Se une al factor de transcripción E2F impidiendo su acción. Se fosforila por CDK4/CycD, perdiendo su capacidad de unión. Es el prototipo de una familia relacionada (p107/p130).

RBD:

Dominio de unión a RNA (RNA binding domain). Motivo estructural presente en proteínas de hnRNP. También llamado RNP.

RCC1:

Regulador de la condensación cromosómica (regulator of chromosome condensation 1). Es una proteína nuclear con actividad GEF sobre Ran. Activa Ran a la forma ligada a GTP exclusivamente en el núcleo. Como su nombre indica, también está implicada en otras actividades de transporte mediadas por ran y otras proteínas G.

rec:

Genes de E. coli implicados en procesos de recombinación génica.

RecA:

Proteína de E. coli implicada en la recombinación. Se une a DNA monohebra y a híbridos y cataliza el intercambio de cadenas entre dos DNA dúplex.

rel:

Oncogén aislado originalmente de tumores inducidos por el virus de la reticuloendoteliosis de aves. Es un factor de transcripción citosólico, que hetero dimeriza con otras proteínas similares para constituir NF-κB. Se activa en respuesta a citoquinas.

RER:

Retículo endoplásmico rugoso.

RF1, RF2, RF3:

Factores de liberación (release factors) de la cadena polipeptídica en procariotas. En eucariotas es eRF.

RFC:

Factor de replicación C (Replication Factor C). ATPasa que ensambla PCNA sobre el DNA dúplex. Equivale al complejo γ de la DNA polimerasa III bacteriana.

RGS:

Reguladores de la señalización por proteínas G (Regulators of G-protein signalling). Una serie de proteínas con actividad GAP que regulan la duración del estado activado, ligado a GTP, de las proteínas G heterotriméricas. Controlan la transducción de señales por receptores GPCR.

Rha:

Ramnosa (rhamnose).

Rib:

Ribosa.

RING:

Gen nuevo realmente interesante (Really interesting new gene). Los dominios tipo RING son tipos especializados de dedos de Zn (en ingles RING finger). Contienen dos átomos de Zn en un secuencia rica en Cys e His con un total de 40-60 aa. Median interacciones proteína-proteína. Son característicos de una clase de enzimas E3-ubiquitina ligasas donde el dominio RING permite interaccionar con las E2. También está presente en algunos factores de transtripción.

RNApolI:

Enzima RNA polimerasa I. Encargada de la transcripción de genes del RNA ribosómico. Primera en eluir de una columna de DEAE-celulosa.

RNApolII:

Enzima RNA polimerasa II. Encargada de la transcripción de genes de proteína en mamíferos. requiere la presencia de factores adicionales: TFIIs y factores de transcripción. Segunda en eluir de una columna de DEAE-celulosa.

RNApolIII:

Enzima RNA polimerasa III. Encargada de la transcripción de genes de RNA, incluyendo tRNAs, snRNAs y RNA 7SL de la SRP. Tercera en eluir de una columna de DEAE-celulosa.

RNasa H1:

Ribonucleasa de híbridos 1 (Ribonuclease hybrid). Exonucleasa que elimina ribonucleótidos en un dúplex formado por una hebra de DNA y otra de RNA.

RNP:

Ribonucleoproteína. Motivo estructural presente en proteínas de hnRNP. Consta de una lámina β de 4 cadenas flanqueada de un lado por dos α-hélices. Su función es ligar RNA. También llamado RBD.

ROCC:

Canales de Ca2+ operados por receptor (receptor-operated calcium channels). Canales de Ca2+ abiertos por unión de un ligando a su receptor. Son receptors ionotrópicos de neurotransmisores..

