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Índice combinado de enlaces de Bioquímica, Biotecnología y Biología Molecular

Acerca de este índice
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Identificación de enlaces internos de BioROM ():
[UAH] = Univ. de Alcalá de Henares. Angel Herráez. (Biomodel). [UMa] = Univ. de Málaga. Gonzalo Claros, José Luis Urdiales. (Aulas virtuales)
[UACh] = Univ. Austral de Chile. Rodolfo Amthauer. (Estructura secundaria de proteínas) [UMH] = Univ. Miguel Hernández. Jesús Sanz. (Estructuras)
[UB] = Univ. de Barcelona. Gabriel Pons. (Protein Explorer) [UPV] = Univ. del País Vasco. Juan Manuel González. (Cibertexto y Ejercicios)
[UIB] = Univ. de las Islas Baleares. Pilar Roca, Jordi Oliver. (Materiales multimedia y biomoléculas) [URV] = Univ. Rovira i Virgili. Teresa Segués. (Bioinformática)
[ULL] = Univ. de La Laguna. Javier Corzo. (Transporte) [UTal] = Univ. de Talca. Raúl Herrera y Alejandra Moya. (Proteínas y Ejercicios)
[ULPGC] = Univ. de Las Palmas de Gran Canaria. Enrique Castro. (Proteínas G) [UAH-ISECM] = Instituto Superior de Engenharia e Ciências do Mar. Raquel Alfama y Mauricio Figueroa (Biomodel em português).

Introducción a la Bioquímica

Introducción a la Bioquímica. Apuntes de Biomoléculas, tema 1 [UMa]. También . Relación Bioquímica - Biología Celular - Genética. Composición de los seres vivos. Compuestos y grupos funcionales. Radiación electromagnética. También.

Introducción a la Biología Molecular. Apuntes de Biología Molecular Avanzada, tema 1 [UMa]. Definiciones. Monod, Lewin. Dogma central de la Biología Molecular. Avery y McLeod. Hershey y Chase. Meselson y Stahl. También.

Vocabulario de Bioquímica y Biología Molecular: cómo utilizar en español los términos en inglés, junto con la explicación pertinente que justifica la traducción propuesta.

Acrónimos y siglas comunes en ByBM [ULPGC]. Índice de abreviaturas y acrónimos. Nombres de los genes y las proteínas. Normas de la nomenclatura genética.

Comités de nomenclatura bioquímica [IUPAC-IUBMB]1 y 2 .

Historia de la Bioquímica, interrelacionada con Biología Celular y Genética. [Mathews/3, fig.1.3].

Tamaño de los objetos estudiados en Bioquímica y Biología. [Mathews/3, fig.1.8].

Células eucarióticas animal y vegetal. [Mathews/3, fig.1.11].

Distribución de biomoléculas en una célula. [Mathews/3, fig.1.13].

Estructura y función de las biomoléculas

Generales

Autoevaluación de isomería óptica [UAH]. Enantiómeros. Nomenclatura R-S. Fórmulas de proyección de Fischer. Diastereómeros. También. Auto-avaliação de isomería óptica [UAH-ISECM]. Enantiómeros. Nomenclatura R-S. Fórmulas de projecção de Fischer. Diasteómeros. Também.

Sustancias moleculares y geometría molecular  [M.B.Garrido, M.Castelló, C.Furió]. Geometría y polaridad de las moléculas. Propiedades de las sustancias moleculares. ¿A qué se debe que existan sustancias polares y apolares?. ¿Qué formas tienen las moléculas?. Predicción de propiedades de sustancias moleculares. Otras cuestiones relacionadas con la geometría molecular.

Tutor de Química  [The Biology Project, Univ. Arizona]. Bases de química para entender las estructuras biomoleculares; enlaces químicos y fuerzas de unión; química del agua; una introducción a las moléculas orgánicas.

Ejercicios del Tutor de Química [The Biology Project, Univ. Arizona]. Ejercicios guiados para comprender las propiedades químicas de los elementos que forman las biomoléculas y los enlaces que las conforman; la importancia de las propiedades del agua en el mantenimiento de estas estructuras; la importancia de las reacciones red-ox en biología; la solubilidad de los lípidos y la presencia de isótopos.

Ejercicios de Moléculas Grandes [The Biology Project, Univ. Arizona].Ejercicios guiados para aprender a identificar las biomoléculas, reconocer los enlaces que las conforman y los que colaboran en la unión de monómeros para la formación de macromoléculas y polímeros biológicos, especialmente péptidos y proteínas.

Estereoquímica [Colby College, Maine]. Ejercicios para entender los conceptos quiral, aquiral, meso, enantiómeros, diastereómeros,...

Agua

Modelos de agua sólida y líquida [UMH]. También.

Dinámica de un sistema de tres partículas [agua] [UMH]. También.

Enlace de hidrógeno entre moléculas de agua [UAH]. Gráficos sencillos pero muy claros. También.

Red de enlaces de hidrógeno del agua [UMH]. También.

Estructura del agua [UIB]. También.

Estructura y propiedades del agua líquida [Martin Chaplin, London South Bank Univ.]. Incluye hidrocoloides, entre ellos agar, alginato, arabinoxilano, carragenano, celulosa, gelatina, glucano, goma arábiga, goma guar, pectina, almidón, goma xantano...

Enlace de hidrógeno en el agua y red de enlaces en el agua y el hielo. [Mathews/3, fig.2.9y10].

pH

Ácidos débiles [UAH]. Gráficos sencillos pero muy claros. También.

Autoevaluación de pH y amortiguadores [UPV]. También.

Autoevaluación de amortiguadores fisiológicos [UPV]. También.

pH [John Kyrk].

Curvas de titulación de ácidos débiles. [Mathews/3, fig.2.17].

Anfolitos: curva de titulación de glicina; concentración de las 3 especies; equilibrios de ionización [Mathews/3, fig.2.18,19].
 

Fuerzas intra- e intermoleculares

Fuerzas intermoleculares [UIB]. También. Enlaces iónicos y covalentes. Átomos o moléculas cargados. Carga-dipolo. Dipolo-dipolo. Carga-dipolo inducido. Dipolo-dipolo inducido. Dipolo inducido-dipolo inducido.

Interacciones de Van der Waals [UMH]. También.

Enlace de hidrógeno [UMH]. También.

Tipos de interacciones no covalentes. [Mathews/3, fig.2.2].

Enlace de hidrógeno. [Mathews/3, fig.2.7].

Intercambio de enlaces de hidrógeno internos y con el agua. [Mathews/3, fig.2.11].

Hidratación de iones en disolución. [Mathews/3, fig.2.12].

Efecto hidrófobo: clatrato. [Mathews/3, fig.2.13].

Moléculas anfipáticas. [Mathews/3, fig.2.14].

Interacción electrostática entre macroiones. [Mathews/3, fig.2.20y22].



(Véase también la sección Modelos moleculares en el menú principal de la colección de enlaces de BioROM)

Glúcidos

su metabolismo
Estructura:
Básico [UAH] . También.
[UIB]. También.
Estrutura:
Básico [UAH-ISECM] . Também.

Glucosa en agua: interconversión de formas alfa y beta [UAH]. Gráficos sencillos pero muy claros. También.

Aspectos generales, funciones, clasificación y preguntas de autoevaluación [Cibertexto de Biomoléculas, UPV]. También.

Autoevaluación [UPV]. También.
 
Autoevaluación [UAH]. Monosacáridos. Nomenclaturas D-L y R-S. Fórmulas de Fischer, de Newman, de Haworth. Nomenclatura alfa-beta. Discáridos. Polisacáridos. También. Auto-avaliação [UAH-ISECM]. Monossacarídeos. Nomenclaturas D-L y R-S. Fórmulas de Fischer, de Newman, de Haworth. Nomenclatura alfa-beta. Dissacarídeos. Polissacarídeos. Também.

Estructura y función de los glúcidos; incluye ejercicios  [Aula Virtual, Univ. Murcia]

Estructura y función del glucógeno   [Enrique Villar, Univ. Salamanca]

Estructura de glucosa, maltosa y amilosa; triosas: gliceraldehído y dihidroxiacetona [Mathews/3, fig.9.1y3].

Interconversión aldosa-cetosa (gliceraldehído -- dihidroxiacetona). [Mathews/3, fig.9.4].

Estereoisomería:  [Mathews/3]
yEnantiómeros del gliceraldehido; nomenclatura R-S [fig.9.5y6].
Diastereómeros de aldotetrosas: treosa y eritrosa, eritrulosa [fig.9.7y8].

Tipos de isomería [Mathews/3, fig.9.14].

Todas las D-aldosas y D-cetosas [Mathews/3, fig.9.9].

Las 4 hexosas más comunes [Mathews/3, fig.9.12].

Estructura, propiedades, metabolismo: [Mathews/3]
Glucosa Galactosa Manosa
Talosa Ribulosa Idosa

Formación de anillos: en pentosas (furanosa y piranosa); en hexosas (alfa y beta-glucopiranosa) [Mathews/3, fig.9.10].

Isómeros conformacionales: ribofuranosa C-2-endo y C-3-endo [Mathews/3, fig.9.11].

Abundancia de los isómeros conformacionales [Mathews/3, tabla 9.2].

Conformaciones silla y bote en las piranosas [Mathews/3, fig.9.13].

Fosfatos de azúcar [Mathews/3, tabla 9.3].

Derivados de azúcar (fórmulas):  [Mathews/3]
ácido glucónico gluconolactona
ácido glucurónico eritritol, manitol y glucitol
glucosamina y galactosamina N-acetilglucosamina, murámico y N-acetilmurámico
N-acetilgalactosamina y N-acetilneuramínico o siálico
metilglucósido ouabaína y amigdalina (fig.9.15)

Visor de monosacáridos. [J.Maber, Univ. Leeds, U.K.] Fórmulas de Fischer con modelos moleculares compactos de todos los monosacáridos; se puede obtener el nombre seleccionando la estructura y viceversa; se puede seleccionar por aldosa/cetosa, 3 ó 6 átomos de carbono y cambiar la quiralidad de cualquiera de los átomos. Dibujo animado que muestra cómo se obtienen las proyecciones de Fischer a partir del modelo tridimensional.

Disacáridos: datos; estructuras (maltosa, trehalosa, sacarosa, celobiosa, lactosa, genciobiosa)lactosa [Mathews/3, tabla 9.5 y fig.9.16].

Examen de carbohidratos y lípidos  [Uniformed Services University]

Estructura de glúcidos [KUMC Medical Biochemistry; Univ. of Kansas Medical Center] presentación en diapositivas-web

Recopilación de recursos web [Science] Carbohydrate Chemistry & Glycobiology

Nomenclatura de glúcidos [IUPAC/IUBMB]: Recomendaciones

Abreviaturas normalizadas para monosacaridos y derivados [Mathews/3, tabla 9.4].

Oligosacáridos en la superficie celular [Mathews/3, fig.9.30a].

Estructura y función de polisacáridos [Biochemistry BCHM 331; Dr. Henry Jakubowski, CSB/SJU]

Estructura de polisacáridos: amilopectina, amilosa, celulosa, xilano y glucomanano, quitina, glicosaminoglicanos (sulfatos de condroitina y queratano y ácido hialurónico)proteoglicanos, heparina [Mathews/3, fig.9.19-21,23,24b].

Paredes celulares vegetal y bacteriana, peptidoglicano [Mathews/3, fig.9.22,25,26].

La estructura correcta del glucógeno y errores en los libros de texto

Estructura de hidrocoloides, entre ellos agar, alginato, arabinoxilano, carragenano, celulosa, gelatina, glucano, goma arábiga, goma guar, pectina, almidón, goma xantano... Hidratación de polisacáridos. ["Estructura y propiedades del agua líquida", Martin Chaplin, London South Bank Univ.].

Lípidos

su metabolismo   membranas

Estructura:

[UAH] Básico. Ácidos grasos, fosfolípidos, esteroides, bicapa lipídica. También.
[UAH-ISECM] Básico. Ácidos gordurosos, fosfolipídios, esteróis, bicapa lipídica . Também.
[UMH]. Colesterol, fosfatidilcolina. También.
[UIB]. Ácidos grasos, acilgliceroles, isoprenoides, esteroides, fosfolípidos, glucolípidos. También.
Apuntes de Biomoléculas, tema 6 [UMa]. También.
Aspectos generales, funciones, clasificación y preguntas de autoevaluación [UPV]. También.

Autoevaluación [UPV]. También.

Estructura y función de los lípidos; incluye ejercicios  [Aula Virtual, Univ. Murcia]

Estructura general de un lípido [Mathews/3].

Estructuras: estearato y oleato; triacilglicerol; triestearina; una cera, yglicerofosfolípidos, esfingosina, esfingomielina, esfingolípidos, glicoesfingolípidos, colesterol [Mathews/3, fig.10.1,2,4,6-9].

y Datos de ácidos grasos [Mathews/3, tablas 10.1y2].

Micelas y bicapas [Mathews/3, fig.10.5].

Datos de ubicación de fosfolípidos [Mathews/3, tabla 10.3].

Los aceites de oliva, tipos y características (divulgativo, no bioquímico)  [Javier Melgares]. Muy completo

Conceptos básicos de lípidos. Lipoproteínas y su metabolismo.  [Tomás Valdés González]

Examen de carbohidratos y lípidos  [Uniformed Services University]

The World of Membrane Lipids [Lesa Beamer, Univ. Missouri-Columbia]

Lipoproteínas: véase Metabolismo de lípidos

Membranas biológicas

Movimiento de lípidos y proteínas [UAH]. Gráficos sencillos pero muy claros. También.

Fluidez de membrana [UAH]. Gráficos sencillos pero muy claros. También.

Apuntes de Biomoléculas, tema 7 [UMa]. También.

Bicapa lipídica, fosfatidilcolina en una bicapa, peptidoglicano [UMH]. También.

Simulación de la dinámica de una bicapa lipídica [UMH]. También.

Modelo molecular tridimensional e interactivo de la estructura de una bicapa lipídica [UAH]. Modelos cristalino, en gel y fluido. También.

Modelo molecular tridimensional e interativo de a estrutura de uma bicapa lipídica [UAH-ISECM]. Modelos cristalino, em gel e fluido. Também.

Autoevaluación de membranas [UPV]. También.

Estructura de la membrana [Mathews/3, fig.10.10].

Efecto del colesterol en la estructura de la membrana [Mathews/3, fig.10.13].

Demostración experimental de la fluidez de la membrana [Mathews/3, fig.10.11].

Transición gel--cristal líquido en una bicapa [Mathews/3, fig.10.12].

Asimetría de fosfolípidos en membranas [Mathews/3, fig.10.14].

Una proteína integral de membrana (bacteriorrodopsina con retinal)su gráfica de hidrofobicidad [Mathews/3, fig.10.15y16].