RPA:

Proteína de replicación A (Replication Protein A). Proteina de unión a DNA monohebra que mantiene desenrollado el DNA durante l areplicación. Equivale a la SSB bacteriana.

rRNA:

RNA ribosómico.

rsk:

Quinasa de la S6 ribosomal (Ribosomal S6 kinase). También denominada p90rsk. Es una proteína quinasa activada por las MAPK (es MAPK-activated protein kinase-1, MAPKAP-K1) .

RTK:

Receptores con actividad tisosina-quinasa (Receptor tyrosine kinases). Usualmente, proteínas de membrana con un único segmento transmembranal que sirven como receptores de factores de crecimiento.

Ru5P:

Ribulosa-5-fosfato. Intermediario de la ruta de las pentosas fosfato.

RXR:

Receptor del retinoide X (retinoid X receptor). Factor de transcripción nuclear modulable por unión de la hormona. Actúa formando homo o heterodímeros con otros receptores nucleares.

RyR:

Receptor de rianodina (ryanodine receptor). Canal de calcio en la membrana del retículo endoplásmico que se abre al ligar Ca2+ y cADPR (y activado por el alcaloide vegetal rianodina).

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S [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

S:

Serina, Ser.

S7P:

Sedoheptulosa-7-fosfato. Intermediario de la ruta de las pentosas fosfato.

SAGA:

SPF-, ADA2/3-, GCN5-acetiltransferasa. Es un complejo con actividad HAT presente en levaduras, homólogo de pCAF de mamíferos formado por esas subunidades, identificadas previamente por separado.

SAPK:

Proteína quinasa activada por estrés (Stress activated protein kinase). También denominada p38.

Es una quinasa efectora activada por fosforilación doble en un motivo TxY mediante MKK3/6.

A veces también se denominan SAPK a las JNKs.

SARs:

Regiones asociadas al andamiaje (scaffold-associated regions). Secuencias de DNA genómico que se asocian a las proteínas de andamiaje de los cromosomas eucarióticos. Sinónimo de MARs.

Sec:

Proteínas G pequeñas implicadas en el transporte de vesículas de secreción en levaduras. La mutación de los genes sec provoca la acumulación de vesículas de secreción no liberadas.

Ser:

Serina (Serine), S.

SH2:

Dominio de homología src tipo 2 (src homology type 2 domain). Constituye un módulo de unión a restos de P-Tyr. Identificado en la proteína Src pero presente en numerosas proteínas de las rutas de MAPKs.

SH3:

Dominio de homología src tipo 3 (src homology type 3 domain). Constituye un módulo de unión a motivos ricos en prolina. Identificado en la proteína Src pero presente en numerosas proteínas de las rutas de MAPKs.

Sia:

Ácido siálico (ácido N-acetil-neuramínico). También abreviado NANA (N-acetyl neuraminic acid).

SIE:

Elemento inducible por SIS (SIS-inducible element). Secuencia de nucleótidos a la que se unen los factores STAT fosforilados y activados por citoquinas.

SINES:

Secuencias de elementos dispersos cortos (short interspersed element sequences). Secuencias de ≈300 pb repetidas en múltiples copias en el genoma de mamíferos. Son retrotransposones no virales. Alu es un elemento representativo..

sir:

Reguladores de la información silente (silent information regulator). Genes de levadura que controlan el silenciamiento de la expresión de zonas concretas de cromosomas (p. ej. telómeros).

Sir2, Sir3, Sir4:

Proteínas que reprimen (silencian) la expresión de DNA próximo a los telómeros en levaduras. El dímero Sir3/4 se une a la proteína Rap1. Sir2 tiene sitios de unión de Sir3/4 y de una segunda molécula de Sir2. Forma una red entrecruzada que impide el acceso a la zona cubierta por Rap1.

SKF:

Secuencia de aa C-terminal que constituye una señal de envío a los peroxisomas (son los símbolos de los tres aa).

sma:

Genes deC. elegans cuya mutación resulta en un menor tamaño (small body). Corresponden a proteínas de señalización del tipo denominado smad en vertebrados.

Smac:

Segundo activador de caspasas derivado de la mitocondria (second mitochondria-derived activator of caspase ). Es una proteína mitocondrial liberada citosol junto con el citocromo c y que impide la inhibición de caspasas por las IAP. También se conoce por DIABLO.

smads:

Contracción de sma y mad. Se trata de proteínas citosólicas que median la transducción de señales por el receptor de TGFβ y otros relacionados (BMPs, activinas). Son fosforiladas en Ser/Thr por el receptor activado. Una vez fosforiladas heterodimerizan con una smad4 no fosforilada y son translocadas al núcleo donde actúan como factores de transcripción, activando la expresión de los genes diana de TGFβ, BMPs, activinas, inhibinas etc. sma y mad son los genes correspondientes en C. elegans y D. melanogaster, respectivamente.

SMOCC:

Canales de Ca2+ operados por segundos mensajeros (second messenger-operated calcium channels). Canales de Ca2+ abiertos por mensajeros intarcelulares. Usualmente se aplica a las vías de entrada de Ca2+ que permiten rellenar los reservorios intracelulares de Ca2+.

SMRT:

Mediador silenciante de la acción de los receptores de hormonas tiroideas y retinoides (silencing mediator of retinoid and thyroid hormone receptor). Co-represor que se une a receptores nucleares en estado basal (no ligado a hormona).

SNAP:

Proteínas solubles de anclaje de NSF (soluble NSF-anchorage protein). Es una familia de proteínas que se unen a receptores de membrana (SNAREs) de forma mediada por NSF.

SNARE:

Receptores de SNAP (soluble NSF-anchorage protein receptors). Proteínas de membrana a las que se ligan las proteínas SNAPs, formando un puente entre dos membranas. Se requieren dos formas una vesicular (v-SNARE) y otra en la membrana objetivo (t-SNARE, de target).

snoRNA:

RNA nucleolar pequeño (small nucleolar RNA). Fracción del RNA nuclear de pequeño tamaño y localizada en el nucleolo. Representa una población de ≈150 especies definidas de RNA que marcan los puntos de corte del pre-rRNA por hibridación parcial.

snoRNP:

Partículas de ribonucleoproteína nucleolar pequeñas (small nucleolar RNP). Complejos multiproteicos que incluyen snoRNA y catalizan el corte y maduración del rRNA.

snRNA:

RNA nuclear pequeño (small nuclear RNA). Fracción de RNA nuclear, de pequeño tamaño y composición constante. Está implicado en el splicing de los transcritos primarios.

snRNP:

Partículas ribonucloproteicas nucleares pequeñas (small nuclear RNP). Complejos riboproteicos formados por 6-10 proteínas y snRNA de la familia U que ejecutan el splicing de los transcritos primarios.

Sos:

Hijo de sevenless (son of sevenless, sevenless es una mutación en Drosophila que produce la falta de la séptima célula en su órgano visual.). Proteína con actividad GEF, activadora de Ras. Se une a Grb2 y a Ras y estimula el intercambio de nucleótido GTP por GDP.

SP:

Esfingomielina (Sphingomyelin).

Sp1, SP1:

Proteína de especificidad 1 (specificity protein 1). Factor de transcripción asociado a la RNApolII. Se une a la caja GC presente en numerosos promotores en mamíferos carentes de caja TATA. Presenta tres dedos de Zn.

src:

Oncogén derivado del virus de sarcoma de Rous (un sarcoma transmisible en aves). Es una proteína quinasa en Tyr citosólica. También denominada p60src. En ella se identificaron los dominios SH1, SH2 y SH3.

SRC-1:

Co-activador asociado al receptor de esteroides (steroid receptor coactivator). También llamado NcoA-1.

SRE:

Elemento de respuesta al suero (serum response element). Secuencia de nucleótidos, presente en los genes de respuesta temprana, a la que se une un complejo ternario compuesto por un homodímero SRF unido a un TCF (factor del complejo ternario). Típicamente se trata del complejo SRF/Elk-1 fosforilado.