Composición de varias membranas celulares [Mathews/3, tabla 10.4].

Proteínas de membrana del eritrocito: análisis electroforético, datos, modelo del esqueleto submembranoso; estructura de glicoforina A [Mathews/3, fig.10.17-19 y tabla 10.5].

Transporte a través de membranas [ULL]. También.

Autoevaluación de transporte [UPV]. También.

Transporte a través de membrana [UAH]. Gráficos sencillos pero muy claros.
  Difusión. . Uniporte. . Simporte. .
Canales. . ATPasa. . Antiporte. .
Ósmosis. . Transporte activo secundario. .

Transporte a través de membrana y canales iónicos [A.L. García Villalón, Univ. Autónoma de Madrid]. Incluye simulación de potencial transmembrana.

Transporte facilitado mediante poros y mediante transportadores [Mathews/3, fig.10.20].

Canales: hemolisina, gramicidina A [Mathews/3, fig.10.21,22].

Valinomicina [Mathews/3, fig.10.23].

Transporte facilitado y transporte pasivo [Mathews/3, fig.10.24].

Subunidad de la ATPasa(Na+,K+) [Mathews/3, fig.10.25].

Modelos: bomba Na+,K+simporte o cotransporte Na+,glucosa  [Mathews/3, fig.10.26-27].

Procesos de transporte específico en la célula [Mathews/3, fig.10.28].

Aminoácidos

su metabolismo

Estructura

 
Aminoácidos y péptidos; básico [UAH]. También. Aminoácidos e peptídeos; básico [UAH-ISECM]. Também.
Aminoácidos y péptidos [UAH] . También. Aminoácidos e peptídeos [UAH-ISECM] . 
Também.
1 y 2 [UIB]. También1 y 2.
[UMH]. También.
Apuntes de Biomoléculas, tema 2 [UMa]. Estructura. Propiedades ácido-base. También.
[UMa]. También.
[UTal]. Estructura general. Estereoisomería. Cadena lateral: clasificación. Propiedades: masa, pK, frecuencia.
Aspectos generales, propiedades, clasificación y preguntas de autoevaluación [UPV]. También.

Autoevaluación [UPV]. También.
 
Autoevaluación [UAH]. Nomenclaturas D-L y R-S. Ionización, propiedades ácido-base, titulación. También. Auto-avaliação [UAH-ISECM]. Nomenclaturas D-L y R-S.  Ionização, propriedades ácido-base, titulação. Também.

Estructura general [Mathews/3, fig.5.2y4].

Fórmulas de los aminoácidos proteicos [Mathews/3, fig.5.3 y tabla5.2].

Propiedades fisicoquímicas [Mathews/3, tabla 5.1].

Espectro de absorción UV [Mathews/3, fig.5.6].

Estereoisomería [Mathews/3, fig.5.5].

Curvas de titulación de His y Asp [Mathews/3, fig.5.7].

Aminoácidos modificados o infrecuentes [Mathews/3]. O-fosfoserina, 4-hidroxiprolina, delta-hidroxillisina, tiroxina, gamma-carboxiglutámico.

Estrucutura y propiedades [Institute of Chemistry, Dept. Biology, Chemistry, Pharmacy, Freie Universität Berlin]. Nombre, abreviaturas de 3 y 1 letra, fórmula molecular, lineal y tridimensional, modelo molecular interactivo, masa molecular, punto isoeléctrico.

Información de aminoácidos [R.C.Beavis & D.Fenyo], dentro de un curso de modelado mediante homología [G.Vriend, BioComputing Unit, EMBL]. Estructura química, modificaciones postraduccionales, grupos protectores, accesibilidad al disolvente, clasificaciones químicas, escalas de hidrofobicidad, volumen y área de la molécula, pKa, solubilidad, densidad, pI, enlaces de hidrógeno, geometría del enlace peptídico.

Identificación de aminoácidos, con las moléculas en 2D o en 3D.

Otro examen de identificación de aminoácidos [Univ. Estocolmo]

Estructura  [John Kirk] Interactivo.

Estructura comentada y acompañada con modelos moleculares [N. Boxall, J. Tweedie, Massey Univ., Nueva Zelanda]:

Enlace peptídico

Resonancia del enlace peptídico [UMH]. También.

Estructura del enlace peptídico [UIB]. También.

Apuntes de Biomoléculas, tema 2 [UMa]. Enlace peptídico. Ramachandran. También.

Aspectos generales, enlace, propiedades y funciones, y preguntas de autoevaluación [UPV]. También.

Autoevaluación [UPV]. También.
 
Autoevaluación [UAH]. También. Auto-avaliação [UAH-ISECM]. Também.

Estructura primaria de las proteínas [UTal].

Enlace peptídico [John Kirk].

Principios de estructura de proteínas usando internet: estructura primaria - los aminoácidos [Birkbeck College]. Muy completo.

yFormación del enlace peptídico y tetrapéptido [Mathews/3, fig.5.8y9].

Estructura del enlace peptídico: resonancia, coplanariedad [Mathews/3, fig.5.12].

Grupos que bloquean extremos N y C [Mathews/3, fig.5.10].

Curva de titulación de un tetrapéptido [Mathews/3, fig.5.11].

Proteínas

Estructura secundaria Estructura supersecundaria
Estructura terciaria y cuaternaria Estructura en general
Mio- y hemoglobina Inmunoglobulinas
Proteínas fibrosas
Función, propiedades, aislamiento Su metabolismo

Estructura

Insulina: estructura primaria [Mathews/3, fig.5.15].

Estructura secundaria:

Apuntes de Biomoléculas, tema 3 [UMa]. También . Niveles de organización. Hélice alfa, lámina beta, bucles y giros. También.

Apuntes de Biología Molecular Avanzada, tema 5 [UMa]. Niveles de organización. Hélice alfa, hoja beta y giros beta. También.
 
Hélice alfa, hoja beta. Básico [UAH]. También. Estrutura secondária:
Hélice alfa, lâmina beta. Básico [UAH-ISECM].
Também.
Hélice alfa, hoja beta, hélice triple del colágeno. [UAH]. También. Hélice alfa, lâmina beta, hélice triplo de colágeno. [UAH-ISECM]. Também.
Estructura secundaria [UIB]:  hélice alfa,  lámina beta,  hélice 3-10,  giros.
También 

Práctica de estructura secundaria de proteínas [UMa]. Enlace peptídico. Hélices alfa. Hojas beta y formación de láminas. Giros, horquillas o "combas". Estructuras de conexión. También.

UMH [traducción del guión de E.Martz]. Hélices alfa y hojas beta. También.

UMH. También. Hélices alfa (mioglobina, triosa fosfato isomerasa). Láminas beta (antiparalela de la Cu, Zn superóxido dismutasa, en trenzado de la lactato deshidrogenasa, paralela del interior de la flavodoxina, barril-beta paralelo de la triosa fosfato isomerasa). Combas beta (G1 de la prealbúmina, G1 de la termolisina cerrando una horquilla beta). "Paperclips" (prealbúmina, mioglobina, triosa fosfato isomerasa). Giros/horquillas beta (de dos residuos con giro beta I' en gamma-quimotripsina, de cuatro residuos con giro beta I en pencilopepsina). También.

Fluctuación térmica de una hélice alfa [UMH]. También.

Estructura secundaria de las proteínas [UTal]. Hélice alfa y hoja beta.

Elementos de estructura secundaria de las proteínas [UACh]. Hélice alfa; mioglobina. Hoja beta; subunidad alfa de la proteina G. Puentes disulfuro; insulina.

Rotación alrededor de los enlaces phi y psi de una cadena peptídica [Mathews/3, fig.6.2].

Hélice alfa y hoja beta. Hélice 3-10 y hélice pi. [Mathews/3, fig.6.3y4].

Hélices idealizadas ysus enlaces de H. [Mathews/3, fig.6.5y6].

Parámetros de las hélices. [Mathews/3, tabla 6.1].

Representación de Ramachandran; para el inhibidor pancreático de tripsina bovina; conformación impedida estéricamente [Mathews/3, fig.6.8,10y9].

Giros beta y giro gamma [Mathews/3, fig.6.18y19].

Estructuras alfa y beta rotando [John Kirk].

Estructura supersecundaria:
[UMH]. También. Empaquetamientos alfa/alfa 4/4, alfa/alfa 3/4, alfa/alfa 3x4 ("four-helix bundle"), beta/beta ortogonal, beta/beta alineado, alfa/beta: estructura de Rossman. Horquillas beta de 2 residuos con un giro-beta I', de 4 residuos con un giro-beta I. También.

[UIB]. También.

Apuntes de Biología Molecular Avanzada, tema 5 [UMa]. Hélice-giro-hélice, hélices arroladas, mano EF. Horquilla beta, meandro beta, barril beta. Beta-alfa-beta, plegamiento de Rossman. También.


Estructura terciaria y cuaternaria:

Apuntes de Biomoléculas, tema 3 [UMa]. También . Proteínas fibrosas (queratinas alfa, fibroína, colágeno) y globulares. Estructuras de orden superior, clasificación estructural de las proteínas. Interacciones moleculares y configuración de las proteínas. También.

Terciaria y cuaternaria [UIB]. También t y c.
 
Terciaria, ilustrada con lisozima; básico [UAH]. También . Terciária, ilustrada com lisozima; básico [UAH-ISECM]. Também.
Cuaternaria, ilustrada con hemoglobina; básico [UAH]. También . Cuaternária, ilustrada com hemoglobina; básico [UAH-ISECM]. Também.
Cuaternaria, ilustrada con hemoglobina e inmunoglobulinas G [UAH]. Hemoglobina S y anemia falciforme. También Hb e Ig. Cuaternária, ilustrada com hemoglobina e imunoglobulinas G [UAH-ISECM]. Hemoglobina S y anemia falciform. Também Hb e Ig.

UMH. Proteínas fibrosas: colágeno, fibroína. Proteínas globulares todo-alfa: mioglobina, hemeritrina ("four-helix bundle"). Proteínas globulares todo-beta: dominio VL de la inmunoglobulina, plastocianina. Proteínas globulares alfa+beta: lisozima de clara de huevo, hexoquinasa. Proteínas globulares alfa/beta: triosa fosfato isomerasa, flavodoxina. Proteínas en dominios: fosfoglicerato quinasa. Proteínas con estructura cuaternaria: hemoglobina. También.

Terciaria y cuaternaria; mioglobina y ACC sintasa [UTal]. (1-aminociclopropano-1-carboxilato sintasa; EC 4.4.1.14).

Ejemplos de proteínas globulares [UACh]. Ferritina, fosfofructoquinasa, concanavalina A, peroxidasa, apolipoproteína A-I, fructosa 1-6 bisfosfatasa, alfa-1 antitripsina.

Ejemplos de estructuras terciarias [Mathews/3, fig.6.16].

Simetría en la estructura cuaternaria. Dímero de prealbúmina. Dímero sin simetría  [Mathews/3, fig.6.30,32,33].

Fuerzas que intervienen en la estructura de las proteínas [UIB]. También .

Niveles estructurales de las proteínas [UAH]. Gráficos sencillos pero muy claros. También.

Niveles estructurales de las proteínas [Mathews/3, fig.6.29].

Autoevaluación [UPV]. También.

Protein Explorer: programa de ordenador que permite investigar la estructura de macromoléculas y su relación con la función [UB]. También.

Actividad de estudio de una proteína: nitrato reductasa [UTal]. (Representaciones de la estructura secundaria, cofactores).

Problemas de aminoácidos y proteínas. Apuntes de Biomoléculas [UMa]. También.

Proteínas en 3D [Mª Belén Garrido Garrido. Colegio Guadalaviar, Valencia]. Aminoácidos. Enlace peptídico. Aminoácidos y péptidos no proteicos. Proteínas: generalidades, niveles estructurales. E. primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria. Estructura y función. Propiedades. Clasificación. Funciones biológicas.

La Estructura de las Proteínas [Rogelio Rodríguez-Sotres, Univ. Nacional Autónoma de México]. Aminoácidos; Enlace peptídico; Anatomía de una proteína; Fuerzas básicas; Estructura secundaria; Estructura supersecundaria; Dominios; Estructura terciaria; Estructura cuaternaria.
Muy amplio. Ilustrado con preguntas y respuestas interactivas {requiere Java}.

Estructura comentada y acompañada con modelos moleculares [N. Boxall, J. Tweedie, Massey Univ., Nueva Zelanda]:

Atlas de interacciones de cadenas laterales en proteínas [Laskowski, Luscombe & Moes, University College London]

Estructura y función de proteínas, pH y pK  [Uniformed Services University]

Principios de estructura de proteínas usando internet [Birkbeck College]: recopila material de varios autores y enlaces a páginas ajenas; bastante extenso. Estructura primaria; Geometría de las proteínas; Fuerzas moleculares y estructura de las proteínas; Estructura secundaria; Estructura terciaria; Estructura cuaternaria; Interacción entre proteínas.

Introducción a las proteínas [en The Molecules of Life, Univ. Oxford]: para qué sirven, cómo se forman y cómo es su estructura.

ProTeach: curso de estructura de proteínas de Protein Society {emplea el programa Mage, que se puede descargar desde allí}. El enlace ha dejado de funcionar.

Protein Spotlight: revista electrónica del grupo SWISS-PROT, Instituto Suizo de Bioinformática, acceso gratuito. Publica mensualemente un artículo sobre una proteína interesante, en clave informal. Parece una buena fuente para seminarios o trabajos.

Proteínas globulares y fibrosas (S.J. Perkins, Univ. Central London). Formatos PowerPoint y PDF

Conservación de secuencia entre mioglobinas humana y de cachalote [Mathews/3, fig.5.14].

Distribución de residuos hidrófobos e hidrófilos en proteínas globulares [Mathews/3, fig.6.17].

Tipos de enlace de hidrógeno en una proteína [Mathews/3, fig.6.21].

Mioglobina y hemoglobina

Hemo. Estructura de la mioglobina. Hemoglobina: transición oxi-desoxi, estructura cuaternaria, interacciones, unión de 2,3-BPG. Apuntes de Biomoléculas, tema 4 [UMa]. También.
 
Hemoglobina [UMH]. También  Representaciones, péptidos y esqueletos peptídicos. Hemoglobina y el grupo hemo. Estructura secundaria de la hemoglobina. Anfipatía de la alfa hélice. Hidrofobicidad, polaridad y carga. Hemoglobina S de la anemia falciforme. Hemoglobina [Galeria de Moléculas, Univ. Federal do Rio Grande do Sul, Brasil].  Representações, peptídeos e "espinhas". Hemoglobina e heme. Estrutura secundária da hemoglobina. Anfipaticidade da alfa-hélice. Hidrofobicidade, polaridade e carga.

yMioglobina: estructura tridimensional. [Mathews/3, fig.5.1 y 6.1].