SRF:

Factor de respuesta al suero (serum response factor). Proteína nuclear que actúa como factor de trascripción homodimérico. Una vez unido a una tercera proteína (TCF), puede unirse al DNA reconociendo secuencias SRE.

SRP:

Partícula de reconocimiento de la señal (signal recognition particle). Complejo multiproteico, que incluye también un RNA (7SL), que reconoce el péptido señal en la región N-terminal de las proteínas. Determina la unión al RER y la translocación de la proteína naciente a la luz del RER.

SSB:

Proteina de unión a DNA monohebra (Single-Strand Binding protein) que mantiene desenrollado el DNA durante la replicación. Nombre específico de procariotas. Su equivalente en eucariotas es RPA.

STAT:

Transductor de señales y activadores de transcripción (signal transducer and activator of transcription). Proteínas citosólicas con dominios SH2 que dimerizan al ser fosforiladas en tyr por receptores de citoquinas como interferon γ. Los dímeros actúan como factores de transcripción.

SV40:

Virus de simios tipo 40 (simian virus 40). Virus muy utilizado como sistema modelo en estudios de replicación y transcripción en eucariotas.

SWI/SNF:

Complejo multiproteico implicado en el remodelado transcripcional de la cromatina. Tiene actividad helicasa y liberadora de histonas (desliga el DNA de su unión a histonas). Es una ATPasa. El nombre deriva de que fue identificado en dos tipos distintos de mutantes de levadura: los mutantes swi en los que estaba alterado el cambio (switch) de tipo de apareamiento, y los mutantes snf incapaces de utilizar la sacarosa (sacarosa no fermentable).

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T [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

T:

Treonina, Thr. También la base pirimidínica timina.

T-ag:

Antígeno T (T-antigen, de tumor). Complejo multiproteico codificado por el SV40 que presenta varias actividades esenciales para la replicación del DNA de SV40: reconocimiento del origen y helicasa.

TAF:

Factores asociados a TBP (TBP associated factors). Son proteínas reclutadas por TBP unida a la caja TATA para formar el complejo de iniciación de la transcripción TFIID.

TBP:

Proteína de unión a la caja TATA (TATA binding protein). Es el sitio de unión del TFIID al DNA.

TCA:

Ciclo de los ácidos tricarboxílicos (tricarboxylic acid cycle). También denominado ciclo de Krebs y ciclo cítrico. Ruta cíclica mitocondrial de oxidación de acetil-CoA.

TCF:

Factor del complejo ternario (Ternary complex factor). Proteína que se une a un homodímero SRF formando un trímero (el complejo ternario) que a su vez s une al DNA en secuencias SRE. El miembro más conocido de los TCF es el factor Elk-1, blanco de la cascada de las MAPKs.

TDP:

Timidina-5’-difosfato (timidine-5’-diphosphate).

TEL:

Secuencias de nucleótidos repetidas presentes en los telómeros de eucariotas (TTAGGG).

TEP1:

Proteína asociada a la telomerasa 1 (Telomerase-associated protein 1).

TERT:

Trascriptasa inversa de la telomerasa (Telomerase reverse transcriptase). Componente proteico de la telomerasa de mamímeros.

TFII:

Factores de transcripción genéricos asociados a la RNApolII. Se nombran de la A a la K.

TFIIA:

Factor de transcripción IIA (Transcription factor IIA). TFIIA tiene 3 subunidades en humanos. Se une a TBP y estabiliza su unión al DNA.

TFIIB:

Factor de transcripción IIB (Transcription factor IIB). Es una proteína monomérica con un dominio en dedo de Zn N-terminal. Se une a TBP y recluta la RNApolII a través de su interacción con TFIIF.

TFIIC:

Factor de transcripción IIC (Transcription factor IIC). Aunque identificado como factor de la RNApolII, TFIIC es la proteína PARP. Su función es servir de sensor y señalizador del daño al DNA. La denominación THIIC es obsoleta y no debe utilizarse.

TFIID:

Factor de transcripción IID (Transcription factor IID). Es un gran complejo multiproteico ensamblado sobre TBP unida al promotor. TFIID dirige la construcción del complejo de transcripción por su interacción con TFIIB y las múltiples interacciones de TAFs con otros elementos.

TFIIE:

Factor de transcripción IIE (Transcription factor IIE). Es un tetrámero de 2 subunidades. Entra en el complejo después de TFIIF/RNApolII. Su función es reclutar a TFIIH y estimular su actividad. TFIIE carece de actividad quinasa o helicasa per se, pero estimula mucho la actividad de TFIIH.

TFIIF:

Factor de transcripción IIF (Transcription factor IIF). Este factor une RNApolII con el CTD desfosforilado en el nucleoplasma y la presenta al complejo naciente mediante su interacción con TFIIB. Tiene dos subunidades.

TFIIG:

Factor de transcripción IIG (Transcription factor IIG). Es un artefacto. Este nombre designó una fracción que ahora sabemos era una mezcla de TFIIH y TFIIJ o TFIIA. Este nombre no debe usarse.

TFIIH:

Factor de transcripción IIH (Transcription factor IIH). Es un factor muy complejo con al menos 12 subunidades. Tiene actividad helicasa (para abrir el sitio de iniciación) y quinasa del CTD de la RNApolII. Su actividad es esencial para el inicio de la transcripción. También es esencial para la reparación del DNA (vía NER).

TFIIJ:

Factor de transcripción IIJ (Transcription factor IIJ). Entra en el complejo después del reclutamiento de TFIIH y estimula su acción.

TFIIK:

Factor de transcripción IIK (Transcription factor IIK). A veces se denomina así a las subunidades con actividad quinasa de TFIIH. No es un buen nombre pues estas subunidades ya tiene un nombre propio: son el complejo CAK que activa las CDKs implicadas en el control del ciclo celular.

TfR:

Receptor de transferrina (Transferrin Receptor). Es un ejemplo de proteína cuya traducción está regulada.

TGFβ:

Factor de crecimiento transformante β (Transforming growth factor β). Factor de crecimiento cuyo receceptor tiene actividad Ser/Thr-quinasa que fosforila smads.

TH:

Tirosina hidroxilasa. Enzima reguladora en la ruta biosintética de catecolaminas. Es una oxigenasa de función mixta que produce la l-DOPA.

Thr:

Treonina (Threonine), T.

TIF-2:

Factor transcripcional intermedio (transcriptional intermediary factor 2). Otro nombre de GRIP-1.

TIM:

Triosa-fosfato isomerasa. Enzima glucolítico que interconvierte DHAP y G3P. Es el prototipo de estructuras proteicas denominadas barril β (o barril α/β).

TIN-2:

Proteína nuclear que interacciona con TRF1 (TRF1-interacting nuclear protein).

TMP:

Timidina-5’-monofosfato (timidine-5’-monophosphate). Ácido timidílico.

TNF-α:

Factor de necrosis tumoral α (Tumor Necrosis Factor α). Una importante citoquina proinflamatoria.

TNFR:

Receptor de TNF (TNF receptor). Forma un complejo de señalización reclutando proteínas con dominios DD.

Topo:

Topoisomesasas. Enzimas que modifican el estado de superenrollamiento del DNA modificando su número de ligazón. La de tipo 1 producen cambios de una hebra, las de tipo 2 de dos hebras.

TPA:

12-O-tetradecanoilforbol-13-acetato (12-O-tetradecanoylphorbol-13-acetato). Un éster de forbol, activador de la PKC. También se llama PMA.

TPP:

Tiamina pirofosfato (tiamine pyrophosphate). Coenzima de descarboxilación derivada de la vitamina B1.