Fibra polímero de hemoglobina S.

Las globinas en el transporte y almacenamiento de oxígeno [Mathews/3, fig.7.1].

Comparación de mioglobina y hemoglobina [Mathews/3, fig.7.3].

Estructura de las porfirinas: profina, protoporfirina IX, ferroprotoporfirina o hemo [Mathews/3, fig.7.4].

Geometría de la coordinación del hierro en la oximioglobina [Mathews/3, fig.7.5].

Curva de unión de oxígeno por mioglobina [Mathews/3, fig.7.6].

Dinámica de la liberación de oxígeno por mioglobina [Mathews/3, fig.7.7].

Curva de unión de oxígeno requerida para una proteína de transporte [Mathews/3, fig.7.8].

Representación de Hill para la unión de oxígeno por mioglobina y hemoglobina [Mathews/3, fig.7.9].

yModelos para la cooperatividad de la hemoglobina [Mathews/3, fig.7.10y15].
 
Transiciones oxi-desoxi de la hemoglobina [UMH]:  monómero,  tetrámero,  tetrámero.
También: 

Cambio en la estructura cuaternaria de la hemoglobina asociado a la oxigenación [Mathews/3, fig.7.12].

Mecanismo de la transición T--R [Mathews/3, fig.7.13].

Reemplazo de His proximal por Gly y un imidazol no covalente [Mathews/3, fig.7.14].

Efecto Bohr en la curva de oxigenación [Mathews/3, fig.7.16].

Fórmulas de bisfosfoglicerato e inositolhexafosfato [Mathews/3, fig.7.17].

Estructura del 2,3-BPG unido a la desoxihemoglobina [Mathews/3, fig.7.18].

Curvas de unión de oxígeno: efecto de CO2 y BPG [Mathews/3, fig.7.19].

Regiones codificantes y no codificantes en el gen de globina beta [Mathews/3, fig.7.20].

Expresión de los genes de globina humana a lo largo del desarrollo [Mathews/3, fig.7.22].

Evolución de los genes de globina y conservación del patrón de plegamiento [Mathews/3, fig.7.23y24].

Hemoglobinas variantes: distribución de las mutaciones, herencia, ejemplos [Mathews/3, fig.7.25y26, tabla 7.2].

Inmunoglobulinas
Anticuerpos [UMH]. También.
 
Anticuerpos [UIB]:  estructura y  unión antígeno-anticuerpo.
También 

Estrutura, função e diversidade das imunoglobulinas [Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Brasil].

O Anticorpo: Estrutura da Molécula de Imunoglobulina [Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Brasil].

y Estructura de IgG y Fab [Mathews/3, fig.7.32y33].

Plegado típico de inmunoglobulina [Mathews/3, fig.7.36].

Proteínas fibrosas
Composición de queratina, fibroína, colágeno y elastina [Mathews/3, tabla 6.2].

Modelo estructural de los filamentos intermedios de queratina [Mathews/3, fig.6.11].

Modelo estructural de fibroína [Mathews/3, fig.6.12].

Colágeno, elastina, entrecruzamientos en ellos y prolina oxidasa [Joni Mäki, publicación electrónica de la Univ. de Oulu, Finlandia]

Modelo estructural de fibras de colágeno [Mathews/3, fig.6.12].

Enlace transversal Lys-Lys en el colágeno (aldol de al-lisina) [Mathews/3].

Biosíntesis del colágeno [Mathews/3, fig.6.14].

Enlace transversal de desmosina en la elastina [Mathews/3].

Función, propiedades, aislamiento

Aislamiento, purificación y caracterización de proteínas. Apuntes de Biomoléculas, tema 5 [UMa]. También.

Clasificación y propiedades, funciones, estructura y preguntas de autoevaluación [UPV]. También.

Autoevaluación de métodos experimentales 1 y 2 [UPV]. También1 y 2.

Diseño de proteínas [UMH]. También. {sólo con 4 }.

Solubilidad en función del pH. [Mathews/3, fig.2.21].

Ácidos nucleicos

su metabolismo

Bases, nucleósidos y nucleótidos

Básico [UAH]. También Básico [UAH-ISECM]. Também.

Apuntes de Biología Molecular Avanzada, tema 2 [UMa]. También.

[UMH]. También.

Apuntes de Biomoléculas, tema 8 [UMa]. También.

Autoevaluación [UAH]. También.

Bases purínicas y pirimidínicas [Mathews/3, fig.4.2].
Tautomería de las bases [Mathews/3, fig.4.4].
Nucleósidos y nucleótidos [Mathews/3, fig.4.3].
Espectro UV de los ribonucleótidos [Mathews/3, fig.4.5].
Conformaciones sin y anti de los nucleótidos [Mathews/3].

General

Aspectos generales, componentes, RNA y DNA, y preguntas de autoevaluación [UPV]. También.

Autoevaluación de ácidos nucleicos [UPV]. También.

Autoevaluación de métodos experimentales 1 y 2 [UPV]. También1 y 2.

Estructura y función de los ácidos nucleicos; incluye ejercicios  [Aula Virtual, Univ. Murcia]

Examen de identificación de nucleótidos, con las moléculas en 2D o en 3D (para 3D se necesita el programa Chime).

Examen de ácidos nucleicos  [Uniformed Services University]

Bases, nucleósidos, nucleótidos y cadenas polinucleotídicas  [Biochemistry 3107, Martin E. Mulligan, Memorial University of Newfoundland, Canadá]

Introducción a los ácidos nucleicos [en The Molecules of Life, Univ. Oxford].

Centro del genoma humano en la web de Nature. Índice de los cromosomas secuenciados, artículos gratuitos, enlaces...

Estructura de DNA y RNA [Mathews/3, fig.4.1].
Formación del enlace fosfodiéster [Mathews/3, fig.4.6y7].

Caracteristicas de algunos genomas [Mathews/3, tabla 4.4].

DNA

Apuntes de Biomoléculas, tema 9 [UMa]. También.

Emparejamiento de nucleótidos. Conformación del DNA (formas A, B y Z). Apuntes de Biología Molecular Avanzada [UMa], tema 3. También.

Emparejamiento de nucleótidos, estructura secundaria del DNA, B-DNA, A-DNA y Z-DNA [UAH]. También.

Pareamento de nucleotídeos, estrutura secundária de DNA, B-DNA, A-DNA e Z-DNA [UAH-ISECM]. Também.

DNA B [UIB]. También .

DNA B [UMH]. También.

DNA A, B y Z [UMH]. También.

Práctica de estructura del DNA [UMa, traducción de la guía de E.Martz]. La doble hélice elemento a elemento: pares de bases y puentes de hidrógeno. El código de bases. Las hebras y el esqueleto helicoidal. Los extremos del DNA y el antiparalelismo. Preguntas a responder. También.

Autoevaluación [UAH]. Estructuras primaria y secundaria. Variaciones estructurales. Motivos estructurales proteicos responsables de la unión al DNA. Superenrollamiento. Estructura de los RNAs. Los ribosomas. Condensación del DNA en eucariotas. Extracción de ácidos nucleicos por solubilidad en fases inmiscibles. Purificación por precipitación salina diferencial. Fraccionamiento de ácidos nucleicos: ultracentrifugación y electroforesis. También.

Construye una molécula de ADN: actividad de construción de un DNA bicatenario a partir de nucleótidos, aplicando el emparejamiento de bases [Genetic Science Learning Center, Univ. of Utah].

Artículo de Watson y Crick que proponía la estructura en doble hélice para el DNA (Nature, 1953):
Artículo original Reescrito en página web Traducción al español
Página especial en Nature.Com conmemorativa del 50º aniversario

Estructura del DNA: Aspectos básicos [John Kirk]. Interactivo, en etapas.

Estructura de la molécula de DNA [Access Excellence]. Aspectos históricos, figuras, prácticas, glosario.

DNA de la A a la Z: aplicaciones del DNA, biológicas, químicas y físicas, algunas casi en broma. También ordenadores basados en DNA, y puedes escribir un mensaje y enviarlo codificado por correo electrónico usando el código genético (un "DNAgrama"). (Tu mensaje se interpreta como una secuencia de aminoácidos y se traduce a la inversa con el código genético dando una secuencia de nucleótidos, que es la que se envía)

Estructura del B-DNA [Biochemistry 3107, Martin E. Mulligan, Memorial University of Newfoundland, Canadá]

Variaciones estructurales de DNA y RNA [Biochemistry 3107, Martin E. Mulligan, Memorial University of Newfoundland, Canadá] Tramos poli(A), palíndromos, horquillas, pseudonudos, cruciformes, A-DNA, Z-DNA, pares de basese de Hoogsteen, H-DNA.

Estructura del DNA [DNA from the beginning]: Cómo se dedujo la estructura de la doble hélice. Presentación en etapas. La molécula de DNA tiene forma de escalera retorcida. Modelo de Watson y Crick. Reglas de Chargaff. Difracción de rX.  Muy bueno

Estrutura do DNA [Galeria de Moléculas, Univ. Federal do Rio Grande do Sul, Brasil].  Dupla hélice, pareamento de bases e pontes de hidrogênio. O código genético e a replicação do DNA. A estrutura das fitas e a "espinha" de fosfato/desoxi-ribose. As extremidades 5' e 3', antiparalelismo das fitas.

Demostración experimental del DNA como material genético:  Avery, MacLeod y McCarty; Hershey y Chase [Mathews/3, fig.4.8].

Elementos fundamentales en la estructura de doble hélice [Mathews/3, fig.4.10].

Ejemplos de la regla de Chargaff [Mathews/3, tabla 4.2].

Modelos moleculares del DNA [Mathews/3, fig.4.11y16].

La complementariedad permite la replicación [Mathews/3, fig.4.12].

Comparación de la geometría de las formas A, B y Z del DNA [Mathews/3, fig.4.15 y tabla 4.3].

Forma Z del DNA [Mathews/3, fig.4.26].

Conformaciones sin y anti de los nucleótidos [Mathews/3].

DNA palindrómico [Mathews/3, fig.4.28].

Triple hélice y forma H del DNA [Mathews/3, fig.4.29y30].

Complejos DNA-proteína

(véanse también regulación de la transcripción y estructura y organización del material genético)

Interacción entre proteínas y ácidos nucleicos. Apuntes de Biología Molecular Avanzada [UMa], tema 6.  Dominios de unión: hélice-giro-hélice, homeodominios, cremallera básica de leucinas, dedo de zinc. También.

Motivos estructurales proteicos de unión al DNA: hélice-giro-hélice, hélice-bucle-hélice, homeodominio, cremallera de leucina, dedo de zinc [UAH]. También.

Motivos estruturales proteicos de ligação a DNA: hélice-volta-hélice, hélice-laço-hélice, homeodomínio, "leucine zipper", dedo de zinco [UAH-ISECM]. Também.

Interacción entre caja TATA, TBP y TFIID [UIB]. También .

Interacción DNA - proteína (práctica demostrativa con GAL4) [UMa, traducción de la guía de E.Martz]. También.

Complejos proteína-DNA [UMH]. Hélice-giro-hélice (represor del fago 434). Dedos de zinc (Zif268). Cremallera de leucina (GCN4-bZIP). Láminas beta (represor de metionina). También.

Movimiento de la proteína ligante de TATA, TBP [UMH]. También.

Cambio conformacional en la proteína ligante de maltosa, MBP  [UMH]. También.

Complejos DNA-ligando

Complejo DNA-daunamicina [UMH]. También.

RNA

Estructura del RNA. tRNA. Interacción codón-anticodón. Ribozimas. [UAH]. También.

Estrutura de RNA. tRNA. Interação codon-anticodon. Ribozimas. [UAH]. Também.

Apuntes de Biomoléculas, tema 9 [UMa].

Estructura del RNA. Apuntes de Biología Molecular Avanzada [UMa], tema 4.

Página de Michael Zuker, dedicada principalmente al plegamiento del RNA (nivel avanzado, investigación). Termodinámica, software, bases de datos.

Estructura y función del tRNA (BioSci 99A)[Dr. H. Luecke, Univ. California Irvine]

Conformaciones de ácidos nucleicos monocatenarios [Mathews/3, fig.4.19].

Estructuras secundaria y terciaria de un tRNA [Mathews/3, fig.4.27y20].

Complejos RNA-proteína

Interacción del RNA con proteínas [UAH]. También. Proteína Rev del VIH unida al RNA del "elemento de unión a Rev" (RBE). Proteína EF-Tu unida a un tRNA. Aminoacil-tRNA sintetasa unida a su tRNA. Proteína U1A del ayustosoma unida a un pre-mRNA.

Interação do RNA com proteínas [UAH-ISECM]. Também. Proteína Rev do VIH ligada ao RNA do "elemento do ligação a Rev" (RBE). Proteína EF-Tu ligada a um tRNA. Aminoacil-tRNA sintetasa ligada a tRNA. Proteína U1A do "spliceosome" ligada a um pre-mRNA.

Estructura y organización del material genético

Estructura del nucleosoma [UAH]. También.

Estrutura do nucleosoma [UAH-ISECM]. Também.

Empaquetamiento del DNA en nucleosomas [UMH]. También.

Superenrollamiento [UMH]. También.

Autoevaluación [UAH]. Genoma eucariótico: DNA de copia única y DNA repetitivo.

Trabajo sobre la topoisomerasa I y su actividad proteína quinasa [Laurent Gauthier]

RNA topoisomerasa

Superenrollamiento y topoisomerasas [Biochemistry 3107, Martin E. Mulligan, Memorial University of Newfoundland, Canadá]

Formas relajada y superenrollada de DNA [Mathews/3, fig.4.18].

Descripción matemática del superenrollamiento [Mathews/3, fig.4.24].

Enzimas

Aspectos generales, nomenclatura, clasificación, modo de acción, regulación, cinética y preguntas de autoevaluación [UPV]. También.

Complejos enzima-sustrato [UMH]. Lisozima con hexa(N-acetil glucosamina). Centro activo de la gamma-quimotripsina con un tripéptido. Glutaminil-tRNA sintetasa (con tRNA y ATP). También.

Mecanismo de llave y cerradura [UMH]. También.

Mecanismo de ajuste inducido [UMH]. También.

Alosterismo: transición T-R de la aspartato transcarbamilasa [UMH]. También.

Acción enzimática [UAH]. Gráficos sencillos pero muy claros.
  Cambio conformacional y tensión. . Estado de transición. .
Proximidad y orientación. . Interacción química. .
Ruta bioquímica. . Alosterismo. .

Lisozima [UIB]. También .

Quimotripsina [UIB]. También .

Autoevaluación de enzimas [UPV]. También.

Autoevaluación de Energía, Enzimas y Catálisis [UAH, El Proyecto Biológico]. Ejercicios resueltos y comentados sobre las propiedades de las enzimas, las reacciones que catalizan, sus características termodinámicas, la inhibición de la acción enzimática; las cinéticas que siguen estas reacciones y sus representaciones gráficas. También.

Cinética Enzimática en Imágenes [Rogelio Rodríguez-Sotres, Univ. Nacional Autónoma de México].

Problemas sobre enzimas [Rogelio Rodríguez-Sotres, Univ. Nacional Autónoma de México].

Las enzimas: información básica [Rubén Hernández Gil, Univ. de Los Andes, Mérida, Venezuela]

Apuntes de enzimas y cinética enzimática [José Ramón Martín Solís, Depto. de Física, Univ. Carlos III de Madrid].

Enzymes I and II: sitio web del libro virtual Concepts in Biochemistry, de R.Boyer (presentación de tipo diapositivas con las ideas clave del tema).

Mini-curso de cinética enzimática en Thomas Jefferson Univ.

Nomenclatura de las enzimas [IUBMB]: nombres recomendados y código EC.

Nomenclatura de enzimas [EMP Project]: clasificadas por código EC; además del nombre recomendado, reacciones catalizadas, varios datos y referencias bibliográficas.

Búsqueda de enzimas en la base de datos EC, con enlaces a OMIM y SWISS-PROT [Dan Jacobson, Johns Hopkins University]. [University College London].

Enzyme Structures Database: estructuras conocidas existentes en la colección PDB, clasificadas según E.C. [University College London].

Bioquímica de las enzimas en el MIT's Biology Hypertextbook: Energía de las reacciones químicas; Mecanismos enzimáticos; Cinética enzimática de M-M; Inhibición; Problemas resueltos; Retroinhibición; Problemas resueltos. Problemas para practicar, con soluciones.

Enzyme Tutorials [BioG 101-104 Course, Cornell University] Preguntas autoevaluadas

Determinación del orden y constante de velocidad de una reacción [Mathews/3, fig.11.1].

Diagramas de energía libre para una reacción A->B [Mathews/3, fig.11.2].

Prueba de la ecuación de Arrhenius [Mathews/3, fig.11.3].

Efecto de un catalizador sobre la energía de activación [Mathews/3, fig.11.4].

Importancia de los estados intermedios [Mathews/3, fig.11.5].

Entropía y entalpía en la catálisis [Mathews/3, fig.11.6].

Modelos de interacción enzima-sustrato: llave-cerradura y ajuste inducido [Mathews/3, fig.11.7].

Cambio conformacional en la hexoquinasa inducido por la unión de glucosa [Mathews/3, fig.11.8].

Triosa-fosfato isomerasa:: gliceraldehído-3-P a dihidroxiacetona-P: estructura y centro activo; reacción en el centro activo; barreras de energía libre [Mathews/3, fig.11.9-10].

Quimotripsina: estructura; centro activo; mecanismo de catálisis [Mathews/3, fig.11.11-13].

Perfiles de concentración de especies moleculares hasta alcanzar el estado estacionario [Mathews/3, fig.11.14].

Modelo de Michaelis-Menten: reacciones; ecuación v frente a [S]gráfica; gráfica de Lineweaver-Burk; gráfica de Eadie-Hofstee [Mathews/3, fig.11.15-17].

Parámetros cinéticos de algunas enzimas: quimotripsina, pepsina, Tyr-tRNA sintetasa, RNasa, anhidrasa carbónica, fumarasa [Mathews/3, tabla 11.1].

Inhibición competitiva: esquema; reacciones; yecuaciones; gráficas; ejemplo de sustrato e inhibidor competitivo para la RNasa [Mathews/3, fig.11.19-21].

Inhibición competitiva: esquema; reacciones; yecuaciones; gráficas [Mathews/3, fig.11.22-23].

Inhibición irreversible: ejemplos de inhibidores (cianuro, diisopropilfluorofosfato, sarín, fisoestigmina, paratión, TPCK, penicilina)ejemplo de reacción con diisopropilfluorofosfato [Mathews/3, tabla 11.4 y fig.11.24].
 

Ribozimas

Implicaciones evolutivas del RNA catalítico. Apuntes de Biología Molecular Avanzada [UMa], tema 13.

Estructuras de ribozimas en la base de datos NDB (archivos pdb y gif).

Ribozyme Jump Station: colección de enlaces relativos a las ribozimas.
 

Vitaminas

Vitaminas A y B2 [UAH]. También.

Vitaminas A e B2 [UAH-ISECM]. Também.

Vitaminas; incluye ejercicios [Aula Virtual, Univ. Murcia]

Página web de Vitaminas de Univ. Miguel Hernández [Gines Rosa Bermejo y Juan Francisco Moreno Labanda]

Fórmulas de coenzimas en 2 y 3 dimensiones: ATP, CoA, FAD, NAD+, NADP+   [Karl J. Miller, George Washington Univ.]

Ejercicios de vitamina B12 y folato  [The Biology Project, Univ. Arizona]. Ejercicios guiados que ayudan a estudiar la función de estas dos vitaminas, en qué reacciones intervienen; las consecuencias de su deficiencia, y las reacciones metabólicas en las que confluyen ambas estructuras.

Vitamina B1 [Glactone, Univ. Georgia]:  Historia, Función bioquímica, Enfermedades por deficiencia, Estructuras, Bibliografía y Enlaces.

Metabolismo

Nociones generales del metabolismo [E. Villar, Univ. Salamanca]

Mapas metabólicos de Roche Molecular Biochemicals (antes Boehringer Mannheim) (versión digitalizada en el servidor ExPASy en Suiza):

Pág. principal y búsqueda por palabras clave.
"Biochemical Pathways - Metabolic Pathways"  Mapa con acceso por cuadrículas, a color, con enlace a la información de las enzimas. Organizado por rutas metabólicas.
"Biochemical Pathways - Cell and Molecular Processes" Mapa con acceso por cuadrículas, a color, con enlace a la información de las enzimas. Organizado por ubicación celular.

Mapas metabólicos de Donald Nicholson (IUBMB y Sigma Chem. Co.). Mapas, minimapas y animapas. "To Make Metabolism Meaningful, Wonderful and FUN"

The Main Metabolic Pathways on Internet, de Pieter van Santen. Se puede descargar una versión para PC con capacidad de búsqueda de rutas, metabolitos y enzimas.

"HordeNet" Major Metabolic Pathways [Univ. Akron, EE.UU.]

Mapas metabólicos de KEGG [Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, en Kyoto Univ., Japón] (Hay réplica en Weizmann Institute of Science, Israel , pero no funciona bien): genéricos y específicos de distintos organismos. Se incluyen instrucciones de uso, búsqueda, enlaces a bases de datos...

EcoCyc/MetaCyc Pathway Tools [Encyclopedia of E. coli Genes and Metabolism & Metabolic Encyclopedia]: Esquema general de todas las rutas metabólicas de Escherichia coli y otros organismos. Se puede pulsar en cada una para obtener información de la ruta, las enzimas, etc. También se puede buscar por proteína, ruta, reacción, compuesto o gen.

Biopsicología.Net: Rutas metabólicas relacionadas con la actividad cerebral.

Integración del metabolismo [KUMC Medical Biochemistry; Univ. of Kansas Medical Center] presentación en diapositivas-web

Búsqueda en rutas metabólicas [EMP Project]

Rutas metabólicas  [Biocarta]: Descripción, esquema gráfico, hiperenlaces. Búsqueda de productos comerciales. Enlace a bases de datos moleculares. No sólo metabolismo, también rutas de transmisión de señal, interacciones moleculares...

Mapas metabólicos de Donald Nicholson e IUBMB (Metabolic mini-maps)

Bioenergética

Bioenergética   [Enrique Villar, Univ. Salamanca]

Aspectos básicos de oxidación - reducción  [Alfonso Martínez-Conde y Pilar Mayor, Univ.Complutense de Madrid]

ATP, reacciones de hidrólisis, estabilización del fosfato por resonancia [Mathews/3, fig.3.8y9].

Compuestos fosforilados de relevancia bioquímica: Hidrólisis, ATP, fosfoenolpiruvato, creatina y creatina-fosfato, piruvato. [Mathews/3, fig.3.7].
 

Metabolismo de glúcidos en general (más abajo, lo específico de cada ruta)

su estructura

Autoevaluación de Metabolismo de glúcidos [UAH, El Proyecto Biológico]. Ejercicios guiados sobre la degradación de glucosa vía glucólisis, tanto en condiciones aerobias como anaerobias, y ciclo de Krebs; la producción de las diferentes formas de energía química derivada de ambas vías y su acoplamiento con el transporte electrónico mitocondrial y la fosforilación oxidativa. También.

Autoevaluación [UTal].

Autoevaluación de anomalías metabólicas de fructosa, galactosa y disacáridos [UAH]. Malabsorción, maldigestión, intolerancias. Deficiencias en disacaridasas. Galactosemia. Fructosuria.

Autoevaluación de diabetes [UAH]. Alteraciones metabólicas. Ensayos de diagnóstico y seguimiento. Glucemia. Glucohemoglobina.

Biosíntesis de lactosa [Mathews/3, fig.9.17].

Metabolismo de glúcidos [KUMC Medical Biochemistry; Univ. of Kansas Medical Center] presentación en diapositivas-web:
Glucólisis. Transporte electrónico y Fosforilación oxidativa. Ruta de las pentosas fosfato. Ciclo de los ácidos tricarboxílicos. Metabolismo del glucógeno. Glicoproteínas y proteoglicanos.

Glucólisis

Bioenergética, metabolismo glucídico y su regulación [Enrique Villar, Univ. Salamanca]:
Digestión y absorción de glúcidos de la dieta
Glucólisis Regulación de la glucólisis
Entrada de otros monosacáridos

Minimapa de glucólisis (Donald Nicholson)

Glucólisis: Introducción, Diseña tu glucólisis, Glucólisis paso a paso. J. Maber, Univ. Leeds, U.K.

Diagrama con visión general y más detallada [Robert J. Huskey, Univ. Virginia]

Esquema general; detalles, parte 1; detalles, parte 2  [Access Excellence]

Esquema de la ruta con enlaces a información de metabolitos y enzimas [Univ. Indiana]

Reacciones y estructuras en 2 y 3 dimensiones [Karl J. Miller, George Washington Univ.]. Valores de cambio de energía libre (G°') de cada reacción.

Glucólisis en modelos moleculares del Dr. William McClure [Molecular Models for Biochemistry, Carnegie Mellon Univ.].

Animación de la glucólisis [MicroWeb, BioMi290/91, Cornell Univ.] con énfasis en lo que le ocurre a las moléculas, tipo de reacción y balance energético.

Glucólisis en esquemas animados [John Kirk, Cell Biology Animation] Muy vistoso y completo. Combina fórmulas, modelos, movimiento, balance energético.
 

Destinos del piruvato y fermentaciones

Mecanismo de la piruvato deshidrogenasa [UMH]. También.

Fermentaciones láctica y alcohólica  [Enrique Villar, Univ. Salamanca]

Minimapa de fermentaciones láctica y alcohólica (Donald Nicholson)

Metabolismo anaeróbico del piruvato: fermentaciones láctica y alcohólica  [Access Excellence]. Esquema gráfico de mabs rutas (figs. del libro de Alberts), se puede descargar pdf.

Animación de la fermentación [MicroWeb, BioMi290/91, Cornell Univ.] con énfasis en lo que le ocurre a las moléculas, tipo de reacción y balance energético.

Ruta de los fosfatos de pentosa

Autoevaluación [UTal].

Minimapa de rutas de fosfatos de pentosa (Donald Nicholson)

Estructuras en 2 y 3 dimensiones y reacciones  [Karl J. Miller, George Washington Univ.]

Esquema de la ruta [Hagai Ginsburg, Hebrew Univ.]

Mapa metabólico en Escherichia coli y en otros organismos [Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes]

Ciclo de Krebs, del ácido cítrico o de los ácidos tricarboxílicos

Autoevaluación [UTal].

Ciclo del ácido cítrico y su regulación   [Enrique Villar, Univ. Salamanca].

Minimapa de glucólisis y ciclo de los ácidos tricarboxílicos (Donald Nicholson). Reacciones, energía, enzimas, compartimentación, lanzaderas, regulación.

Paso a paso, en forma de fichas: descripción, reacción y animación para cada etapa. [J. Maber, Univ. Leeds, U.K.]

Ciclo de Krebs con animación   [Robert J. Huskey, Univ. Virginia]

Esquema general del ciclo; detalles y reacciones: 1ª parte (reacciones 1-2) y 2ª parte (reacciones 3-8)   [Access Excellence]

Reacciones y estructuras en 2 y 3 dimensiones [Karl J. Miller, George Washington Univ.]. Valores de cambio de energía libre (G°') de cada reacción.

Ciclo de Krebs en modelos moleculares del Dr. William McClure [Molecular Models for
Biochemistry, Carnegie Mellon Univ.].

Ciclo de Krebs en esquemas animados [John Kirk, Cell Biology Animation]. Muy vistoso y completo. Combina fórmulas, modelos, movimiento, balance energético.

Transporte electrónico y Fosforilación oxidativa

Transporte electrónico mitocondrial [UAH]. Gráficos sencillos pero muy claros. También.

ATP sintasa [UAH]. Gráficos sencillos pero muy claros. También.

Mecanismo de la ATP sintasa [UAH]. Gráficos sencillos pero muy claros. También.

Bomba de protones acoplada a la síntesis de ATP en mitocondria [UMH]. También.

Autoevaluación [UPV]. También.

Autoevaluación [UTal].

Fosforilación oxidativa   [Enrique Villar, Univ. Salamanca]

Minimapa de formación mitocondrial de ATP y rendimiento de ATP (Donald Nicholson)

Transporte electrónico  [Robert J. Huskey, Univ. Virginia]

Animación del transporte electrónico y la fosforilación oxidativa[MicroWeb, BioMi290/91, Cornell Univ.].

Fosforilación oxidativa    [Karl J. Miller, George Washington Univ.]

Mitocondria y transporte electrónico en esquemas animados [John Kirk, Cell Biology Animation] Muy vistoso y completo.

Gluconeogénesis

Ciclo de Cori [UMH]. También.

Ciclo de glucosa-alanina [UMH]. También.

Minimapa de gluconeogénesis y glucólisis, y regulación (Donald Nicholson)

Reacciones y estructuras en 2 y 3 dimensiones [Karl J. Miller, George Washington Univ.]. Valores de cambio de energía libre (G°') de cada reacción.
 

Metabolismo del glucógeno

Biosíntesis (glucogenogénesis), degradación (glucogenólisis) y su regulación   [Enrique Villar, Univ. Salamanca]

Autoevaluación de Regulación del metabolismo de glúcidos [UAH, El Proyecto Biológico]. Ejercicios con solución y explicación sobre la regulación del metabolismo de hidratos de carbono por hormonas, insulina, adrenalina, etc. y con referencias específicas a algunos tejidos. También.