TR:

Receptor de hormonas tiroideas (thyroid-hormone receptor). Factor de transcripción nuclear modulable por unión de la hormona. Actúa formando homo o heterodímeros con otros receptores nucleares.

TRAF:

Factor asociado al receptor de TNF (TNF receptor-associated factor). Proteína adaptadora con dominios DD y TRAF que participa en la formación del complejo de señalización del receptor de TNF-α y otros.

TRAP:

Proteínas asociadas al receptor de hormonas tiroideas (thyroid hormone receptor associated proteins). Coactivador de la transcripción necesario para la acción del receptor de hormonas. tiroideas. También denominado Mediator-T.

TRE:

Elemento de respuesta a las hormonas tiroideas (thyroid-hormone response element). Secuencia de nucleótidos a la que se une el receptor de hormonas tiroideas.

TRE:

Elemento de respuesta al TPA (TPA response element). Secuencia de nucleótidos a la que se unen los factores de transcripción activados por TPA. Es idéntica a AP-1.

TRF1:

Factor de unión a la repetición telomérica 1 (Telomeric repeat binding factor 1). Proteína que se une DNA dúplex en cada repetición de la secuencia de telómeros. A subes es punto de unión de otras proteínas teloméricas.

TRF2:

Factor de unión a la repetición telomérica 2 (Telomeric repeat binding factor 1). Proteína que se une DNA dúplex con secuencia telomérica, es específica del bucle T y cataliza su formación.

tRNA:

RNA de transferencia.

Trp:

Triptófano (Triptophan), W.

TTP:

Timidina-5’-trifosfato (timidine-5’-triphosphate).

Tx:

Tromboxanos.

Tyk2:

Tyr-quinasa (Tyr-kinase 2) soluble activada por citoquinas, otro miembro de la familia de las Jak.

Tyr:

Tirosina (Tyrosine), Y.

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U [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

U:

Base pirimidínica uracilo.

U1, U2, U4, U5, U6:

Familia de snRNAs ricos en la base U esenciales para el splicing de los transcritos primarios.

UAS:

Secuencias de activación delanteras (upstream activating sequences). Secuencias de nucleótidos que potencian la transcripción en levaduras, análogas de las secuencias activadoras de mamíferos.

Ub:

Ubiquitina. Pequeña proteína que se une covalentemente a proteínas y las marca para su degradación en proteosomas. Requiere la participación de enzimas específicas denominadas E2 y E3.

UDP:

Uridina-5’-difosfato (uridine-5’-diphosphate).

UDP-Gal:

UDP-galactosa. Intermediario usado en reacciones de transferencia del resto galactosilo: síntesis de lactosa, galactosilaciones de lípidos y proteínas etc. Se epimeriza a UDP-Glc permitiendo la incorporación de galactosa a la via glucolítica.

UDPG,
UDP-Glc:

UDP-glucosa. Intermediario usado en reacciones de transferencia del resto glucosilo: síntesis de glucógeno y disacáridos, utilización de galactosa, glucosilaciones de lípidos y proteínas. Se epimeriza a UDP-Gal.

UMP:

Uridina-5’-monofosfato (uridine-5’-monophosphate). Ácido uridílico.

UTP:

Uridina-5’-trifosfato (uridine-5’-triphosphate).

UTR:

Regiones no traducidas del mRNA (untranslated regions). Son las secuencias 5’ y 3’ anteriores y posteriores a la secuencia codificante del mRNA. Contienen secuencias reguladoras que controlan la estabilidad y la traducción del mRNA.

uvr:

Genes cuyo defecto provoca un fenotipo de sensibilidad a la radiación UV (UV radiation, también UV-resistant) en E. coli. Codifican proteínas del sistema de reparación por escisión de nucleótidos, que elimina los dímeros de timina.