Autoevaluación de Alteraciones del metabolismo del glucógeno [UAH]. Glucogenosis.

Biosíntesis del glucógeno y ruta de la galactosa; reacciones y estructuras en 2 y 3 dimensiones [Karl J. Miller, George Washington Univ.]

Metabolismo del glucógeno: introducción, síntesis, degradación y regulación de ambas, enfermedades del almacenamiento de glucógeno [THCME Medical Biochemistry page, Michael W. King, Indiana Univ.]. Muy completo, texto y figuras.

Fotosíntesis

Transporte electrónico fotosintético [UAH]. Gráficos sencillos pero muy claros. También.

Autoevaluación 1 y 2  [UPV]. También1 y2.

Autoevaluación [UAH, El Proyecto Biológico]:

1ª parte. Ejercicios encaminados a la comprensión de la función de los fotosistemas en los cloroplastos; cómo a través de ellos la energía luminosa se transforma en energía red-ox y finalmente el transporte de los electrones de alta energía es capaz de generar energía química: NADPH y ATP. También.
2ª parte. Ejercicios, con solución y explicación, relacionados con el ciclo de Calvin y la síntesis de carbohidratos, plantas C4. También.
Autoevaluación [UTal]:
fase luminosa o clara: básico avanzado
fase oscura
fotorrespiración: básico avanzado
plantas C4 y CAM 
síntesis y degradación de productos fotosintéticos

Fosforilación fotosintética   [Enrique Villar, Univ. Salamanca]

Minimapa de fotosíntesis en el cloroplasto, regulación, fase oscura, ciclo de Calvin (Donald Nicholson)

Ciclo de Calvin   [Access Excellence]

Animaciones de la fotosíntesis ausencia de O2en ausencia y en presencia de O2en presencia de oxígeno [MicroWeb, BioMi290/91, Cornell Univ.].

Fotosíntesis en esquemas animados 1 y 2. [John Kirk, Cell Biology Animation] Muy vistoso y completo. Combina fórmulas, modelos, movimiento, balance energético.

Metabolismo de lípidos

su estructura

Autoevaluación de lipoproteínas [UAH]. Composición, metabolismo.

Autoevaluación [UAH]. Patologías del metabolismo lipídico.

Lipoproteínas y su metabolismo.  [Tomás Valdés González]

Dislipidemias [Fernando Carrasco, Univ.de Chile]. Presentación de PowerPoint.

Beta-oxidación de ácidos grasos [Knowledge Weavers, Univ. Utah].

Minimapa de metabolismo de lípidos (Donald Nicholson)

Reacciones y estructuras en 2 y 3 dimensiones [Karl J. Miller, George Washington Univ.]:

Metabolismo de los ácidos grasos  [NetBiochem,  Allegheny University of the Health Sciences and University of Utah]. Muy completo; incluye regulación.

Metabolismo de lípidos [KUMC Medical Biochemistry; Univ. of Kansas Medical Center] (Bueno)Presentación en diapositivas-web:
Oxidación de ácidos grasos y cuerpos cetónicos. Síntesis de ácidos grasos. Metabolismo de glicerofosfolípidos y esfingolípidos. Utilización de triacilgliceroles. Alteraciones del metabolismode lípidos: obesidad y diabetes mellitus. Metabolismo del colesterol y otros poliisoprenos. Lipoproteínas plasmáticas. Aspectos bioquímicos de la enfermedad cardiovascular.

Minimapa metabólico del isopreno (Donald Nicholson)

Minimapa metabólico de las prostaglandinas (Donald Nicholson)

Metabolismo de aminoácidos

su estructura

Autoevaluación [UAH]. Alteraciones de la ureogénesis y de la degradación de aminoácidos.

Minimapa de desaminación de aminoácidos y ciclo de la urea (Donald Nicholson)

Reacciones y estructuras en 2 y 3 dimensiones [Karl J. Miller, George Washington Univ.]:

Metabolismo nitrogenado [KUMC Medical Biochemistry; Univ. of Kansas Medical Center] presentación en diapositivas-web

Metabolismo de proteínas

su estructura

Modificaciones postraduccionales en conjunto

Autoevaluación [UAH]. Metabolismo proteico: proteasas, tráfico. Proteínas plasmáticas.

BioSci 99A [Dr. H. Luecke, Univ. California Irvine]:

lección nº 7: Procesamiento postraduccional. Modificaciones covalentes, modificaciones de la cadena lateral, glicosilación, procesamiento proteolítico, modificaciones no covalentes, plegamiento, carabinas, selenocisteína.
lección nº 8: Tráfico y dirección. Dirección en procariotas: secreción. Dirección en eucariotas: citoplasma, núcleo, mitocondria, lisosoma, ruta secretora, degradación dirigida de proteínas.
Modificaciones postraduccionales [THCME Medical Biochemistry Page, Michael W. King, Indiana State Univ.] Maduración proteolítica, Glicosilación, Dirección lisosomal de enzimas, Implicaciones clínicas de los defectos en la degradación de glicoproteínas, Acilación, Metilación, Fosforilación, Sulfatación, Prenilación, Modificaciones dependientes de vitaminas C y K.

Biochemistry 3107 [Martin E. Mulligan, Memorial University of Newfoundland, Canadá]. Texto y figuras; recomendable:

Plegamiento, modificación, dirección y degradación.
Preproinsulina, proinsulina e insulina [Mathews/3, fig.5.21].

Glicosilación

Datos de algunas glicoproteínas [Mathews/3, tabla 9.6].

Enlaces que unen el azúcar a la proteína[Mathews/3, fig.9.28].

Glicosilación de proteínas [Christian Frosch, Univ. Mainz, Alemania]: N-glicanos, estructura, biosíntesis, información adicional general sobre carbohidratos y glicoproteínas.

Páginas web de proteoglicanos y glicosaminoglicanos [Bob Lauder, Lancaster Univ, U.K.]

Defectos congénitos de glicosilación [Univ. Leuven, Bélgica]

Plegamiento

Plegamiento [UAH]. Gráficos sencillos pero muy claros. También.

Plegamiento y desnaturalización. Apuntes de Biomoléculas, tema 4 [UMa]. También . Desnaturalización de la Ribonucleasa A. Consideraciones termodinámicas. La paradoja de Levinthal. Determinados residuos aparecen preferentemente en determinadas estructura secundarias. Predicción de la estructura de las proteínas. Plegamiento asistido de proteínas. También.

Cambio conformacional en GroEL [UMH]. También.

Predicción de la estructura de proteinas. Apuntes de Biología Molecular Avanzada [UMa], tema 5. También.

Entalpía, entropía y energía libre de plegamiento [Mathews/3, tabla 6.3].

Escalas de hidrofobia de los aminoácidos [Mathews/3, tabla 6.4].

Contribuciones a la energía libre de plegamiento: entropía conformacional, interacciones internas, efecto hidrófobo [Mathews/3, fig.6.22].

Desnaturalización térmica de la ribonucleasa y del inhibidor pancreático de tripsina [Mathews/3, fig.6.20y23].

Superficies de energía o "paisajes energéticos" para el plegamiento [Mathews/3, fig.6.24].

Puentes disulfuro durante el plegamiento [Mathews/3, fig.6.25].

Estructura de la carabina GroEL-GroES [Mathews/3, fig.6.26].

Amplitud y frecuencia de movimientos intramoleculares [Mathews/3, tabla 6.5].

Propensión de los aminoácidos para cada estructura secundaria; reglas de Chou y Fasman [Mathews/3, tabla 6.6].

Predicción de la estructura secundaria del inhibidor pancreático de tripsina [Mathews/3, fig.6.28].

Grupo de Carabinas del Birkbeck College. Estructura tridimensional de las carabinas GroEL y GroES.

"Desentrañando el misterio del plegamiento de proteínas" [W.A. Thomasson, FASEB]. Divulgativo; introducción con ejemplos de enfermedades. También en pdf.

Introducción al plegamiento de proteínas [en The Molecules of Life, Univ. Oxford]

Destino de proteínas

Tránsito de proteínas: ruta de secreción [UAH]. Gráficos sencillos pero muy claros. También.

Transporte hacia y desde el núcleo [Virtual Biology; Seoulin Bioscience, Corea]. Muy bueno. Explicaciones y animaciones.

Degradación

Ubicuitina, Proteasoma y Señalosoma [Affiniti Research Products Limited].

Proteolisis dependiente de ubicuitina [Harvard Medical School]. Desarrollo extenso del tema. Sitio complementario al libro de Peters, Harris y Finley. Incluye también estructuras moleculares, enlaces a bases de datos, a software, a sitios de proteasas y a revistas.

Especificidad de proteasas: tripsina, quimotripsina, trombina, V-8, prolil-endopeptidasa, subtilisina, carboxipeptidasa A, termolisina [Mathews/3, tabla 5.4].

Proteolisis con bromuro de cianógeno [Mathews/3, fig.5.13].

Metabolismo de ácidos nucleicos, nucleótidos y bases nitrogenadas

Minimapa metabólico de purinas y pirirmidinas (Donald Nicholson)

Metabolismo nitrogenado [KUMC Medical Biochemistry; Univ. of Kansas Medical Center] presentación en diapositivas-web:

Metabolismo de las purinas
Metabolismo de las pirimidinas

Transducción de señales

Proteínas G triméricas [ULPGC]. Estructura general de la proteína G trimérica. Estructura de los dímeros Gbeta-gamma. Estructura de la subunidad Galfa y unión del nucleótido de guanina. El cambio conformacional GDP/GTP: el interruptor molecular de Galfa. También.

Ruta de receptor, proteína G, adenililciclasa, cAMP, proteína quinasa A y proteína fosforilable [UAH]. Gráficos sencillos pero muy claros. También.

Activación de la proteína-quinasa A por AMP cíclico [UMH]. También.

Vía de fosfolipasa C, PIP2 y proteína-quinasa C [UMH]. También.

Movimiento de la adenilato quinasa tras unión del sustrato [UMH]. También.

Transmisión de la información genética

Replicación, transcripción y traducción; incluye ejercicios  [Aula Virtual, Univ. Murcia]

Apuntes sobre Biología Molecular [Edgar Vázquez-Contreras, Univ. Autónoma de México].  Introducción; Descubrimiento del ADN; El ADN es el material genético universal; Los componentes del ADN; El ADN es una doble hélice; Estructura de los cromosomas; Replicación del ADN; Transcripción; Genoma humano; Traducción.

Dogma central de la genética [MicroWeb, BioMi290/91, Cornell Univ.].

La estructura de un gen: actividad que muestra y explica las distintas zonas que componen un gen: codones de inicio y parada, intrones y exones, etc. [NOVA Online].

Dogma central de la genética: cómo se produce el flujo de información genética en los seres vivos, ilustrado con el gen de la luciferasa (enzima responsable del brillo de las luciérnagas) [Genetic Science Learning Center, Univ. of Utah].

Flujo de la información genética [Mathews/3, fig.4.23].

Regiones codificantes y no codificantes en el gen de globina beta [Mathews/3, fig.7.20].

Expresión de los genes de globina humana a lo largo del desarrollo [Mathews/3, fig.7.22].

Replicación

Replicación. Apuntes de Biología Molecular Avanzada [UMa], tema 7. También.

Telómeros y telomerasa. Apuntes de Biología Molecular Avanzada [UMa], tema 7. Incluye (25 imágenes). También.

Autoevaluación [UPV]. También.

Esquema general del proceso y enzimas implicadas [UAH].

Componentes del DNA y reacción de replicación [UAH].

El proceso de replicación (en procariotas) [UAH].

Avance de las horquillas y síntesis de las hebras conductora y retardada [UAH].

Modelo del replisoma y elongación [UAH].

Replicación [UAH]. Gráficos sencillos pero muy claros. También.

Autoevaluación [UAH]. Características de la replicación. Enzimología. Etapas. También.

Ejercicio de complementariedad [WGBH, Boston, EE.UU.A.].

Replicación del DNA [John Kirk]: Aspectos básicos. Dibujo animado interactivo, en etapas.

Replicación  [Yvette Petty, New Century College at George Mason University]: descripción y 

John Kimball's Biology Pages: velocidad de replicación en pro- y eucariotas, control positivo y negativo.

Biochemistry 3107 [Martin E. Mulligan, Memorial University of Newfoundland, Canadá] Texto y figuras; recomendable:

Replicación
Enzimología de la síntesis de DNA
El proceso de replicación
Replicación eucariótica
Etapas de la replicación en procariotas, paso a paso [MicroWeb, BioMi290/91, Cornell Univ.].

Telomere Club: Colección de recursos relativos a telómeros y telomerasa, de Toru M. Nakamura [Univ. Colorado]

DNA polymerase, molecule of the month [David S. Goodsell y Protein Data Bank] DNApol de Thermus aquaticus.

Experimento de Meselson y Stahl [W.H.Freeman]. En este experimento biológico clásico, se utilizó la centrifugación en un gradiente de densidad de CsCl para demostrar que la replicación del DNA tenía lugar de forma semiconservadora.

Modelos conservador, semiconservador y dispersante para la replicación [Mathews/3, fig.4.13].

Experimento de Meselson y Stahl [Mathews/3, fig.4.14].

Modificación del DNA

Alteraciones de moléculas de DNA: restricción, recombinación, reparación, transposición. Apuntes de Biología Molecular Avanzada [UMa], tema 8.

Autoevaluación de reparación del DNA [UPV].También.

Transcripción

    (para Complejos proteína-DNA, véase estructura del DNA)

Transcripción en procariotas. Apuntes de Biología Molecular Avanzada [UMa], tema 9. Terminología. Estructura de la RNA polimerasa. Promotores bacterianos. Iniciación. Elongación. Terminación intrínseca. Técnicas de huella. Cartografía del inicio de transcripción. Análisis de promotores.

Transcripción en eucariotas. Apuntes de Biología Molecular Avanzada [UMa], tema 11. Evolución del concepto de gen. Tipos de RNA eucariotas. Particularidades de la transcripción eucariota. Características de las RNA polimerasas. Descondensación de las regiones promotoras. Estructura de los promotores. Factores de transcripción generales. Dedo de zinc. Aisladores. Iniciación y factores generales de transcripción. Factores proximales y distales. Elongación. Terminación.

Autoevaluación: procariotas y eucariotas [UPV]. Tambiénpro y eu.

Regulación de la transcripción en procariotas. Apuntes de Biología Molecular Avanzada [UMa], tema 10. Terminología. Respuesta estricta. Cambios en la estructura de la RNA polimerasa. Cambios en la estructura del DNA: metilación, superenrollamiento. Cambios en la interacción entre DNA y RNA polimerasa. Operón lactosa. Operón triptófano. Regulación de las fases lítica y lisogénica del fago lambda. Regulón SOS. Recambio del mRNA. Procesamiento del rRNA. Procesamiento de los tRNA. Técnica de retraso en gel.

Regulación de la transcripción en eucariotas. Apuntes de Biología Molecular Avanzada [UMa], tema 12. Importancia evolutiva de la regulación. Puntos de regulación. Tipos de señales. Tipos de proteínas que modulan: activadores transcripcionales, coactivadores y correpresores, transactivadores. Transducción de la señal: a través de un receptor de superficie, cAMP, fosfatidil-inositol; a través de receptores nucleares, hormonas liposolubles, receptor de hormonas tiroideas, receptores de glucocorticoides. Potenciadores o intensificadores, aisladores. Regulación de los genes GAL en levaduras. Silenciamiento de genes: inactivación mediante una proteína reguladora, silenciamiento postranscripcional de los genes (PTGS) o cosupresión o extinción, metilación del DNA. Técnica de doble híbrido. Ribointerferencia.

Esquema general del proceso de transcripción; incluye preguntas al final [UAH].

Esquema general del proceso de transcripción [UAH].

Inicio de la transcripción por la RNA polimerasa II [UAH].

Operón lactosa [UAH].

Esquema general del proceso de transcripción [UAH].

Regulación del inicio: complejo de preiniciación [UAH]. Modelo tridimensional del complejo de preiniciación de la transcripción de los genes eucarióticos de tipo II.

Transcripción [UAH]. Gráficos sencillos pero muy claros. También.

Operón Lactosa [UAH]. También[curso Bio23, Tom Jack y Bob Gross, Dartmouth College, Hanover, NH, USA].

Autoevaluación [UAH]. Transcripción. Enzimología, mecanismo. Diferencias entre eucariotas y procariotas. Etapas. Inhibidores. Control transcripcional de la expresión génica. También.

Autoevaluación de Transcripción y traducción de secuencias [UAH].

Transcribe y traduce un gen: actividad de conversión de una secuencia de DNA en RNA, y éste en una cadena polipeptídica [Genetic Science Learning Center, Univ. of Utah]. Tiene errores de traducción al español.

Transcripción [John Kirk]: Aspectos básicos. Interactivo y en etapas.

Transcripción  [Yvette Petty, New Century College at George Mason University]: descripción y .

Biochemistry 3107 [Martin E. Mulligan, Memorial University of Newfoundland, Canadá] Texto y figuras; recomendable:

Transcripción en bacterias: introducción
La RNA polimerasa bacteriana
El promotor bacteriano
El ciclo de transcripción en E. coli
Transcripción eucariótica
Proteínas ligantes de DNA
Síntesis de RNA [TCHME Medical Biochemistry Page, Michael W. King, Indiana State Univ.] Introducción; Tipos de RNA polimerasas; Mecanismo; Procesos de la transcripción.

Transcripción - Tutorials in Molecular Biology [University of California, Los Angeles].

TRANSFAC: Base de datos de Factores de Transcripción; clasificación (Research Group Bioinformatics, Bélgica). Especializado

Etapas de la transcripción en procariotas, paso a paso [MicroWeb, BioMi290/91, Cornell Univ.].

RNA polymerase, molecule of the month [David S. Goodsell y Protein Data Bank] RNApol de levadura.

Principio general de la transcripción [Mathews/3, fig.4.21].

Transcripción inversa

Reverse transcriptase, molecule of the month [David S. Goodsell y Protein Data Bank]
 

Maduración postranscripcional

Maduración de RNAs primarios. Apuntes de Biología Molecular Avanzada [UMa], tema 13. Intrones y exones. Reacción de transfosforilación. Procesamiento de rRNA, tRNA, snRNA de tipo U. Maduración de un mRNA: caperuza o casquete (cap), poliadenilación en 3', terminación de histonas, ayuste, corrección o edición (riboedición). Implicaciones evolutivas del RNA catalítico.

Procesamiento de rRNA y tRNA. Apuntes de Biología Molecular Avanzada [UMa], tema 10.

Ayuste [corte de intrones y empalme de exones] [UMH]. También.

Vista global de la eliminación de intrones de un pre-mRNA [UAH].

Modelo de formación del ayustosoma, con detalle del corte y empalme del pre-mRNA [UAH].

Autoevaluación [UAH]. Procesamiento del RNA: caperuza, cola, ayuste. También.

Biochemistry 3107 [Martin E. Mulligan, Memorial University of Newfoundland, Canadá] Texto y figuras; recomendable:

Intrones
Ayuste (corte y empalme)
Modificaciones del mRNA eucariótico. Edición de nucleótidos, Caperuza 5',Cola 3' poli(A); Eliminación o adición de nucleótidos en 5' o en 3'
Síntesis de RNA [TCHME Medical Biochemistry Page, Michael W. King, Indiana State Univ.] Procesamiento postranscripcionalde los RNAs; Ayuste del RNA; Trascendencia clínica del ayuste aberrante o alternativo.

Ayuste - Tutorials in Molecular Biology [University of California, Los Angeles].

Ayustosoma [Neuromuscular Disease Center, Washington University]. snRNP componentes, papel funcional. Patologías asociadas. Dibujos animados de la actuación del ayustosoma.

Bioquímica del ayuste de los pre-mRNAs [ZYGOTE, a website for Developmental Biology, Scott Gilbert, Swarthmore College, Swarthmore, PA, USA].

Ayuste nuclear del pre-mRNA [curso Biology 115: Eukaryotic Molecular Biology, Grant Hartzog, Univ. California at Santa Cruz]. Notas (formatos Word y pdf), película con el ensamblado del ayustosoma y su actuación sobre el RNA, película con el mecanismo de la reacción ().

The RNA modification database - a comprehensive listing of post-transcriptionally modified nucleosides from RNA. A total of 96 modified nucleosides for which structures have been assigned have been reported in RNA (81 are found in tRNA, 30 in rRNA, 12 in mRNA and 13 in other RNA species, most notably snRNA).

Traducción

El código genético en representación circular: diagrama del "sol naciente" [UAH]. También.

El código genético en formato de tabla [Mathews/3, fig.5.16].

Biosíntesis de proteínas. Apuntes de Biología Molecular Avanzada [UMa], tema 14. Introducción y terminología. Traducción de homopolímeros o poli-Phe. Hipótesis del titubeo (balanceo). Traducción en procariotas: componentes, iniciación, elongación, terminación y reciclaje. Traducción en eucariotas: iniciación, elongación, terminación. Balance energético. Traducción en mitocondrias y cloroplastos. Supresión.

Iniciación, elongación y terminación de la traducción en procariotas [UMa]. También. Tambiény.

Iniciación, elongación y terminación de la traducción [UAH].

Elongación y terminación de la traducción [UAH].

Síntesis de proteínas en procariotas [UAH].

Iniciación de la traducción en eucariotas [UAH].

Traducción. [UAH]. Gráficos sencillos pero muy claros. También.

Autoevaluación de traducción [UPV]. También.

Autoevaluación [UAH]. Código genético. Etapas en el proceso de traducción. También.

Autoevaluación de Transcripción y traducción de secuencias [UAH].

Control traduccional. Apuntes de Biología Molecular Avanzada [UMa], tema 15. Inhibición por antibióticos. Control de la iniciación en procariotas. Control del transporte del mRNA eucariótico. Fosforilación de eIF-2. Fosforilación de eIF-4E. Inibición por microRNA. Motivos estructurales. Proteólisis. ¿Un gen, una proteína?

Modificaciones postraduccionales. Apuntes de Biología Molecular Avanzada [UMa], tema 16. Introducción al plegamiento. Tipos de carabinas: familias Hsp70 y Hsp60. Localización intracelular (sorting). Exportación de proteínas en procariotas. Destino de las proteínas en eucariotas: localizaciones nuclear, mitocondrial y cloroplastídica, peroxisomal, transporte al retículo endoplásmico, transporte en vesículas desde y al Golgi. Modificaciones covalentes de las proteínas: glicosilación. Recambio de proteínas. Ubicuitinación. Degradación en el proteasoma.

Autoevaluación de postraducción [UPV]. También.

Autoevaluación de tráfico de proteínas [UPV]. También.

Transcribe y traduce un gen: actividad de conversión de una secuencia de DNA en RNA, y éste en una cadena polipeptídica [Genetic Science Learning Center, Univ. of Utah]. Tiene errores de traducción al español.

Variaciones del código genético en diversos organismos.

Traducción   [Yvette Petty, New Century College at George Mason University]:

 
El código genético Iniciación, elongación y terminación Problema
Traducción [John Kirk]: Aspectos básicos.

BioSci 99A [Dr. H. Luecke, Univ. California Irvine]:

lección nº 1: Dogma central y descifrado del código genético. Traducción, evidencia experimental para el descifrado del código.
lección nº 2: Estructura y función del tRNA. tRNA, aminoacil-tRNA sintetasas, balanceo.
lección nº 3: Ribosoma, rRNA y mRNA. Composición del ribosoma, vista general de la traducción, estructura tridimensional del ribosoma.
lección nº 4: Síntesis de polipéptidos I. Visión general, iniciación en procariotas y eucariotas.
lección nº 5: Síntesis de polipéptidos II. Elongación y terminación.
lección nº 6: Regulación de la traducción. Geometría de los factores de elongación procarióticos, velocidad y energética de la traducción, corrección de errores, regulación en procariotas y eucariotas, inhibición por antibióticos.
Biochemistry 3107 [Martin E. Mulligan, Memorial University of Newfoundland, Canadá] Texto y figuras; recomendable:
El código genético
tRNA y las hipótesis adaptadora y del balanceo
Ingredientes para la síntesis de proteínas. Aminoacil-tRNAs, Ribosomas, mRNA, Factores proteicos auxiliares, tRNA iniciador.
Las 9 etepas en la síntesis de proteínas. Iniciación, elongación, desensamblado, terminación, antibióticos. Traducción en eucariotas. Coordinación con la síntesis de mRNA.
Traducción - Tutorials in Molecular Biology [University of California, Los Angeles].

Progreso de la traducción [curso Bio23, Tom Jack y Bob Gross, Dartmouth College, Hanover, NH, USA]. Avance del ribosoma sobre el mRNA, unión de factores proteicos y de tRNAs (procariotas).

Aminoacil-tRNA sintetasas. Artículo en Nucleic Acid Research, posiblemente el acceso esté limitado a suscriptores. Comentario sobre estas enzimas y la base de datos de sintetasas AARSDB.

Protein Synthesis: Seminar I-II [Wayne State Univ.]. Interesante especialmente para los aspectos evolutivos en torno a las aminoacil-tRNA sintetasas.

Síntesis de proteínas [TCHME Medical Biochemistry Page, Michael W. King, Indiana State Univ.] Introducción, historia; Código genético; tRNAs; etapas; regulación.

Etapas de la traducción en procariotas, paso a paso [MicroWeb, BioMi290/91, Cornell Univ.].

Principio general de la traducción [Mathews/3, fig.4.22].

N-formilmetionina [Mathews/3, fig.5.17].

Relación DNA - mRNA - polipéptido [Mathews/3, fig.5.18].

Activación de los aminoácidos como aminoacil-tRNA para su incorporación a proteínas [Mathews/3, fig.5.19].

Esquema general de la traducción [Mathews/3, fig.5.20].


(La maduración postraduccional está en la sección Metabolismo de proteínas)

Temas especiales (seminarios, segundo ciclo...)

Alzheimer (enfermedad de)

Estructura e información de moléculas implicadas [en HotMolecBase, Weizmann Institute of Science, Israel]: Tau (proteína asociada a microtúbulos), Presenilina 1 (PS1), Proteína precursora del amiloide (APP), Apolipoproteína E (ApoE), Proteína priónica (PrP). Estructura; Modificaciones postraduccionales; Expresión; Funciones en la célula; Metabolismo; Implicación en enfernedades; Anticuerpos monoclonales; Purificación; Manipulación; Modelos animales; Investigadores; Recursos en la web; Referencias.

Anticuerpos

Anticuerpo danzante: dibujo animado de la interacción de un anticuerpo con una superficie antigénica [Univ. Wisconsin]. (Simple; en formatos MPEG y MOV).

Immunobiology - MCDB 133 [Duane W. Sears, Univ. of California Santa Barbara]. Curso muy completo (utilizad el menú desplegable de la parte superior); entre otras cosas:

Estructura Tridimensional de Moléculas Inmunológicas

Apoptosis

Virtual Biology [Seoulin Bioscience, Corea]:  Proceso de activación de la apoptosis. Muy bueno. Explicaciones y animaciones.

John Kimball's Biology Pages: definición, mecanismos, relación con cáncer, SIDA y transplantes.

Apoptosis: danza de la muerte [Cells Alive]. Imágenes al microscopio.

The Apoptopedia: glosario de términos relacionados con la apoptosis.

Upstate Biotechnology Apoptosis Pathways: figuras interactivas para investigar las rutas implicadas.

Calbiochem: póster.

Sitio web de apoptosis de Boehringer-Mannheim / Roche Molecular Biochemicals: póster y diagrama interactivo de las rutas, presentación en diapositivas (descargable), referencias, enlaces, datos de productos...

Muerte celular activa [Biology 458; Chris McBride, Canadá] Formas de muerte celular activa o programada: apoptosis, autofagia, desintegración no lisosómica, citoplásmica. Genes ced. Bcl-2. Caspasas. IAPs. Mitocondria.

Apoptosis, Radiosensitivity and the Cell Cycle [Dr. McKenna, Univ. Pennsylvania]. Extenso, sólo texto.

Apoptosis inducida por glucocorticoides [John Moose y grupo del Dr. John Stevenson, Miami University, Oxford, OH, USA]. Texto, figuras y animaciones (). Receptor de glucocorticoides; Ruptura de las mitocondrias; Activación de caspasas. Enlaces.

Apoptosis en Cancer - an encyclopedic reference.

Tema resumido de apoptosis [S. Nagata; Cancer - an encyclopedic reference; Springer].

Colección de enlaces de apoptosis. [The WWW Virtual Library of Cell Biology].

Bioética

Genética y Bioética: páginas del Profesor Juan Ramón Lacadena, Catedrático de Genética de la Univ. Complutense de Madrid

Sociedad Internacional de Bioética (SIBI)

Declaración Bioética de Gijón, 2000
Asociación Española de Bioética y Ética Médica (AEBI)

Bioinformática

Introducción a la Bioinformática: curso interactivo sobre análisis de secuencias de DNA y proteínas [URV]. También.

Cáncer

Estructura e información de la proteína oncosupresora p53 [en HotMolecBase, Weizmann Institute of Science, Israel]. Estructura; Modificaciones postraduccionales; Expresión; Funciones en la célula; Metabolismo; Implicación en enfernedades; Anticuerpos monoclonales; Purificación; Manipulación; Modelos animales; Investigadores; Recuros en la web; Referencias.