UvrA:

Proteína del sistema de reparación por escisión de nucleótidos en E. coli. Forma un complejo con UvrB que reconoce y se une a los defectos en el DNA dúplex, típicamente dímeros de timina. Es una ATPasa. Recluta UvrC.

UvrB:

Proteína del sistema de reparación por escisión de nucleótidos en E. coli. Forma un complejo con UvrA.

UvrC:

Helicasa II de E. coli. Identificada también como una proteína del sistema de reparación por escisión de nucleótidos.

UvrC:

Proteína del sistema de reparación por escisión de nucleótidos en E. coli. Es una endonucleasa que corta en dos enlaces adyacentes: una excinucleasa. Se une al DNA por mediación del complejo UvrA/UvrB.

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V

V:

Valina, Val.

Val:

Valina (valine), V.

VDAC:

Canal aniónico voltage-dependiente (voltage-dependant anion channel). Un miembro de la familia de las porinas mitocondriales. Forma un canal en la membrana mitocondrial externa. Adopta la conformación abierta, relativamente específica para aniones, a potenciales próximos a 0 mV. Puede contribuir al mecanismo apoptótico de liberación de citocromo c activado por BAX o BID.

VDR:

Receptor de la vitamina D (vitamin D receptor). Factor de transcripción nuclear modulable por unión de la hormona. Actúa formando homo o heterodímeros con otros receptores nucleares.

VDRE:

Elemento de respuesta a la vitamina D (Vitamin D response element). Secuencia de nucleótidos a la que se une el receptor de la vitamina D.

VOCC:

Canales de Ca2+ operados por voltaje (voltage-operated calcium channels). Canales de Ca2+ abiertos por despolarización de la membrana. Existen varios subtipos.

VSCC:

Canales de Ca2+ sensibles al voltaje (voltage-sensitive calcium channels). Canales de Ca2+ abiertos por despolarización de la membrana. Existen varios subtipos. También abreviado VOCC. .

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W [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

W:

Triptófano, Trp (tiene dos anillos).

WAF1:

Fragmento activado por p53 en el tipo salvaje (wild-type p53-activated fragment 1). Se trata de la proteína CIP1, un inhibidor de las CDKs. Es el intermediario a través del cual p53 bloquea el ciclo celular en respuesta al daño en el DNA.

Wee1:

Tirosina quinasa Wee1 que participa en el control del ciclo celular. Wee1 inhibe la actividad de MPF fosforilando en tirosina el componente Cdc2/CDK1. Coopera en el control con CAK y Cdc25.

Se identificó en la levadura: los mutantes wee se dividen antes de lo debido, produciendo unas células hijas de muy pequeño tamaño (wee significa diminuto en inglés).

WT1:

Proteína del tumor de Wilm (Wilm’s tumor). Represor transcripcional se une a factores de transcripción, como Egr-1, e impide su acción activadora de la transcripción.

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X [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

X:

Aminoácido cualquiera. También la base púrica xantina.

XP:

Xeroderma pigmentario, una enfermedad genética que produce hipersensibilidad a la luz solar (UV) y riesgo de cáncer de piel. Es debida a varios tipos de fallos en el sistema de reparación por escisión de nucleótidos.

Xu5P:

Xilulosa-5-fosfato. Intermediario de la ruta de las pentosas fosfato.

Xyl:

Xilosa (xylose).

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Y [ A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X, Y, Z ]

Y:

Tirosina, Tyr.

YAC:

Cromosoma artificial de levadura (yeast artificial chromosome). Consta de secuencias de DNA telomérico y centromérico, con varias ARS. Se utilizan para clonar fragmentos muy grandes (>10 Mb) de DNA.

Ypt:

Proteínas G pequeñas implicadas en el transporte de vesicular de proteínas entre el retículo endoplásmico y el Golgi en levaduras (yeast protein transport).

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Enrique Castro & C. Manuel Ruiz de Galarreta Hernández, © 2004