Quimioterapia - Fármacos antitumorales: clasificación, mecanismo de acción, estructura [M.Gordon, Univ. Kansas, EEUU].

Células troncales (o células madre)

Información general [Genetic Science Learning Center, Univ. of Utah].

"Chips" de DNA

Introducción básica a los chips de DNA; qué son, por qué son útiles [Snapshots of Science & Medicine, N.I.H.].

Ciclo celular y división celular

Mitosis y meiosis. [UAH]. Gráficos sencillos pero muy claros. También.

Autoevaluación [UAH]. Ciclo celular.

El Proyecto Biológico [Univ. Arizona] (Resumido) Lo básico del DNA. Ciclo celular y regulación. Mitosis, con una  animación (). Problemas de autoevaluación ().

Hipertextos de Biología [Univ. Nacional  del Nordeste, Rep. Argentina]. Ciclo celular, mitosis, meiosis. Prolijo; con enlaces.

John Kimball's Biology Pages: etapas, control, proteína p53 , fase G0.

Virtual Biology [Seoulin Bioscience, Corea]  Muy bueno. Explicaciones y animaciones.

Milestones in Cell Division [Nature WebFocus] Serie especial de artículos con los principales avances históricos en el tema. Acceso libre.

Citoesqueleto

Virtual Biology [Seoulin Bioscience, Corea].  Muy bueno. Explicaciones y animaciones.

Complejo de histocompatibilidad

MHC de clase I y II [UMH]. Dominios extracelulares. Abertura de unión del péptido. Péptidos y contactos. Comparación de tres epitopos. También.

Comunicación intercelular

Tipos de comunicación entre células [UIB]. También. Comunicación directa. Presentación de señales. Secreción de señales. Secreciones paracrina, autocrina y endocrina. Uniones sinápticas.

Regulación neuroendocrina [UIB]. También. Sistema hipotálamo-hipofisario. Amplificación de la señal. Eje hipotálamo-hipófisis-glándulas endocrinas. Bucles de regulación.

Cristalografía de rayos X

Crystallography 101 [Bernhard Rupp, Lawrence Livermore National Laboratory, USA] Curso de introducción, ilustra el proceso básico de determinación de la estructura de macromoléculas mediante cristalografía de rayos X.

Dinámica molecular

[UMH]  Interacciones de van der Waals. Dinámica de un sistema de tres partículas. Modos vibracionales de la citosina. Modos vibracionales del formaldehído. Interpretación de un espectro de infrarrojo. Simulación del movimiento de una encefalina. Minimización de energía en el vacío. Enlace de hidrógeno. Red de enlaces de hidrógeno del agua. Simulación de la dinámica de una membrana lipídica.

Enfermedades moleculares

Véase Mutación, polimorfismo y enfermedades genéticas

Ensayos de unión ligando-receptor

Theory and Practice of Receptor Characterization and Drug Analysis: Curso de la Univ. of North Carolina at Chapel Hill. Muy completo.

Genoma mitocondrial

MITOMAP: base de datos del genoma mitochondrial humano. Secuencia, mapa, código genético, polimorfismos... ¡todo!

Grupos sanguíneos

Oligosacáridos de los antígenos AB0 [Mathews/3, fig.9.29].

Grupos sanguíneos AB0 [Mathews/3, tabla 9.7].

Autoevaluación de Tipos sanguíneos [El Proyecto Biológico]. Marcadores y herencia del sistema AB0 y del factor Rh.

Inmunidad (respuesta inmunitaria)

Véase también Estructura de inmunoglobulinas

Determinantes antigénicos [Mathews/3, fig.7.29].

Teoría de la selección clonal [Mathews/3, fig.7.30].

Desarrollo de los linfocitos B [Mathews/3, fig.7.31].

IgM, IgG, IgA, IgD, IgE [Mathews/3, tabla 7.3].

Comparación de proteínas en respuesta humoral y celular [Mathews/3, fig.7.35].

Modelo esquemático del VIH [Mathews/3, fig.7.37b].

Mapas del genoma

Autoevaluación [UAH]. Mapas genéticos y físicos. Mapas de restricción.

Clonación posicional y mapeo de genes [KUMC Medical Biochemistry; Univ. of Kansas Medical Center]: presentación en diapositivas-web o descarga de archivo PowerPoint

Membranas excitables, potencial de acción, impulso nervioso

Estructura de una neurona motora [Mathews/3, fig.10.29].

Estudios de transmisión neural sobre axón del calamar gigante [Mathews/3, fig.10.30].

yPotencial de acción y su transmisión [Mathews/3, fig.10.31-33].

Mielinización del axón [Mathews/3, fig.10.34].

Mutación, Polimorfismo, Enfermedades genéticas

Autoevaluación de ADN en medicina legal [UAH, El Proyecto Biológico]:
  Ejercicios resueltos y comentados sobre polimorfismo en la longitud de los fragmentos de restricción (RFLP), análisis de paternidad, investigación de delitos sexuales. Técnica de hibridación de Southern. Determinación de la paternidad. Perfil del padre. Investigación de una violación. VNTR: regiones hipervariables. Probabilidad. También.
Ejercicios resueltos y comentados sobre polimorfismo en la longitud de los fragmentos de restricción (RFLP), análisis de paternidad, investigación de delitos sexuales. HLA-DQ alfa. Variación de los VNTR. Métodos de análisis de VNTR. Alelos con una sonda de locus único. Fuentes de ADN. Violación con dos sospechosos. Reconstrucción del perfil de una madre ausente. Determinación de la paternidad. También.
Actividad de análisis de perfiles de ADN y determinación de parentescos mediante polimorfismo en la longitud de los fragmentos de restricción (RFLP). También.
Actividad de análisis de perfiles de ADN y determinación de parentescos mediante polimorfismo de repeticiones cortas en tándem (STR). Base de datos CODIS. También.

Autoevaluación [UAH]. Anáisis de polimorfismos RFLP.

Mutágenos químicos: benzo[a]pireno, ácido nitroso, dimetilnitrosamina, aflatoxina [Mathews/3, tabla 7.1].

Tipos de mutación (ejemplo gen de globina beta): de aminoácido, terminadora, del marco de lectura [Mathews/3, fig.7.21].

Genetics at Vanderbilt [Vanderbilt Genetic Institute]:

Errores congénitos del metabolismo [Dr. Marshall Summar]

Human Genetic Toolbox:

Polimorfismos: definiciones breves y algunos enlaces
Análisis de ligamiento
Métodos de detección de mutaciones
OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man): versión en red de la base de datos MIM de Victor A. McKusick. Catalogo mundial centralizado de genes humanos y sus desórdenes genéticos. Especializada

Bases moleculares de la enfermedad humana [KUMC Medical Biochemistry; Univ. of Kansas Medical Center] presentación en diapositivas-web o descarga del archivo PowerPoint:

Alelos, recombinación y ligamiento
Polimorfismos y RFLPs
Base molecular de las enfermedades genéticas
HotMolecBase[Weizmann Institute of Science, Israel]: base de datos con estructura e información de moléculas con un papel crucial en diversas enfermedades. Estructura; Modificaciones postraduccionales; Expresión; Funciones en la célula; Metabolismo; Implicación en enfernedades; Anticuerpos monoclonales; Purificación; Manipulación; Modelos animales; Investigadores; Recuros en la web; Referencias.

Información general sobre enfermedades genéticas [Human Genome Project Information].

Priones

Los priones y su biología molecular [Carlos Sánchez Huertas, estudiante de la Univ. Valencia]

Proteína priónica [Mathews/3, fig.6.27].

Estructura e información de la proteína priónica [en HotMolecBase, Weizmann Institute of Science, Israel]. Estructura; Modificaciones postraduccionales; Expresión; Funciones en la célula; Metabolismo; Implicación en enfernedades; Anticuerpos monoclonales; Purificación; Manipulación; Modelos animales; Investigadores; Recuros en la web; Referencias.

Centro de recursos e información sobre encefalopatía espongiforme transmisible [S. Dealler].

PrionData.Org

Enfermedades priónicas [Prionics AG]. Sitio web en inglés, francés, alemán e italiano.

Procesamiento del MHC (complejo mayor de histocompatibilidad)

Virtual Biology [Seoulin Bioscience, Corea].  Muy bueno. Explicaciones y animaciones.

Proteasas

Prolysis: proteasas e inhibidores [portal en Université François Rabelais, Tours, Francia]

Proyecto Genoma Humano (PGH)

Documental sobre el genoma humano "Explorando nuestro yo molecular".
Guía del estudiante sobre el PGH [Departamento de Energía de los EE.UU.]

Información general del PGH en el Departamento de Energía de los EE.UU.
 
To Know Ourselves: Visión general del PGH  (en línea y descargable en pdf)
Vídeos comerciales sobre el PGH
Vídeos / animaciones en línea (). Destacables en particular:
Exploring Our Molecular Selves:
  en EE.UU.: (con problemas de velocidad).
en España:.
The Secret of Our Lives: (con problemas de velocidad)
How to Sequence a Genome. ().
Iniciación a la genética molecular [Primer on Molecular Genetics; Departamento de Energía de los EE.UU.]. Folleto en formatos html en línea, html comprimido en zip o pdf.
"Genética Websites en Español" Páginas en español (bueno, más o menos ;-) ) de la web Human Genome Project Information. Enlaces a otras web.

PGH en el Centro Sanger (Reino Unido): cromosomas 1, 6, 9, 10, 11, 13, 20, 22, X.

Lista de direcciones del PGH [Stanford Human Genome Center].

Páginas de información de los cromosomas humanos [HUGO].
 

Celera Genomics Science.
National Human Genome Research Institute (NHGRI).
Proyecto ELSI (implicaciones éticas, legales y sociales del PGH).
Mapa de los genes del genoma humano [NCBI / Science Genome maps] 1996 1998.

Número especial de Science (16 feb. 2001)

Cómo se secuencia un genoma: fragmentación del cromosoma, clonación, preparación del DNA para la detección, secuenciación didesoxi, ensamblado de secuencias de los fragmentos. [NOVA Online]. También sin usar Flash.

 Proteómica

La proteómica [compañía Proteome Sciences]

Quimiotaxia

Virtual Biology [Seoulin Bioscience, Corea]. En las bacterias. Muy bueno. Explicaciones y animaciones.

Reloj biológico

Virtual Biology [Seoulin Bioscience, Corea]. Muy bueno. Explicaciones y animaciones.

Señalización celular

Signaling PAthway Database (SPAD): base de datos de rutas de señalización y transducción de señales.

Terapia génica

The Institute for Human Gene Therapy General Information [Univ. Pennsylvania]. Introducción a los conceptos generales e información de artículos al respecto en varias revistas.

Visión general de terapia génica [Access Excelence].

Visión general de terapia génica [Human Genome Project Information].

Terapia génica y posibles aplicaciones en el transplante clínico [Fry & Wood, Expert Reviews in Molecular Medicine, 1999].

Transgénesis

Producción de fármacos a partir de animales transgénicos [Iowa State Univ., EE.UU.].

Vacunas de DNA

Vacunas genéticas [D.B. Weiner y R.C. Kennedy, Scientific American 1999]. Muy completo.
DNAvaccine.com (especializado). Lo más básico está en la sección preguntas y respuestas:.
 

Técnicas

Aislamiento de DNA

Cómo extraer DNA de cualquier cosa viviente: cómo aislar DNA en tu casa (alcohol, detergente, ablandador de carne y guisantes, espinacas, hígado de pollo, cebollas o brócoli) [Genetic Science Learning Center, Univ. of Utah].

Cómo extraer DNA del germen de trigo: cómo aislar grandes cantidades de DNA en tu casa (alcohol, detergente, ablandador de carne y germen de trigo) [Genetic Science Learning Center, Univ. of Utah].

Análisis de datos y estadística

Statistical Data Analysis [Hossein Arsham, University of Baltimore] Describe el análisis de series de tiempo, las distribuciones de datos y otros temas. Examina el uso de ordenadores en el análsiis de datos. Cita libros relacionados y enlaces a sitios web.

Guide to statistics and data analysis [LC·GC Europe Online Supplement] Una serie de 7 artículos, 4 teóricos y 3 ejemplos de aplicación. Combina bien un planteamiento introductorio con una cierta profundidad. Distribución, media, dispersión, análisis de varianza, regresión, calibración, valores erráticos, estadística robusta, métodos no paramétricos. (formato pdf).

Centrifugación

Centrifugación a velocidad de sedimentación [UAH]. Muestra de RNA sobre gradiente de sacarosa. Preparación experimental, desarrollo de la separación. También[curso Bio15, Bob Gross, Dartmouth College, Hanover, NH, USA].

Centrifugación a velocidad de sedimentación [UAH]. Separación de las moléculas de una mezcla a lo largo de la centrifugación. También.

Centrifugación [Joaquín Rodríguez Pinilla]. Principios físicos, ecuaciones, coeficiente de sedimentación; tipos; instrumentación. Centrifugación analítica. Centrifugación preparativa: diferencial, en gradiente, zonal, isopícnica. Gradientes: solutos, tipos. Aplicaciones.

Fraccionamiento subcelular [M.Reina, Univ. Barcelona].  Introducción. Técnicas de rotura de células y tejidos. Centrifugación. Centrífugas. Centrifugación diferencial. Velocidad de sedimentación. Equilibro de sedimentación: centrifugación en gradiente de densidad. Algunos recursos de utilidad en centrifugación. Aislamiento de orgánulos.

Animación de fraccionamiento celular.

Fraccionamiento celular.

Fraccionamiento celular por ultracentrifugación [M.Loewen, National Research Council of Canada].

Experimento de Meselson y Stahl [W.H.Freeman]. En este experimento biológico clásico, se utilizó la centrifugación en un gradiente de densidad de CsCl para demostrar que la replicación del DNA tenía lugar de forma semiconservadora.

Citometría de flujo

[Univ. de Lérida]. Introducción (lo básico) y Manual con muchos detalles (para el que quiera ampliar). Presentación en diapositivas-web.Aplicación al estudio del ciclo celular

Descripción general y aplicaciones (breve) [Dr. A.Gascón, Hospital «Obispo Polanco» de Teruel]

[CNB, Univ.Autónoma Madrid]: Buen resumen

en francésPurificación de DNA y RNA [Univ.Paris VI] (en francés)

Investiga un poco: ensayo de viabilidad celular LIVE/DEAD® de Molecular Probes: descripción, compendio de información (descripción, fundamento, datos del producto, fórmulas, espectros, fotos de ejemplo...)

FACS Laboratory [Cancer Research UK]. Teoría y aplicaciones de la citometría.
 

Clonación de DNA y técnicas de DNA recombinante

Véase también Endonucleasas de restricción

Principales pasos en la generación de moléculas de DNA recombinante. [UMa]. También.

Autoevaluación [UAH]. Enzimas de restricción. Plásmidos. Electroforesis. Vectores de clonación. Detección de recombinantes. También.

Biochem 4113 Recombinant DNA Lectures: Notas esquemáticas y enlaces.

Guía de Quiagen para la selección de reactivos de transfección (formato pdf).

Clonación: pasado, presente y excitante futuro: artículo introductorio y divulgativo, de FASEB Breakthroughs in Bioscience. Incluye historia. En línea y en pdf.

Molecular Medicine in Action: El ciclo de vida de un retrovirus (Busca la sección "Viral vectors" en el menú de la izquierda).

Manipulación de genes: Introducción. Métodos para la inserción de genes. Bacterias y virus como portadores de genes. Métodos mecánicos. Marcadores. Promotores. Barreras entre especies. ["Genetically Engineered Food - Safety Problems", Physicians and Scientists for Responsible Application of Science and Technology].

Técnicas de DNA recombinante [S.Metzenberg, Curso 'Biology 572', California State University Northridge, EE.UU.].

Clonación [Genetic Science Learning Center, Univ. of Utah].

Enzimas de restricción - Tutorials in Molecular Biology [University of California, Los Angeles].

Clonación de organismos

Click and Clone. Cómo clonar un ratón empleando la transferencia nuclear de células somáticas. [Genetic Science Learning Center, Univ. of Utah].

Cromatografía

Cromatografía de exclusión, cribado molecular o filtración en gel [UAH]. Mecanismo de separación, avance pr la columna, recolección de fracciones, perfil de elución.
También[curso Bio15, Bob Gross, Dartmouth College, Hanover, NH, USA].

Cromatografía de afinidad [UAH]. Mecanismo de separación, avance pr la columna, detección, perfil de elución. También [curso Bio15, Bob Gross, Dartmouth College, Hanover, NH, USA].

Proceso de separación de las moléculas en una cromatografía en columna [UAH]. Requiere Java, tiende a fallar.

Separación e identificación de aminoácidos por cromatografía en capa fina. Guión (incluye fotos del proceso) de la práctica en el Departamento de Bioquímica, Biología Molecular (B) e Inmunología de la Universidad de Murcia.

Separación de biomoléculas por cromatografía de permeación en gel. Guión (incluye fotos del proceso) de la práctica en el Departamento de Bioquímica, Biología Molecular (B) e Inmunología de la Universidad de Murcia.

Separación a lo largo de una columna [J.Hardy, Univ. Akron, EE.UU.].

Mecanismo de la exclusión molecular [J.Hardy, Univ. Akron, EE.UU.].

Cromatografía en capa fina [J.Hardy, Univ. Akron, EE.UU.].

Animaciones QuickTime, Flash y GIF de electroforesis, espectroscopía, cromatografía, quimioluminiscencia, etc. [T.G.Chasteen, Sam Houston State Univ.].

Diálisis a equilibrio

Equilibrium dialysis
 

Dicroísmo circular (CD)

CDPro

Ettore (CD)
Circular Dichroism Deconvolution Home Page
Circular Dichroism Spectroscopy
Alliance Proteins Laboratory
PPS - Principles of Protein Structure
Rutgers Univ.

Difracción de rayos X

Estructura de macromoléculas virtual [J. Sancho, Univ. de Zaragoza]

Electroforesis

Electroforesis de ácidos nucleicos en gel [UAH].  Desarrollo de la electroforesis y calibración por tamaños. Simple; monocromo. También[curso Bio23, Tom Jack y Bob Gross, Dartmouth College, Hanover, NH, USA].

Electroforesis de ácidos nucleicos en gel [UAH].  Explicación del fundamento y del proceso experimental. Simulación del metodo y del resultado. Calibración por tamaños. Muy bueno; con sonido. También[Genetic Science Learning Center, University of Utah, USA].

Autoevaluación de Análisis de DNA mediante electroforesis [UAH].

Electroforesis. Curso de Doctorado en la Univ. de La Laguna [Javier Corzo]. Teoría, tipos, ...

Electroforesis de DNA en agarosa [MyDNA Discovery Modules, Univ. Massachusetts] Lo más básico: carga eléctrica, electroforesis, voltaje, concentración de agarosa, separación por tamaño, restricción. Muy bueno.

Electroforesis SDS-PAGE en Molecular Biology Techniques Manual [Coyne, James, Reid y Rybicki, Univ. de Ciudad del Cabo, Sudáfrica] Bastante completo, sólo texto; incluye protocolo experimental.

Electroforesis bidimensional de proteínas [Danish Centre for Human Genome Research)]. Bases de datos de imágenes de geles 2D. Procedimiento experimental para hacer la electroforesis, acompañado de fotos y películas.

Animaciones QuickTime, Flash y GIF de electroforesis, espectroscopía, cromatografía, quimioluminiscencia, etc. [T.G.Chasteen, Sam Houston State Univ.].

Electroforesis de DNA en campo pulsante [Hoefer Scientific Instruments]

Endonucleasas de restricción

Autoevaluación de Enzimas de restricción [UAH].

Acción de EcoRI [Access Excellence]

REBASE: Base de datos de enzimas de restricción
 

Espectroscopía

Animaciones QuickTime, Flash y GIF de electroforesis, espectroscopía, cromatografía, quimioluminiscencia, etc. [T.G.Chasteen, Sam Houston State Univ.].

Hibridación de ácidos nucleicos

Curvas de reasociación [UAH]. Desnaturalización y renaturalización. Curvas Cot. Comparación entre DNA sencillo y DNA complejo (repetitivo). También[curso Bio23, Tom Jack y Bob Gross, Dartmouth College, Hanover, NH, USA].

Autoevaluación [UAH]. Desnaturalización, hbridación. También.

Autoevaluación [UAH]. Preparación de sondas, marcaje, detección.

Detección de ácidos nucleicos por hibridación en Molecular Biology Techniques Manual [Coyne, James, Reid y Rybicki, Univ. de Ciudad del Cabo, Sudáfrica].

Hibridación de Southern - Tutorials in Molecular Biology [University of California, Los Angeles].

Desnaturalización del DNA, dependencia %G+C <-> Tm [Mathews/3, fig.4.31y32].

Hibridación de Southern (aplicada a huella dactilar de DNA) [Dolan DNA Learning Center]

Hibridación in situ con fluorescencia (FISH)

Hibridación in situ con fluorescencia (FISH). [UAH, traducción de Cytogenetics Information Site [Dave McDonald]. También.

Hibridación in situ con fluorescencia (FISH). DNA Biophysics Laboratory, Instituto Pasteur (Francia)

Inmunoensayos

(Véase también Electroforesis )

ELISA: ensayo de embarazo por detección de hCG [Kuby Immunology, 4th. ed., W.H.Freeman].

Molecular Biology Techniques Manual [Coyne, James, Reid y Rybicki, Univ. de Ciudad del Cabo, Sudáfrica] Bastante completo, sólo texto; incluye protocolo experimental:

Transferencia Western
Técnica de inmunoadsorción
Obtención de anticuerpos monoespecíficos por afinidad
Diversas formulaciones de inmunoensayo, comerciales [ B.Cowan y K.W.Chung, Univ. Glasgow].  1,25-dihidroxivitamina D. ACTH. Fosfatas alcalina. Cortisol. Desoxipiridinolina. Osteocalcina. Prolactina. Tiroxina.

Microscopía

Microscopía: introducción, concepto y tipos. Óptica, de contraste de fases, de fluorescencia, electrónica de transmisión y de barrido [MicroWeb, BioMi290/91, Cornell Univ.].

PCR (reacción en cadena de la polimerasa)

Fundamento de PCR y RT-PCR, y posibles problemas en PCR [UIB]. También .

Tutorials in Molecular Biology [University of California, Los Angeles]. Presentación de tipo diapositiva con texto, dibujos y animaciones.

PCR en Molecular Biology Techniques Manual [Coyne, James, Reid y Rybicki, Univ. de Ciudad del Cabo, Sudáfrica] Bastante completo, especializado.

PCR en LaTrobe University, Australia.

Andy Vierstraete [Univ. de Gante, Bélgica]. Principio de la PCR, figuras y dibujo animado

BioGuide: información más especializada; variantes de PCR: "Hot-start", AP-PCR, RAPD-PCR, "Touchdown".

PCR Jump Station: colección de recursos y enlaces; casi todo sobre la PCR (página compleja, nivel avanzado)

Tavi's PCR protocols - PCR and multiplex PCR: guide and troubleshooting [O. Henegariu, Yale Univ.] Amplia, técnica.

PCR de Tabitha M. Powledge [FASEB Office of Public Affairs]: extensa, sólo texto.

PCR [Dolan DNA Learning Center]
 

Polimorfismo de ácidos nucleicos

Véase Mutación, polimorfismo y enfermedades genéticas

Purificación de proteínas

ProteinLab on web [Dr. Booth, Leeds Univ., U.K.] Práctica virtual, simulación de purificación de proteínas; corre en web {requiere Java}. A partir de varias mezclas prdefinidas, se propone la purificación de una enzima. Simula medida de actividad enzimática, electroforesis en 1 y 2 dimensiones, revelado de actividad enzimática y por Western, cromatografías de exclusión, intercambio iónico, interacción hidrofóbica y afinidad, isoelectroenfoque, precipitación con sulfato amónico, desnaturalización térmica, recolección de fracciones. Con guía de uso. ¡Genial!

Quimioluminiscencia

Animaciones QuickTime, Flash y GIF de electroforesis, espectroscopía, cromatografía, quimioluminiscencia, etc. [T.G.Chasteen, Sam Houston State Univ.].

Resonancia magnética nuclear (RMN, NMR)

Estructura de macromoléculas virtual [J. Sancho, Univ. de Zaragoza]

Principles of Protein Structure (PPS)

Univ. de Guelph [Ontario, Canadá]

NMR TUTOR(ek) [Imperial College of Science Technology and Medicine]

Secuenciación de ácidos nucleicos

Autoevaluación [UAH]. Método enzimático, de Sanger o con didesoxinucleótidos.

Tutorials in Molecular Biology [University of California, Los Angeles].

Andy Vierstraete [Univ. de Gante, Bélgica]: Principio de la secuenciación didesoxi automática, figuras y dibujos animados.

Análisis de secuencia del DNA [KUMC Medical Biochemistry; Univ. of Kansas Medical Center]: presentación en diapositivas-web o descarga de archivo PowerPoint

Técnicas de ingeniería genética (varias combinadas)

Genetic Engineering Techniques [Genetics- Collaborative Teaching; John Ellison & Dick Richardson, University of Texas and Texas A&M University]. Notas de clase en formato diapositiva-web: Métodos de introducción del DNA recombinante; PCR; Secuenciación didesoxi; FISH; Huella dactilar de DNA, Muestras prehistóricas y forenses; Localización de genes; prubea de VIH.

Protocol Online [DoubleTwist.com] - sección Biología Molecular- DNA: Enlaces a artículos o procedimientos de extracción, cuantificación, electroforesis, manipulación enzimática, secuenciación, hibridación Southern, transformación de células, transfección, clonación, marcado, genotecas, oligos, mutagénesis y biochips. (También hay otras muchas secciones).

Véase también en la sección Libros Virtuales de la colección de enlaces de BioROM: Protocols for Recombinant DNA Isolation, Cloning, and Sequencing

Varios


Movimiento en la célula [UAH] Los gráficos son sencillos, pero muy claros.
  Fagocitosis. También. Proteínas motoras. También.
Transporte vesicular. Quinesina, dineína. También. Deslizamiento de microtúbulos. Dineína. También.

Colección de enlaces a material multimedia en la red [Juan Manuel González Mañas, UPV].

Gráficos interactivos de El Mundo - Salud.


Macrogalería; traducción de [Univ. Southern Mississippi].
IncluyeTécnicas para el estudio de polímeros en "Haciendo hablar a los polímeros":  Espectroscopía de infrarrojos, Viscosidad, Cromatografía de exclusión molecular, Calorimetría de barrido diferencial, Espectroscopía RMN, Espectroscopía de masas.

Prácticas de laboratorio [Proyecto Biotech de la Univ. de Arizona]: extracción de DNA de kiwi o cebolla, electroforesis en agarosa, huella dactilar, identificación de mutaciones, PCR, clonación en bacterias, análisis de restricción, cromatografía, electroforesis de proteínas, ELISA. Hay guiones para el alumno y para el profesor, se pueden descargar.

Colección de animaciones de Química General, Química Orgánica y Bioquímica [J.Hardy, Univ. Akron, EE.UU.].  Exactitud y Precisión. Ebullición del agua. Átomos. Orbitales. Representación de puntos de Lewis. Interacción de Van der Waals. Reactivos limitantes. Energías potencial y cinética. Cloruro sódico. Barómetro. Presión. Difusión. Electrólitos. Disolución. Presión de vapor. Ósmosis. Presión osmótica. Colapso y rotura de los eritrocitos. Colisión molecular. Catálisis. Valoración. Fisión. Reacción en cadena. Deteción de fugas. Cámara de niebla. Grafito y diamante. Esfera "bucky ball". Intercambio de haluro. Etano, eteno y etino. Cis- y trans-2-butano. Benceno. t-Butanol. Fenol. Vainillina. Ácido fórmico. Viagra. Heroína. Almidón. Ácidos esteárico, oleico, araquidónico. Olestra. Entrada de grasas a la célula. Bicapa lipídica. Colicina Ia. Hélice alfa. Hoja beta. Hemo. Clorofila A. Hemoglobina. Permeasa. Hemolisina. Proteína del virus del tomate. Enzimas. Ribozima en cabeza de martillo. Replicación. tRNA. Transcripción. Traducción. Filtración por gel. Ácido fólico. Vitaminas B12 y C. Acetil-CoA. NAD+. FAD. Flavoproteínas. Proteínas Fe-S. Codeína. Morfina.

Interactive animations [complementario a Interactive Concepts in Biochemistry, 2nd. ed.; R.Boyer; Wiley, 2002]. Aminoácidos. Catálisis, Estructura de la célula. Dogma central. Transporte celular. Colesterol. Ciclo del ácido cítrico. Clonación. Ciclo de Cori. Replicación. Inhibición enzimática. Especificidad enzimática. Metabolismo de los ácidos grasos. Gluconeogénesis. Glucólisis. Introducción al metabolismo. Ubicación de los procesos metabólicos. Nucleótidos. Fosforilación oxidativa. PCR. Fotosíntesis. Plegamiento proteico. Síntesis de proteínas. Complejo piruvato-deshidrogenasa. Restricción y electroforesis. Transducción de señal.

Animaciones QuickTime, Flash y GIF de electroforesis, espectroscopía, cromatografía, quimioluminiscencia, etc. [T.G.Chasteen, Sam Houston State Univ.].
 
 


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